中国子宫内膜异位症诊治指南（第三版）提出，巧囊的手术要满足以下3个适应症之一：
①巧囊≥4cm
②合并不孕
③疼痛药物治疗无效
而药物治疗要满足以下2个适应症之一：
①巧囊＜4cm
②有盆腔疼痛
针对符合药物治疗适应症的单纯巧囊患者，可选择口服避孕药、孕激素类药物、孕三烯酮、GnRH-a及中医药治疗等。其中，研究表明孕激素类药物、GnRH-a明确可缩小巧囊体积。近期有生育计划的患者，可以使用地屈孕酮治疗，缓解内异症相关痛经的同时，不抑制排卵。
虽然巧囊出现恶变的总体风险较低，通常低于0.8%。但病灶较大(>9cm)和患者年龄较大(>45岁)时，出现恶性肿瘤的风险增加。最常见的组织学类型是卵巢透明细胞癌和子宫内膜样癌。因此，若巧囊存在不典型的影像学表现、其他相关特征 （如囊肿短期内体积迅速增大、囊壁结节、腹痛、或CA125显著上升等)、 年龄较大，则需积极手术切除。
所以说，巧囊超过4cm不是说就一定要切除的，小于4cm也不一定就不用切，一定要结合生育力、症状、保守治疗效果、囊肿性质综合判断。