我国监狱管理体系发展到今天，从上至下各层级管理已经比较完善。
中央:
国家司法部负责全国监狱管理工作，监督管理刑罚执行、罪犯改造的工作。
司法部下设监狱管理局，正厅级机构，负责监督检查监狱法律法规和政策的执行工作，指导、监督监狱执法、管理和罪犯改造工作。
全国各级监狱，主要分为部属监狱、省属监狱、市属监狱。
司法部直属燕城监狱，正厅级单位，直接由司法部管理，也是全国唯一一所正厅级监狱。
另，比较为人所熟知的秦城监狱因其特殊性，归属国家公安部管理。
地方：
各省、市、自治区设置监狱管理局。承担全省监狱管理工作责任。依法组织全省监狱系统刑罚执行和改造罪犯工作，监督检查全省监狱系统的执法活动，确保监管场所的安全稳定。
省监狱管理局，副厅局级单位，由所在省司法厅负责管理，省司法厅厅长兼任监狱管理局第一政委，省司法厅副厅长兼任监狱管理局局长局长。
省直监狱由省监狱管理局直接管理，属于正处级单位；市直监狱由所在市司法局管理，省监狱管理局指导，属于正处级单位。
副省级城市的市直监狱由所在副省级城市司法局管理，所在省监狱管理局指导，属于副厅级单位，级别
上要比其他省、市直监狱高一些。
县级地区是绝对没有监狱的，但有看守所和拘留所，属于当地公安局管理，科级单位。
在县级地区的监狱只是监狱建在县里，属于所在县驻地单位，仍然是省直监狱。