晚秋。山林。枫叶或随清泉流动，或静静融入泥土，或飞舞空中，一派宁静怡人的田园景象，好似王维《山居秋暝》的景象重现。
韩国电影的唯美风格在动画中展现无遗：乡间的风光，清新绮丽；飘雪的寺庙，庄严素美；雪中的松鼠、画眉、小花，生意盎然；然而这样的美景却是用来描绘一个悲凉的故事。《五岁庵》会让你联想到吉卜力高导的《萤火虫之墓》，天真烂漫的儿童+冰冷的结局+小小的尸体+死后幻想中团聚-最温暖的一幕。
获得2004年亚太电影节最佳动画片奖的本片源自韩国的古老传说，新罗善德女王时代的梅月大师带5岁的儿子到一所庵堂修行，因缺少粮食，梅月大师出去化缘，与儿子约好3天后返回。但因风雪阻隔，梅月大师直到第二年的春天才回来，儿子早已坐化在佛像前，庵堂因此更名为五岁庵。
失去父母的姐姐小兰和五岁的弟弟小吉在海边欣赏海鸥，然后到溪边吃着好心妇人送给他们的热乎乎的土豆，爽朗地笑着。
小吉的愿望是找到妈妈。小兰的愿望是再看一次弟弟的脸，她不忍说出妈妈早已葬身火海，也是那场大火夺去了她的双眼。
两位僧人遇到困在树上的小吉和刚刚落水的小兰，认为这是一种缘分，收留他们在寺中生活。小吉从野猫口中救下的小白狗也一同住进来，取名“微风”，因为在小吉眼中，微风既像姐姐的手一样柔软，也像似乎感受得到，但又从来不出现的妈妈。
调皮的小吉总在寺中捣乱，被称作“小麻烦”：怕鹿冷就偷去僧人的冬衣给它套上、把僧人的鞋子挂在枫树上玩、弄坏念珠，搞怪花样层出不穷。
来寺里的坏孩子欺负姐弟俩，让小吉感慨为什么坏孩子都有妈妈疼，而他们没有。搭救小吉的僧人见他难过，告诉他修行可以打开心眼，能看到世间万物，比如微风。小吉认为那就能看到妈妈，所以在初雪过后就随着僧人到对面的山顶修行。未料到，姐弟的第一次离别也是永久的离别。
山上只有师徒二人，小吉觉得无聊，抓雉鸡、抓兔子、求师傅陪他玩。僧人在带他滑雪的第二天，趁着天好，去集市采购过冬的物品，给小吉买了小冬靴。返回途中，突降大风雪，僧人在山中滑落山谷，昏迷过去，被山里人救下，但一直发烧昏迷。
山顶庙中有间屋因曾住过患麻风病的和尚而锁着，小吉一个人很孤单，见那间房中供奉着观音的画像，就来这里和观音说话。看着画像问：可以叫你妈妈吗？他认为师父是因为他爱惹麻烦，所以生气了，才好几天都不回来。
雪化了，僧人病愈和小兰上山来找小吉，但他已在观音像前永远睡着了。姐姐抱着他，画面切换成粉红、黄绿的明快温馨景象。在那里，妈妈和姐弟快乐的在一起吃饭、嬉戏。为了纪念小吉，悬挂观音像的房子从此命名为五岁寺。
