2021年10月25日，“2021软科中国最好学科排名”正式发布。四川农业大学共有14个学科入榜，其中，畜牧学排名全国第二位，是学校14个上榜学科中排名最高的学科。
“软科中国最好学科排名”的指标体系包括人才培养、科研项目、成果获奖、学术论文、学术人才五个指标类别，下设17个指标维度，共计50余项反映学科竞争力的客观量化指标，涉及百余项观测变量。体现了学科点对本学科稀缺资源或标志性成果的占有和贡献情况，代表了学科点在全国范围内的竞争力。
四川农业大学畜牧学学科起源于1906年四川通省农业学堂畜牧课程组，1963年招收硕士生，1984年招收博士生，2000年获批一级学科博士授权点和博士后流动站。学科为“211工程”重点建设学科，目前形成了动物遗传育种与繁殖、动物营养代谢与需要、饲料资源开发与利用、动物生产4个稳定研究方向。猪优质高效生产的分子育种、母仔猪营养与健康达世界一流，禽遗传资源发掘与利用国际先进，禽营养代谢与需要、地方饲料数据库等领域国内领先。
此外，四川农业大学作物学进入软科中国最好学科排名前20%；草学、兽医学、农林经济管理和食品科学与工程进入前30%；水产、农业资源与环境、风景园林学、园艺学、植物保护和生物学进入前40%；林学和城乡规划学进入前50%。入榜数比去年增加两个，在榜学科总量14个。
四川农业大学是一所以生物科技为特色，农业科技为优势，多学科协调发展的国家“211工程”重点建设大学和国家“双一流”建设高校，也是教育部本科教学工作水平评估优秀高校。学校学科门类齐全，涵盖农学、理学、工学、经济学、管理学、医学、文学、教育学、法学、艺术学等10大学科门类。在2017年全国第四轮学科评估中，学校在全国农林高校、在川高校中分别位居第7和第4。
在2021年5月发布的软科世界一流学科排名中，四川农业大学共有4个学科登上榜单，前50名学科数1个，前100名学科数2个。
其中，农学排名世界第39名，国内第8名，兽医学位列世界51-75强，国内9-12名。
在9月9日公布的最新的ESI学科排名中，四川农业大学有4个学科进入ESI全球前1%。
在10月26日发布的USNews2022年世界大学学科排名中，四川农业大学农业科学排名世界106位，较上年排名上升32位，有极强势头冲击世界百强。
近年来，四川农业大学坚定不移以新发展理念为引领，强力推进一流学科建设。全盘谋划、多措并举，着力培育主攻方向领先的高峰学科、建设综合实力强劲的高原学科、打造支撑区域发展的特色学科，实现了各类学科有序递进和实现新的跨越。未来，学校将遵循固根基、扬优势、促交叉、上水平的基本思路，在继续保持顶尖学科优势特色的同时，大力推进多学科综合发展，为把学校建设成为特色鲜明、国际知名的一流农业大学不懈奋斗，努力为世界农业科学发展做出更大贡献。
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