李自成遇难湖北通城县九宫山，被清初的公私著述如《明史》、《乾隆御批纲鉴》、《绥寇纪略》、《见闻随笔》、《罪惟录》、《怀陵流寇始终录·甲申剩事》、《所知录》、《甲申传信录》、《明末纪事补遗》、《明亡述略》、《永历实录》等诸多史籍所记载。但是，李自成究竟是怎样死的，却一直存在争论。
《明史·李自成传》也无法搞清其殉难经过，少数史料也有以下几种不同说法:最具有传闻的是：被刘陆然、吴三桂鏖战致死，勇挫李自成20万大军。后刘陆然被封黑神王。
"……自成窜走时，携随身步卒仅二十人，为村民所困，不得脱，遂自缢死。"
《通山县志》中的记载为:"九伯聚众杀贼首于小源口";而《程氏宗谱》却是这样记载的:"剿闯贼李延于牛迹岭下";没有一个地方明确指出，程九伯的确杀死了李自成，而只是说杀死了李延。
清初吴伟业《绥寇纪略》中说:李自成率二十骑到通城九宫山，他让将士留在山下，自己上山拜谒元帝庙。当地村民"疑以为劫盗"，在李自成跪拜元帝像时，被村民在身后用荷锸击伤头部，李自成当即昏倒"不能起"。这时村民一拥而上，"碎其首"而亡。村民搜其钱物时，发现"金印"，方知道杀错了人，"大骇，从山后逃去"。
康熙年间费密撰写的《荒书》中说:"李自成率十八骑，由通山过九宫山岭"时，山民"闻有贼至，群登山击石，将十八骑打败。"李自成一人和山民程九伯赤手搏斗，程九伯不是对手，被李自成摔倒在地，并骑在程九伯身上，"抽刀欲杀之"。但刀被血渍又渗人泥浆;一时没拔出。正在这时，程九伯外甥金某，从背后以铲猛击李自成头部，即刻而亡。
1981年，湖南石门夹山寺发现一座古墓，考古人员发现墓主人奉天玉和尚违背僧规，按俗礼下葬，而葬俗又与本地葬俗不同，最后通过种种物证认为奉天玉和尚很可能便是李自成。
在青城镇苇茨湾村李文生家发现了一本抄录并补修于民国三年(1914年)的《李氏家谱》，经过考察研究，得出全新结论，李自成兵败后，化装为和尚投靠其在榆中青城的叔父李斌，晚年的李自成就生活在附近的深山大沟里。