公元1368年，40岁的朱元璋在南京称帝，建立了长达200多年的大明王朝。明朝的由来存在很大争议，有人说是朱元璋出身于明教，因此用明作为年号。还有人说，明朝在五行中属火，这是为了克制蒙元。有一个问题出现了，在朱元璋称帝以后，赖以起家的明教却消失了。那么，曾经势力非常大的明教，到底去哪了呢？
在中国古代历史上，历朝历代的农民起义，几乎都有宗教的色彩。在秦朝末年的大泽乡起义中，陈胜和吴广利用了鬼火和狐狸。在清朝后期的太平天国运动中，洪秀全干脆移植了拜上帝教。此外，还有天理教、太平道等等。在元明清三朝，白莲教一直是很大的威胁。元朝的末期，社会出现了很多的问题，从而激发了红巾军起义。红巾军信奉明教，明教是从西方传入的宗教，在金庸先生的著作《倚天屠龙记》中曾经出现。
红巾军的势力很大，但各地的红巾军缺乏联系。与此同时，一些地方豪强也打着红巾军的旗号起义。朱元璋加入了亳州地区郭子兴的起义军，从这个角度来说，朱元璋也算明教的成员、信徒。随着局势的发展，朱元璋成为了起义军的领袖，利用机会攻占了江苏南部。苏南地区是东南的经济、政治中心，占领了江苏南部之后，朱元璋拥有了与群雄争霸天下的资本。朱元璋先后消灭了陈友谅、方国珍、张士诚、陈友定等军阀，控制了整个南方地区。
按照道理来说，朱元璋应该是农民阶层的代表人物。但是事实并不是这样，朱元璋称吴王之后，立刻翻过脸来痛骂各地的起义军，同时，自己以维护儒家秩序的正统自居。2年之后，朱元璋称帝，建立了大明王朝。在登基的第一年，朱元璋就下达命令，除了佛教、道教之外，严禁其他宗教的传统，对于那些具有煽动性的宗教进行严厉*压镇**。其实就包括明教，在明朝的残酷*压镇**之下，明教开始转入地下，逐步销声匿迹。
朱元璋既然是明教出身，为何要*压镇**明教呢。朱元璋的成功之道，依靠了宗教。但这种成功是可以复制的，如果再出现一个李元璋或者王元璋，那自己的政权就会受到威胁。因此，除了道教和佛教之外，朱元璋严禁其他宗教活动。其实从宗教信仰来说，朱元璋是偏向道教的。武当的创始人张三丰从南宋末期活到了明朝初期，朱元璋对张三丰的长寿非常羡慕，曾经几次派人请张三丰下山。可惜，张三丰一直以大元遗老自居。
在明朝的*压镇**之下，很多宗教销声匿迹，但有一个宗教的生命力却极度顽强，那就是白莲教。白莲教出现于宋朝末期，属于佛教的分支。在元明清三朝，不断的发动起义，堪称是战斗力顽强。尤其是清朝中后期的白莲教大起义，波及了8个省，清朝用了7年时间，才平定了这次起义。直到抗日战争时期，在日本*队军**的占领区，仍有白莲教活动。