2030年，正规军本部接见了马可和塔玛，原来第一次摩登战争中失败的摩登将军联合了阿布尔·阿巴斯等武装力量企图在世界范围内再次掀起腥风血雨，第二次摩登战争一触即发。
以马可、塔玛为首的游隼小队被派去制止摩登发动战争，除此之外，这项任务还有一个要求，就是要与麻雀情报小队合作完成。尽管，马可、塔玛竭力反对，两名女特工还是站在了他们的面前。她们分别是英里和菲欧。英里是一个被遗弃的孤儿，做过黑帮老大，后来被政府情报局发现，再调到麻雀队之前，是一名间谍。菲欧来自一个富有的意大利家庭，由于家庭传统，作为独生女的菲欧被强制要求加入政府军，但是她只想成为一名医生。
为了避免摩登挑起战争，关系不佳的两个小队只能相互配合。
小队面临的第一个任务是在沙特阿拉伯瓦解摩登的支持者势力。摩登与阿拉伯地方军结盟后，向当地武装团体提供*器武**，作为交换，摩登军可以自由挖掘当地的古迹。马可等人来到目标点后，受到了阿巴斯部队的阻挠。他呼叫了武装直升机Keesi，但是，眼看Keesi被摧毁自己无处可逃，阿巴斯最后也乖乖的投降了。
在轻松打败阿巴斯后，马可等人进入了摩登的挖掘地。但是，等待正规军的不是反叛军，而是木乃伊和蝙蝠，它们是这座古老墓穴的守护者。随着正规军不断深入，他们遇到了Aeshi Nero，虽然它装配了一门威力巨大的激光炮，但毕竟它只是摩登的一台墓穴挖掘机。很快，马可等人摧毁了Aeshi Nero成功的逃出了墓穴。
游隼与麻雀刚刚撤离混乱的中东，转眼间，高层又下达了一项新的任务——夺回摩登抢走的SVF-07V型垂直起降飞机。目前这架飞机正通过欧洲铁路进行转移，马可等正规军战士登上火车，正要拿回飞机时，一个四足坦克Dragon Nosuke出现了，它的腿部配备了液压装置，头部的枪与火焰喷射器可以抵御高空中的威胁。尽管如此，Dragon Nosuke还是被摧毁了。
与此同时，在香港出现了多起UFO事件，之后，反叛军也来到了这里。当正规军小队到达时，发现反叛军已经完全接管了香港。小队平息*乱暴**后，正准备出城，一个巨型两栖战列舰“大喜”出现了，它使用船体上的火炮向正规军小队发起猛烈进攻。但是对于马可和他的队伍而言，“大喜”也不值一提。
离开了香港，小队的下一个目标是新高德金市的下水道深处。因为正规军得知叛军正在这里实施超级士兵计划。
马可等人沿着地铁隧道来到下水道，发现了一群具有自我毁灭功能的变异士兵，在得知这些敌人是反叛军绑架来的无辜平民后，队员们大怒。这时，一艘“霍兹米”号潜艇突然出现，这艘潜艇配备了一门与“塔尼欧”一样威力强大的电子炮，具说潜艇还是由外星技术打造的。不管“霍兹米”号身世如何，它仍然无法与正规军小队相提并论。
战胜“霍兹米”号后，马可等人得知了摩登的秘密基地，便火速前往。再次战胜奥尼尔中士后，正规军小队冲进了反叛军的*器武**生产车间并遇到了一群意想不到的生物，它们就是火星人。原来，摩登将军为了壮大部队的实力，已经和火星人结盟。正规军在击败了无数的火星人之后，摩登驾驶的太空坦克出现在了马可等人面前。就在这时，火星人突然背叛摩登，并将摩登吸入“戴曼吉”号宇宙飞船中。随后，正规军与飞船展开战斗。当“戴曼吉”号被击落后，火星人的巨大的母舰Rugname出现了，回收了“戴曼吉”的同时，释放出了许多迷你飞船攻击正规军小队。为了救出摩登将军，反叛军也加入了进来。密集的火力让火星人也难以招架，身陷困境的火星母舰决定动用所有能量向地球发起最后一击。在这危急关头，一架反叛军的Eaca-B型战机奋不顾身的撞向了母舰核心，引起了内部的爆炸。
受到重大打击的Rugname被迫撤退，摩登将军也被成功救出。（未完待续）