The trouble is that exposing yourself inevitably makes you easily seen. But a conspicuous perch over a river like this seems to be making yourself unnecessarily prominent. This basilisk's greatest threat comes from the sky. Dark shapes overhead make it nervous.
The trouble is 麻烦在于
然后是一个that引导的表语从句：
that exposing yourself 暴露自己
inevitably makes you easily seen. 不可避免地让你变得很容易被发现。
这里是一个短语：make+宾语+过去分词作宾语补足语, 意思是"让某人/某物怎么样"。
紧接着是一个转折句，这个句子比较难，但是写得很有意思：
But a conspicuous perch over a river like this seems to be making yourself unnecessarily prominent.
把这句话分开看一下，首先是主语：
But a conspicuous perch over a river like this
conspicuous的意思是"明显的、惹人注意的"；perch作名词意思是"栖息处"，尤其指的是"栖息的树枝"。这个主语也就是说：但是像这样一个惹人注意的河面上方的栖息处
然后是谓语部分：
seems to be 似乎是在
making yourself unnecessarily prominent.
unnecessarily意思是"不必要地、多余地"；prominent的意思是"显著、突出"。
这句话连起来也就是说：但是像这样明目张胆地趴在河的上方，看起来好像让你自己处于一种毫无必要的突出之下。
这里的语气其实有一点挖苦的味道：你晒太阳就晒太阳吧，你还站在水面上方那么明显的一个地方，说得不好听一点，这就是在作死。
那么这只蜥蜴的捕食者是谁呢？我们接着往下看：
This basilisk's greatest threat comes from the sky. 这只蛇怪蜥蜴的最大威胁来自天空。
Dark shapes overhead 头顶的黑色形状
make it nervous. 让它紧张。
这里所谓的dark shapes（黑色形状），指的就是在太阳光的照射下，寻找猎物的鸟类的轮廓。