清光绪三十三年（1907），山东省沂水县徐寿庭、朱献庭来亳开设献寿医院，地址在大牛市街中间路南（现华佗中医院牛市门诊部西）。这是本地开业最早的一所西医院。稍晚，徐树宣在小牛市街开设西医院。民国10年，美国女医师庆美瑞在王巷口路西开设了福音妇婴医院。民国14年，山东省人在门神街开设博济医院。民国25年前后，本地人在曹巷口开设普爱医院，在打铜巷开龙济药房，在南京巷（后迁纯化街西头）开设德仁医院，在王巷口计设济生医院，在纯化街开设大同医院，在北门口开设广济医院，在丁家胡同开设长济医院，在簧学巷口开设华英医院，在纸帮公所（何家巷）开设红十字医院，在葛仙庙也开设有医院。另外还有古月（贫民）、兄弟、谯陵、济华、伯英等医院开业。民国27年，在于鱼市开设博爱医院，在里仁街开设光明医院，在沙礓坑开设中华医院。其他还有广爱、广生、道宾、保兴、瑞民、永生、协济等医院和诊所。日军占领亳城后，在大隅首北边开办了汪伪亳县县立医院，朝鲜人神农在大隅首东路南开办了友邻医院（兼药房）。民国县政府在古城集开办了亳县县立医院。直到亳县解放前夕，全境共有医院、诊所40家（不包括散居在乡间的诊所），其中中医14家。西医26家。
民国38年7月1日，建亳县人民医院。1951年9月，有区卫生所16家，其他乡镇及城关各街道有西医诊所1家，中医诊所50家，中西医联合诊所52家。1952年3月，设亳县妇幼保健站。1956年3月，建亳县卫生防疫站和亳县中医联合医院（即华佗中医院的前身）。1959年7月，建亳县初级卫校。到1986年底，全市卫生医疗机构有市级5个，区级24个，乡级33个，此外还有街道、村镇开设的和个体开业的门诊部、诊所等。
亳州市人民医院民国38年7月1日建院，地址初在半截楼西头路南，当时有职工8人，其中院长1人，医生1人，有房屋5间，30多种常用药品。不久搬到半截楼东头路南的一座大院内，有房屋近百间。医院招收了10多个练习生，开设治疗、收费、挂号等科室。到1950年8月，人员增至33人，分设了医务课、防保课、总务课。除担负治疗任务外，还负责全县卫生行政的管理。1952年，卫生行政工作转交卫生科。1955年5月，从半截楼迁入薛家巷姜家大院。1956年，撤销防保课，其业务交防疫站。时人员增至53人。亳县人民医院外科业务较好，邻近百余里来亳就医做手术者（阑尾切除、膀胱结石取出、鞘膜积液翻转、卵巢囊肿摘除等）甚多。1957年，该院副院长袁志昌代表安徽省县级医院参加在北京召开的医院工作会议。1966年，人员增至129人，病床增至180张，临床科室有内、外、妇、儿、骨、五官、传染等，医技科室有检验、放射、针灸、理疗等。到1976年，人员增至180人。1980年后发展较快，新盖3层门诊楼1座，2760平方米；4层病房楼1座，5590平方米；还新盖了老干部病房、急诊观察室等。并添置了大型医疗器械脑电图仪、心电图仪、B型超声波诊断仪、300亳安X机等，增设了神经内科、肿瘤科、泌尿科、计划生育咨询门诊等。1986年，门诊量达175379人次，住院6384人次，全年业务收入1893000元，是1976年的4.5倍。
