在我国自封建都之初，宫阙中就设有医馆。汉代设太医局，隋唐设太医局，宋设太医局，明、清两代开始改称太病院，设提督，明清并称。清太病院归礼部掌管，为「掌医官」，掌管院务，治院为官的独立组织，除选官经过礼部外，平时还独立利用管理事务，清太病院设院长1人，称为院使，副院长2人，称为摆布院判官，下设御医10~15人，吏目10~30人，医士20~40人，食药大夫20~30人，裁缝大夫20~30人，裁药大夫20~30人。这套编年制度，清代虽有增减，但总体制度未变。院使为5品官，御医各授7品官，准用6品官。
清太病院旧址设在紫禁城内东墙(东华门内往北)，民国初年迁至地安门外东大街路北。
清初，太病院分设11科，即：豪爽脉、小方脉、肠伤寒科、妇人科，疮疡科、针灸科、眼料、口齿科、咽喉科、正骨科、痘修科。厥后，将痘疹科并入小方脉，将疮痛科并入口齿科。乾隆年间，太病院掌9科。清中叶今后，又将肠伤寒料、妇人科并入豪爽脉，疮疡科改成外科，撤消针灸及正骨两科，所以，光绪《会典》中记录，太病院设5科：豪爽脉、小方脉、外科、眼科、口齿料。
太病院自院使到医土都要按本人的业和品级“给事内廷”(到内宫办事)，轮番值班。值班分内值和外值。内值在各宫内的外班房值班，又称宫值；外值在东药房值班，又称6值。
凡宫中传唤太病院侍直(值班)的医官入大内(皇宫)看病，都要由御药房宦官带領，诊治天子病症开出配方后，必须与宦官一块在御药房合药，并将药方联名封存，然后具本陈诉配方中所列药物的药性和医治*法大**，医官和宦官在月日(日历)下签名，再进呈天子观察。奏本(陈诉)后，将本章注册入册，由宦官收掌，以凭稽考。
煎调御药时，太病院医官和御药房宦官一齐看守，以两服药合为一服，煎好后分别倒入两支杯子中，一杯由主治医官先尝，再由院判、宦官顺次饮尝，然后将另一杯进呈天子服用。如果配制药剂时，不依照原方及未开明药味和分量，或虽开具而有漏错，则将以“大不敬”论罪。
清太病院的御医，除礼部干脆调聘外，好多是由各地保举的。他们不光都具备深挚的国医表面和有着充裕的临床经验，并且都具有优良的文学涵养，在辨证施治中，理法井然，方药稳妥，尤对慢性病理更是斟酌精密。没有真才实学的人父母官根源不敢向天子举荐。加上宫阙用药，其充裕精良，民间没法企及。因而，太病院的医成就和医疗水准，可以说代表了那时国度的最高医水准。
为了造就宫阙医务人员和造就国医人才，清代太病院内还设教习厅实行医药教育，教习厅分设“内教习”和“外教习”两种。“内教习”是教育太病院供职的大夫，对其中有造就前途的，予以再教育。“外教习”是教育和造就太病院医官子弟或一般平民学医者。教习厅教官均由太病院中选派学问素著的医官担纲，一般平民入学，章程由乡亲的京官具结举荐陈诉太病院再取得太病院医官的保结，同期经院使院判考试，认为其学医可造就者，准其在院等待，次序递补。这些学员经过重重考核，确系“理解医理，身无过犯“者，才可进入“外教习厅”进修。进修时期供食宿，进修科目为雍正初年定有张景岳《类经注解》、李明珍《本草纲目》和张仲景《肠伤寒论》，每3年由礼部堂官到院内主持考试，被登科后为大夫。晚清政府政务虽已松驰，但对医官的教育和考察甚至于非常认真。