2019年是国家集采药品试点的第一年，在2019年初，专门出台了一个文件（具体文件找不到了），文件中规定了试点工作的具体操作流程，大致归纳如下：
1、医保基金预付周转金给医疗机构（一年两次，一次付半年）。
2、医疗机构收到周转金后第一时间全额预付给药品供货商。
3、医疗机构日常药品采购，当采购试点药品时，抵消预付款。
4、医疗机构销售药品时，正常与医保基金联网申报，医保基金正常进行结算
5、医保协议年度结束后，将年初医保基金预付的周转金退还。
当时，文件上是这样规定的，于是会计人员就根据文件所描述的内容进行账务处理。
对于医保预付的周转金，在当时来看，是要求将来原路退回的，所以，资金性质属于“暂收暂付的款项”。因此，不纳入预算会计核算。
故当时的账务处理应当如下：
财务会计
借：银行存款
贷：其他应付款
预算会计不做。
等到医保基金要求收回时，做相反分录即可：
财务会计
借：其他应付款
贷：银行存款
预算会计不做。
这是根据当时的文件进行判断后，采取的做法。
但是，现在情况变了。原来的周转金转作集采药品结余留用资金，不在要求医疗机构进行退还或仅仅是将差额进行退还。同时如果结余资金大于年初的周转金时，还会将超出金额支付给医疗机构。
这对于医疗机构当然是一件好事了，除了是一件好事以外，还以一件新鲜事，所以很多会计人员拿不准应当如何进行账务处理，下面我就来和大家一起分析一下。想必大家都收到《结余留用金额和周转金收回告知书》了吧，这里就不进行展示了。
一、2019年初收到的医保预付的国家集采周转金如何处理
告知书中会标明周转金是否需要退还，退还金额是多少（如果是0，说明不需要退还了，如果需要退还，则分录同上）。
如果周转金不需要退还了，说明医疗机构取得了来自医保基金的收入。所以需要将原先记入“其他应付款”的金额转做收入。
记入收入的哪个科目比较合适呢？
注意：此时还需要考虑资金性质变化的问题。在年初时，是根据文件精神将周转金认定为“暂收暂付的款项”，没有纳入预算会计核算。到了现在这个时候，周转金不再需要退还了，那么资金性质也随之改变了，资金的所有权发生了改变。这个资金已经归本单位所有了，所以要纳入预算会计核算。
分录总结如下：
财务会计借：其他应付款
贷：事业收入-医疗收入-门急诊收入-门急诊结算差额
预算会计
借：资金结存-货币资金
贷：事业预算收入-门急诊预算收入
当然，在2019年年初收到医保预付的周转金时，如果在那个时点上已经纳入了预算会计核算的，现在就不需要重复纳入预算会计核算了。这一点，需要会计人员自行判断。
二、除周转金以外还收到了结余留用资金
这是说明结余留用的总额大于2019年初医保基金预付的周转金，所以除了不需要退还周转金以外，医疗机构还会收到差额部分的留用资金。
这时，只需要根据银行回单直接确认收入即可。
财务会计
借：银行存款
贷：事业收入-医疗收入-门急诊收入-门急诊结算差额
预算会计
借：资金结存-货币资金
贷：事业预算收入-门急诊预算收入