清同治年间，为迎尼胜愿入庵为住持，改名为慈修庵。占地1132平方米，建造大殿三开间和两个厢房，计建筑面积1000平方米。
清光绪年间，胜愿之徒福根接位任住持，至1917年庵毁于火灾，建筑全部被焚，当时无力修复。传至福根之徒谛参任住持，多亏老师太德行具足，信众甚多，又重修了大殿三开间和两厢房，增建韦驮殿上下六间，使得庵貌得以重现光辉，并正式成立念佛堂，建立净土道场，终日至诚念佛，对外挂单结众，招待过往朝圣尼众，广结善缘。
慈修庵庵址，今榛岭街15号，为上海市市级建筑保护单位。慈修庵创建于清同治九年（1870年）。该庵原为上海黄氏家族家庵，因黄氏在其他地方另有家庵，故俗称“新庵”。为江南民居四合院式建筑，大门朝西，额坊厚重，有砖雕花饰和慈修庵三字。
20世纪40年代后期，慈修庵曾先后礼请当代高僧兴慈法师讲《金刚经》，应慈法师讲《华严经·普贤行愿品》，灵源法师讲《梵网经》，守培法师讲《楞严经》，念佛及讲经活动十分兴盛。 1983年，由上海市宗教局拨款重修，恢复尼姑修行活动，并开办尼众学习班。
1984年迎观性法师入庵住持，并于1985年春举行升座仪式。慈修庵住持自性愿至观性，凡历六代。观性任住持后，继续进行修葺至1985年基本完成，使庵堂面貌焕然一新。大殿中央供奉着佛教开创教主释迦牟尼佛像，两旁侍立着一老一青的两位弟子，老的称迦叶尊者，青的称阿难尊者；观世音菩萨供奉在释迦牟尼左侧，童女童子侍立两旁。
慈修庵最初作为黄氏家庵，虽经历重建，仍然处处体现民居特色，是一座合院布局的建筑，只有涂刷成黄色的外墙显示其庙宇的身份，在沪上一众寺院中罕见。其正门面西，开设于榛岭路上，门额上是明旸法师手书“慈修庵”。
有些佛教信徒看到我国上海佛教四众（比丘、比丘尼、居士、女居士）都齐，特别还在培养比丘尼接班人，感到十分难得，提出要求能到国外去进行尼众交流，传授戒法。
慈修庵现在有两处庵房，其正院在榛岭街这条小街巷中，大门对着西面，入内即是传统上海民居的小天井院落，即江南民居四合院式建筑。在天井中央设有香烛台，其南侧为韦驮、弥勒的山门殿形制，其北侧为大雄宝殿，中供释迦牟尼，左侧为观音菩萨，右侧供地藏王菩萨。
弥勒殿是安置在一栋白色的小洋房里，洋房铭牌上写着“梨园公所”。由于慈修庵本院属于弄堂厢房，十分狭小，使该庵的宗教活动和尼师生活受到一定影响。
2001年，政府把这座梨园公所（原黄浦区教育局所在）置给了慈修庵，扩充道场。该建筑为两层小洋房，圆拱型门窗，与其本院的江南四合院形成了鲜明的建筑差异，同一庵中融汇了中、西两种风格。
大雄宝殿所在，是典型的上海老城厢结构，极有味道。殿内供释迦摩尼、观世音菩萨及地藏菩萨。看得出，其供奉的佛像有历史年头了，光华润泽内敛，自带一种悠远的气息。
大殿室内两层通高，殿内悬挂红色经幡、经幢、欢门，渲染肃穆的宗教气氛。大雄宝殿与韦驮殿相对；西厢房是祖堂，东厢房用作斋堂。
整座慈修庵是砖木结构，在大门额上有砖雕花饰和明旸法师于“甲子（1984）孟冬”所题的“慈修庵”三字，背面有“菩提场”三字横额，额坊厚重。
正殿后堂是千手观音殿，供奉一座雕工极好的千手观音立像，木像未塑金身，保持着原木的质感，朴素庄严之极。观音千手之中，左右两杆枪戟插云柱地，更显灵威。
慈修庵距今一百四十多年历史。历经传承六代，在第三代至第五代间香火兴旺，法筵盛极，在沪上颇有影响。本庵曾遭受两次劫难，1983年落实宗教政策，并重新进行全面修复。1985年举行佛像开光典礼，并迎请观性法师任住持，至今香火兴盛、道风清净，并创办过四届尼众佛学班。
佛殿建筑均为两层木结构，木构件遍饰红漆，一层门窗均为中式格子门样式；二层外走廊使用宝瓶样式栏杆，可见西式风格影响，颇具海派建筑特点。
由于场地限制，后期使用中在合院上方加盖玻璃顶棚，将院落空间转化为半室外的朝拜区域，院中设有烛台香炉，也使佛事活动尽量少受到天气干扰。
上海老城厢自南宋咸淳三年(公元1267年）建镇以来有着七百余年的历史，至今许多优秀的建筑、园林已湮没不存，慈修庵、榛岭街、露香园、梨园公所，以及周边的街巷、路名，都承载着老城厢独特的地域文脉与民俗风貌，通过它们唤起了人们广泛的记忆成为一种新的资源延续在当代的生活中。
慈修庵为上海市市级建筑保护单位。
现主要建筑有大雄宝殿及僧舍等。
该庵现为上海佛学院尼众班学修埸所，
成为上海地区佛学院重要基地之一。
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