食用菌菌渣处理后，用作有机肥成本低，效果好，可改良土壤，提高作物产量，减少病害发生。但菌渣加工有机肥需要注意以下几点：
（1）加工有机肥对菌渣的要求。有机肥的首要条件是有机质含量高于40%，对于食用菌菌渣来说，大部分远高于这一指标，多达70%～80%。菌渣中有机质含量高，速效性养分齐全，菌丝在生产过程中分泌的一些生物活性物质，能够分解复杂有机物，抑制部分土传性病害，促进植物生长；菌渣质地疏松，有较好的持水能力，在土壤中可进一步分解成具有良好透气蓄水能力的腐殖质，可有效改良土壤。对于达不到要求的菌渣可通过复配实现养分的合理搭配。菌渣有机肥作为一种化学肥料替代品，是极具潜力的生物肥料。
（2）菌渣加工商品有机肥流程。菌渣经堆肥化处理后，粉碎过筛，加辅料复配，再混合造粒，即加工成商品有机肥。采用条垛式、圆堆式、机械强化槽式和密闭仓式堆肥等技术进行好氧堆肥处理。好氧堆肥工艺包括一级发酵和二级发酵。一级发酵即高温阶段，保证料堆内温度在50～60℃，当温度超过65℃时进行翻堆，使此过程发酵温度在50℃以上保持7～10天或45℃以上不少于15天。一级发酵过程含水量宜控制在50%～60%，发酵周期为35～40天。二级发酵即降温阶段，堆体温度为50℃以下，适时控制堆高、通风和翻堆作业，发酵周期为15～20天。当堆温不再上升，料呈黑褐色、无异味时发酵结束。
（3）菌渣肥料化利用效果。①油菜，每亩（1 亩≈667平方米，下同）使用菌渣有机肥（养分含量5%）300千克，配合施用化肥，在油菜播种前撒施并耕翻土地。比农民常规施肥可显著增产24.6%，增收21.5%。②花生，每亩使用菌渣有机肥（养分含量5%）500千克，配合施用化肥，在花生播种前撒施并耕翻土地。与农民常规施肥相比，增产16.2%，增收0.8%。③黄瓜，每亩施用2 500千克菌渣堆肥和三元复合肥，在播种前撒施并耕翻土地，苗期、初瓜期、盛瓜期、末瓜期追施水溶肥。每亩产黄瓜2 562.8千克，产量与常规施肥相当，随着菌渣堆肥施用量的增加，黄瓜产量提高。④生姜，底肥每亩施菌渣堆肥1 000千克，尿素20千克，二铵24千克，硫酸钾24千克，苗期、分枝期和膨大期追施配方肥，比常规施肥增产1.3%，增收11.8%。⑤大蒜，施用菌渣有机肥的大蒜产量略低于施用商品有机肥，但比不施肥处理增产18.7%，比单施化肥或控释肥分别增产5.6%和1.4%，差异不显著。说明菌渣有机肥可替代商品有机肥种植大蒜。⑥小麦，连续施用两年菌渣有机肥，化肥施用量不变的基础上，增施菌渣有机肥有提高小麦产量的趋势。
（4）菌渣有机肥对土壤质量影响。生姜种植地连续施用5年菌渣有机肥，土壤容重降低3.5%，土壤孔隙度和有机质含量提高。优化了土壤中微生物区系结构，对细菌增殖具有一定抑制作用，能够促进经药物消毒后土壤中微生物数量的恢复增长。增施菌渣有机肥对姜瘟病具有一定防效，在姜瘟病高发年份可有效降低发病率，但不能代替药物和轮作措施对姜瘟病的防控作用。代替鸡粪作底肥施用，化肥用量可减施20%，叶绿素合成增加，生姜增收10%以上。
与施用鸡粪做基肥相比，菌渣有机肥做基肥，黄瓜和番茄的病死率大幅降低，说明利用菌渣有机肥做基肥可明显提高蔬菜的抗逆性。盐碱地施用菌渣有机肥可有效地改良土壤理化性质，降低土壤的盐碱度，促进植物生长。
（5）草菇–蔬菜高效生态种植模式。在山东省莘县采用强碱性生料栽培草菇，以石灰水浸泡的整玉米芯为主料栽培草菇，生物转化率高。草菇菌渣废料可就地堆肥发酵，经短期处理后还田施于大棚土壤，于秋冬季至次年春季种植西葫芦、黄瓜、番茄等多种蔬菜。
草菇与蔬菜的轮作栽培，一方面，提供优质有机肥，很好地减缓蔬菜连作障碍，还可有效降低蔬菜土传病害的发生，能明显提高蔬菜作物的品质和产量；另一方面，菌菜轮作可以提高大棚设施的利用率，形成菌菜周年栽培。
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