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市南中学校徽
上海市南中学前身是清心书院（清心中学男中），可以说与清心女中（现上海第八中学）是“一母同胞”。于1860年3月创办，创办者是美国基督教长老会传教士范约翰（John Marshall Willoughby Farnham，1829~1917）和妻子范玛莉。为感谢娄女士Mrs. Lowrie在美国组织远东救济会，在经济上对学校给予的重要支持，初名 Lowrie Mstitute，译名娄离华学堂。1880年改名“清心书院”，延续至今已经有一百六十多年的历史。校址在陆家浜路49号。除设立中学外，还附设高等小学，学生大多为附近居民子女，范约翰自任院长。
范约翰1854年被美国基督教北长老会派到中国。他先在宁波主持花华圣书馆；1860年范约翰把书馆迁到上海，改名为“美华书馆”。1908年清心书院改名为“清心中学堂”。1929年向市教育局备案并改名“清心中学”。以后校长和校董主要由中国人担任。1937年淞沪战争时先后借租界内惠中中学、进修补习学校上课，1946年陆续迁回原校。1953年改为“市南中学”。
清心堂
宝通路上的闸北堂
市南中学创办于1860年。就是在这一年，太平天国的忠王李秀成率兵向东进军，大批浙北、苏南的难民进入上海。上海道动员社会各界出力安置难民，但是大量的儿童无处读书。范约翰通过教友募捐，购进城南原徐光启家族的“桑园”，办起了“清心书院”，招收大量的难民子弟求学。就这样一个教会学校开张了，一开始男生女生都进了学校。但是按照教会的要求男女应该分开，1861年在范约翰夫人的帮助下，在原校的对面又办了一所女校，男校和女校得以分开，这就是名扬中外的“清心中学”和“清心女中”。有趣的是：上海第一长老会的教堂长期在清心书院内，信徒也大多是清心书院的师生。教堂只有一个，男女要公用，于是礼拜时两翼男女分开，中间是老师，这一情景在教堂里大概是独一无二的。直到1919年礼拜堂才从学校迁出，另在附近的大佛厂街（今大昌街30号）建造清心堂，至今仍在使用。位于宝通路上闸北堂也是美北长老会建造的，至今仍在使用。
据原清心中学毕业生回忆，学校原先还有一个游泳池，在当时的中学中是绝无仅有的。游泳池原名玉麟池：是校董张蟾芬为纪念他的次子玉麟年轻去世，拨保险赔偿的2万元美金之一部分建成。学子们一到夏天可在泳池内劈波斩浪，到了冬天就做了一件你无法想象的事情——腌咸菜，因为那时是自然灾害时期，结果导致池旁的一颗两人才能合抱的大树也给腌死了。这还不算稀奇事，校园里还有一个动物园，里面养着兔子、鸽子、鸡，是上生物课解剖用的。有趣的是还养了二只大肥猪，学生上学时都要带上家里不要的蔡叶子去学校喂猪，作为福利，当杀猪时，每个人都能领到二只肉馒头，教会学生珍惜每一样东西。
大操场旗杆后面的小红楼是办公楼和科学馆，这些老建筑外观很典雅，科学馆原名蟾芬堂，是1937年张氏家族为纪念其先人校董张蟾芬捐资4万银元兴建。内设物理、化学、生物等实验室，里面的仪器和图表等设备大部分为美国长老会捐赠。
商务印书馆原貌
商务印书馆是国家级出版机构，也是中国出版史上第一家现代出版机构。1897年创办于上海。创办人是出版家、毕业于清心中学的夏瑞芳，他和同学鲍咸恩、鲍咸昌及上海的高凤池结为好友。在德昌里租了两间房子，开办了一间印刷所，取名商务印书馆，后请来张元济先生主持编译所，奠定了商务印书馆的成功，可以说“商务印书馆”是从“清心”走出去的。
李政道博士
丁聪和其自画像
清心中学培养出了一大批优秀人才，代表人物有诺贝尔奖获得者李政道、著名脑外科专家史玉良、著名学者李昌道、漫画家丁聪等。
1952年，“清心中学”和“清心女中”被上海市教育局接管，男中改为“市南中学”，女中改为“市八女中”。