厦门湾南北两岸的铳城
明末清初厦门湾以铳城为主体的海防
铳是元、明两代使用的一种热兵器，这种兵器利用*药火**发射弹丸，相对于冷兵器，有它的优越性和先进性。恩格斯在《火炮》中指出 ：“（欧洲） 约在1450年出现了类似堑壕的工事 , 不久毕罗兄弟便建立了第一批破城部队：法国国王查理七世依靠这些炮队在一年内就把英国人以前夺去的全部要塞夺了回来。但是 , 作了最大改进的是法国国王查理八世 ......每门火炮都固定有一组炮手 , 炮兵勤务有了专门的组织 , 这就使*战野**炮兵第一次成为一个特殊的兵种.。”
也就是说在明朝爆发土木堡之变以及于谦组织北京保卫战结束一年后，法国*队军**才组织起了自己的火器部队并借助火器的威力击溃英军。旧大陆在以强力的化学能揭开世界历史大变革的一角序幕。在现代军事学上，军事工程是指用于军事目的的各种工程建筑物及其他工程设施的统称，但就中国古代而言，那时的军事工程还只是一个以城池、长城为主体的筑城体系。
*药火**可能是战争史上的一个分水岭。*药火**诞生之后，战争的战斗力也从肌肉收缩的机械能到*药火**的化学能转化。这一体系大体适应了以冷兵器为主装兵器的战守需要。明代，除了阵地使用的手铳，还有战船和关隘守备的中型碗口铳以及专用于城防要塞的大型铳炮，这就是铳城。《火器掣要》由焦勗编纂于崇祯十六年，开篇之中，提及明朝火攻专书《神威秘旨》《大德新书》《安攘秘著》现少见章本，提及其中火器制作种类繁琐，且实用不足等情况，又恰逢西洋科技的进入，故编纂此书简化火器制作。书中虽有对西洋火器的推崇，却不乏东方本有的科技与技术在其中。
宋代以后，火器在战争中的应用日渐增多，传统军事工程开始出现变革的苗头。嘉靖中后期，佛郎机的火炮已经传入中国，但是到了天启崇祯间，明朝*队军**的装备，主要的还是铳，用于城台的还是铳炮。对于守城、要塞的防务来说，火铳具有较大的*伤杀**力和威慑敌军的作用。
迨至明中后期，伴随欧洲势力的不断东渐，明代中国在火器装备、战略思想以及军事学术等方面已经融入一定欧洲元素，欧洲因素开始成为引发传统军事工程改良改造的又一推力。在内外因素的共同作用下，晚明陆防筑城与海防筑城都已出现有别既往的新变化。
在晚明时代，伴随欧洲势力东渐，佛郎机、鸟铳、红夷大炮等欧式火器陆续传入中国，对欧式火器的仿制、改造与推广运用开始成为晚明军事变革的主要方向。在欧式火器俨然成为晚明*队军**主装兵器的时代背景下，与冷兵器相匹配的传统筑城体系已渐渐不能适应晚明新军事装备的实际需要，改良改造势在必行。
伴随西风东渐，明朝东南海疆出现了新的危机。尤其是荷兰殖民者“坚船猛铳，莫之敢撄，筑城建屋，莫之敢问。时而出没内港，扬扬自得，盖骎乎有荐食之意矣。”面对坚船利炮，中国传统的以备倭、御盗为主要目的，以卫、所城池与堡寨、墩台相配套的沿海军事工程，已难有效应对海上新威胁的强力挑战。在对传统海岸防御筑城巩固提升的同时，晚明地方当局还在东南沿海修建了新式铳城，在抵御外来侵扰、保卫海疆安全方面收到一定效果。、
赵士桢是明朝中晚期的著名发明家。他在其著作《神器谱》中写下了“铳用药以弹射人则弓弩驳石失其为利矣”，“近日之铳宋元间方有用之者至我” 等语句。在他看来，火铳等神机改变了战争的面貌，而且火铳出现于宋元之间这一记载最少出现在明朝中晚期。
明朝初年*队军**的主要装备有火铳，神机箭与铳炮以及放火用的火器，将冷热兵器结合的奇特兵器（比如梨花枪）等等。可以看出与前代的火器的继承与发展。而其在很长一段时间里，火器由于该时代技术的限制而使火铳的装弹较为缓慢，火铳的精确度和射程较差。故而火器兵常年配合其他兵种作战，明军是以卫所进行*队军**的编制。而明初的火器兵按明初“凡军一百户，铳十”的计载看，以明朝洪武25年的*队军**总数121.5万人来看。明朝至少在*队军**里装备了12.1万支火铳。而如此大量的装备背后肯定有一个强大的火器生产与管理制度。
福建海商在东南亚的活动，也将西方火炮等军事技术带入中国。在当时的福建，有不少使用西方火炮技术的例子。如正德五年九月，“汀漳流盗”攻打仙游县城，仙游人魏升与典史黄珍“以佛郎机炮百余攻之”。
正德十四年，王阳明平定宁王之乱的战役中，已退休的兵部尚书林俊，在家乡莆田制作了佛朗机模型，连同*药火**方派人送交王阳明。尽管送达之时宁王已经就擒，但王阳明还是特别写了《书佛朗机遗事》，以纪其事。
根据清代顺治年间仙游知县侯绍歧辑录的《金沙魏将军壮烈志》，林俊曾给魏升写过悼诗，而这份材料也提到魏升使用佛朗机的许多事迹。可以推断，林俊的相关知识可能来自魏升。明朝有北三眼南鸟铳的说法，这个说法缺乏实际考量，在对辽援助之中，三眼铳与其他铳配备各千余不等，鸟铳则不下万。北铁多碳，属于高碳钢，性硬而脆，南铁属于低碳钢范畴，质地偏软，韧性俱佳，更适合做鸟铳。北方为了防止填药过度炸膛，才有三眼一说。
万历三十二三年间，一位名叫伍继彩的人，曾经在吕宋看到马尼拉东门“铳城”，他寻觅到能造大铳的工匠——福建人李氏父子，设法偷运他们回国。当时，徐光启在京任官，与其相识，此后又从西洋人利玛窦那里“得其说，益讲明之”。“四十七年，徐公以詹事府少詹事兼河南道御史练兵，招继彩至，议欲铸大铳，令访李姓者。继彩往一年不返。”徐光启致信福建巡抚催促，结果李姓父子已经带着六个工匠到了北京，可惜由于徐光启卸任未果。
而徐光启在万历四十七年（1619年）九月的奏疏中也称“福建监生伍继彩自言同乡有能造海洋极大铳炮者”，希望令其马上前来，“听候委用”。虽然这里只提到制造大炮的事情，但根据沈弘之的说法，我们可以推断，伍继彩和徐光启之间的交流可能也包括铳城在内。徐光启自己也曾提到“西洋诸国所谓铳城……闽广商民亦能言之”，可见他确实曾从福建广东“商民”那里听过。从伍继彩拥有船只，可以出洋来看，他应该也是到菲律宾贸易的商人。
天启元年四月，徐光启上《谨申一得以保万全疏》，认为城池固本之策，莫如速造西洋大炮，建立附城敌台，“以台护铳，以铳护城，以城护民。”在《略陈台铳事宜并申愚见疏》中，徐光启又说：“夫兵器之烈，至一发而杀百千人，如今日之西铳极矣，无可加矣。”若守而无台以用之，“犹手太阿之剑而无柄也”，再次强调西洋大炮与护铳炮台在京师城防中的重要作用。
崔景荣等《题为制胜务须西铳敬述购募始末疏》亦云：“少詹事徐光启疏请建立敌台，其法亦自西洋传来。一台之设，可当数万之兵。尚书黄克缵、侍郎邹元标各娓娓言之，实有灼见，急宜举行。”六月，徐光启在《移工部揭帖》中详细描述了他所设计的空心敌台。这种敌台为附城圆柱形，一面接连城身，三面凸向城外。上下三层，台体中空。下层周围开铳眼十六个，二层开铳眼二十一个，上层中心立望楼三层，望楼二、三层各开铳眼四个。铳眼内大外小，以便转移击打。
天启二年二月，吏科给事中侯震旸荐举孙元化精熟“铳台之法”，建议朝廷破格留用，如法建造，“一台既就，各台齐推之山海、蓟门各关隘，各行建筑，以成金汤之固。”五月，孙元化在《上王经台乞定三道关山寨铳台揭》中称：“台台能信职之铳法，则宜依职之台法。若台法不行，不惟不能用铳，并不能守铳。”强调装备大铳守城，必有如法之铳台配套而行，否则有害无益。
八月，孙元化著成《铳台图说》，建议修建锐角敌台，“锐角者，犹推敌于角外，以就我击，故锐无不到，而敌无得近也。”并称：“角之锐也，外洋法也。”天启六年正月，孙元化疏请采用西洋台铳之法：“中国之铳惟恐不近，西洋之铳惟恐不远，故必用西洋铳法。若用之平地，万一不守，反藉寇兵，自当设台……此非方角之城、空心之台所可御故，必用西洋台法。”二月，孙元化又提出以西洋之法改造辽东炮台。这种炮台“形如长爪，以自相救”，极便于自身防守。
构筑铳城与以攻为守，是明人在厦门湾的主要防御策略，明建国之初，太祖命江夏侯周德兴经营海防，周德兴建厦门城与金门城。在冷兵器时代，在海岛筑城，有双两层作用：无论是厦门城还是金门城，都是军事设施，在防御来犯之敌方面起重要作用。
天启二年，荷兰殖民者据澎湖。受冲击较大的闽南之同安、海澄、晋江等地官绅多次议建铳城，加强海防。天启三年，蔡献臣上书福建巡抚南居益，建议于浯屿（今金门）修建铳城，威慑来犯之敌：
“近闻红夷复入浯屿，求互市……浯屿一片地，在中左所海中，中左门户也……倘就本屿建一大铳城，而拨一水哨守之，多置铳械其中，则有险可凭，有铳可攻，夷必不敢泊舟其下，亦必不敢越此而入中左也。又左岸为普照寺（今南普陀寺），亦可就近寺处建一小铳城，而拨兵二三十名守之。彼此对峙，铳炮互发，夷益不敢越此而入中左也。”
天启三年（1623）冬，红夷登浯洲料罗岸，把总丁赞死于是役。天启四年，同安知县李灿然为预防荷兰殖民者来袭，曾在同安修建铳台十座，“空其中，石其外，三方上下，各留空置铳以待，而中设板焉，栋之瓦之，以避风雨，盖望之言言仡仡矣。”在荷人撤离澎湖之后的天启六年，明廷着手于浯屿之料罗、陈坑建造铳城。
天启五、六（1625-1626）年间，红夷“贼艘停泊料罗、陈坑间者，月无虚日，或入村焚舍，或登岸取水，或烧沉兵民船只。虽未大肆剽掠，然居民走匿山间，而渔舟废业矣”。根据历史的经验和教训，经过“相度”，即实地勘察，明廷的计划是在浯洲建料罗城和石山、陈坑各造一座铳城的设想。
铳城的建设，还得考虑城与城之间的互相照应，或者互为犄角的问题。仅仅九龙江的出海口，就有圭屿铳城、钱屿铳城、木屿铳城、大泥铳城、溪尾铳城、石坑铳城等。在综合评估了整个厦门湾的防备形势后，蔡献臣建议巡抚南居益在浯屿再建一座大铳城，在陆地岸边造一座小铳城：
“倘就本屿（指浯屿）建一大铳城，而拨一水哨守之，多置铳械其中，则有险可凭，有铳可攻，夷必不敢泊舟其下，亦必不敢越此而入中左也。又左岸为普照寺，亦可就近寺处建一小铳城，而拨兵二三十名守之，彼此对峙，炮铳亘发，夷益不敢越此而入中左也”。
浯屿大铳城、内陆普照寺小铳城，互相照应，*锁封**水道，红夷岂敢飞越嘉禾屿入中左所。就海岛建铳城的设想比较成熟，也比较切近当时的实际。
明代海岸海岛军力布局、筑铳城等军事设施，出发点在于“防”。蔡献臣提出一个很重要的观点：看准机会，适时主动出击，出击的目的，也是为了“防”。“若曰：‘待其登陆而拒之。’彼无所不攻，我无所不守，而任彼晏然游夷于风波之中。”待彼登岸而我守之，不如乘其泊于岛上而攻击之，将其赶走；赶走，就是最大的“防”：“至攻夷法，惟火与铳。火攻必须上风乘潮，然茫茫大海，吾能烧，彼亦能避，岂可必其遂入彀中哉？不佞谓夷所畏者铳耳，若黑夜用小舟几只，载巨铳数挠之，则夷舟必且损坏，即未损坏，必大惊扰。出以必夜，防其见也；舟必以小，避其铳也。夷夜泊则不安，昼掠则有备，其势必饥而逃，是制夷之上策也。”以小舟乘夜而攻，转守为攻，岛上守陆上守与水上攻，以攻为守，为制夷之上策。
余应桂任海澄令时筑二座铳城，一座炮城，一座关楼和数百丈“腰墙”，使海澄的军事防御设施基本建成，增益旧制，设铳城于港口之大泥，正当海门；又筑溪尾铳城对中港，据水上流；而于中筑关联络之，号曰中权关；沿溪砌石为腰城，铳城建成后，贼尝入犯，发铳击之，十余艘皆没，自是贼不敢窥城下。
据旧志载：“设铳城于港口之大泥，正当海门；又筑溪尾铳城对中港，据水上流；而于中筑关联络之，号曰中权关；沿溪砌石为腰城，铳城建成后，贼尝入犯，发铳击之，十余艘皆没，自是贼不敢窥城下”。海寇平息，民赖以安。大泥、溪尾、木屿、钱屿、圭屿几处铳城联成一气，形成了环九龙江入海口的交叉防御体系。
海澄之修建铳城实缘于防备荷兰殖民者。天启中，荷人内犯，“邑令刘公斯口为筑陴水㵝，置铳待敌，此铳城之祖也。”张燮《刘明府惠兵德政碑》记刘斯口建置铳城之初衷时说：“夷所恃长技者，铳耳，吾独不能以铳攻夷耶?悉筑小堡于水㵝，置巨铳其前，名曰铳城，俟贼至急击之，贼为遯去，不敢曳澄寸武。”此即最初之大泥铳城。
除此之外，刘斯口还在钱屿、木屿设置二铳城，与厦门圭屿相接应。荷人去后，刘斯口所筑大泥土垣渐次崩颓。天启七年五月，“海寇猖獗，刘令就港口饷馆码用石砌筑铳垣，东长四丈，北一直七丈，置铳孔若干。复于沧江码用石砌筑铳垣，东长五丈二尺，北一直七丈二尺，置铳孔若干。”圭屿位于九龙江入海口中央，从现在的地理位置看，北临厦门海沧区，南接漳州龙海市，是月港海上通往东西洋航线的门户。
圭屿岛岸礁石林立，形态各异，四周陡崖峭壁，形态宛如古代诸侯朝觐时手执的玉圭，故而得其名。月港自明朝隆庆元年兴建海澄县城开始，城防事务成为了月港的重中之重。日本倭寇、西方殖民者和沿海的海盗集团均对月港虎视眈眈。
为了确保月港安全，历代漳州知府、海澄县令都极为重视海防堡垒的建筑、修葺和加固。其中，圭屿因扼九龙江之咽喉，为海上进入内陆的门户，故古代海防堪舆家都极为重视，从明朝隆庆年间至清朝末期，圭屿的海防布置都不曾中断。
崇祯元年，“龙溪令楚烟摄署澄篆，于大泥天妃宫上筑石铳垣二十余丈，崇丈有二尺，置铳若干，防御贼舟。”余应桂接任海澄知县后，相地于原建铳垣之下，砌筑铳城。
据余应桂《大泥铳城记》记载：“其城四周共一百一十三丈，石城四十九丈，土城六十四丈二尺。石城正面铳孔有九，大神飞铳九门，铜铳三门，銈铳九门；两傍铳孔各四，各中神飞铳四门；面海建敌楼一座，其三面各立一门，上建楼。城内把总衙一座，旁附哨官住房两座，城两旁哨官房、兵房共三十二间。”
二年九月，又择溪尾地方正对中港者再筑铳城一所：
“周围六十六丈八尺，北临海二十五丈亦用石砌，余四十五丈仍用灰土。临海铳孔一十有五，各置大神飞铳，两傍各铳孔九，各置中神飞铳，东西南各辟门建楼，北临海建一敌楼，俱如大泥之制……既告竣，旋撤八都沿江土垣而石砌之，广四尺，崇六尺，每十丈留铳孔者三，安铳备御，延袤二百余丈。复于港口埠筑关，建楼其上，额曰中权关，盖以二铳城为前矛后劲云。”
崇祯四年，梁兆阳由福安调繁海澄，除继续完善中权关“腰城”外，嗣因原大泥铳城“基址未巩，城渐低下，铳眼与敌艘不相对。又铳皆北向，敌从东乘风潮突至，御之无及，乃于天妃宫更筑一铳城。”此城“自东至西计四十丈，台垣铳孔十有三，可击贼舟于数十里之遥。
除此之外，处于海澄钱屿、木屿之中的圭屿，因其“为厦岛之内臂，漳郡之外户”，明末亦置铳城御敌。厦门本岛在“天启壬戌、癸亥间，以红夷寇掠，置厦门铳城一，曾家澳、塔头铳城二，别设戍兵。”
刘斯徕让把总张问行兼管圭屿城，又在圭屿左右两翼的钱屿和木屿上建筑铳城，与圭屿铳城一同抵御海寇侵扰。而张问行则亲自上圭屿城了解驻军之需，闻知圭屿驻军月粮稀少，便将原有的二百三十名士兵缩减至一百七十名，其余的六十名士兵抽调至海澄营防御县城。
至天启七年（1627年），明军增加了岛上兵力守卫，抽调海澄标游兵哨守，兵员人数根据战时需要而随时增减。但是，至清道光年间，由于城址年久失修，逐渐荒芜而废弃，岛上所建瞭望哨塔也倒塌了，但清廷仍派遣提标中营士兵驻扎守卫。
乾隆版《海澄县志》
乾隆版《海澄县志》，《圭屿》条云：屹立海中，为全漳门户，俗名鸡屿。或云状如龟浮波面，故亦名龟屿。隆庆间，郡丞罗公拱宸置城，城凡八面，以象八卦，名曰神龟负图。後为势豪所毁，远近恨之。万历间，邑侍御周公起元因众议，献金建塔，於阖郡形势为宜。未几亦毁,并昔所构天妃宫、文昌祠、大士阁，具与沧波同逝矣，唯与影浮空，沦涟无际。
《圭屿城》条云：隆庆年间，郡丞罗公拱宸筑城，凡八面，以象八卦，名曰神龟负图。未几，为势豪所毁，远近恨之。后，郡分守洪公世俊、推官萧公基、邑令傅公櫆，共兴复焉。有蒋吏部圭屿城设兵，记。今复废。
《圭屿塔》条云：屹立波心，控镇霄汉，经潢池煽殃，纵火焚之竟不能坏，故是神物，然今亦废矣。岂乱靡有定，今异于昔欤，抑兴废有时欤。大约有形终坏，胜概难常。况岩邑门户，溟渤咽喉，何能免沧桑灰劫之叹。但此塔不仅关阖邑形胜，实赖补全郡东北之虚，最宜兴复（在海中）。
《钱屿》条云：在澳头南半里，四面环海。天启二年，红夷为寇，邑令刘斯崍筑铳城其上，与圭屿、木屿相呼应，今城址尚在。《木屿》条云：与圭屿相望，圭屿居中，钱屿、木屿左右翼之，故皆设城罗兵，然俱先朝往事。
从以上词条所载中可以明确：明朝时圭屿为水上要塞，嘉靖年间（1521-1566年）朝廷在此设立海关，盘验自月港驶往东、西洋的船只。隆庆年间（1566-1572年）建筑城寨庙宇，陈兵其间。万历元年（1573年）周起元建圭屿塔，为港口标志。天启二年（1622年）荷兰的远征舰队曾重兵*攻围**，因几处铳城的交叉火力*锁封**，久攻不克，怏怏而去。
鼓浪屿在天启二年则因“红夷驾巨舰攻围”，设置铳城一座，置戍兵一营。福建巡抚南居益在条陈中谓：“夷人所恃坚舟，若用大铳重四五千斤、发弹十余斤者击之，未有不破。故夷望有铳城，即扬帆远去，不敢相近。则沿海勘泊大舟处所，各筑铳台，照夷式造大铳数十门，分发防御，在在可称金汤。”
大泥、溪尾、木屿三铳城形成了环九龙江入海口及厦门湾的交叉防御体系，居于福建海防前沿的厦门湾面对军事入侵，其沿海军事工程皆因海防形势的变化而有一定程度的改变。
铳城在明清易代之际厦门湾争夺战中的作用
在明清之际著名的郑芝龙、郑成功父子，其舰队中有大量的“夷舰”“夷炮”。美国学者欧阳泰对收复台湾的郑成功与荷兰双方部队进行对比研究后指出，郑芝龙采用荷兰科技，打造了一支新的舰队。不逊于荷兰的火炮，融合中式帆船与欧式炮门，加上中国传统就有的排枪射击与铳城防御体系，是郑成功得以战胜荷兰的重要因素。郑氏为代表的海商可以说紧跟当时世界军事科技的前沿。
明代中叶以后，东南沿海频频有来自西方殖民主义势力的造访，如葡萄牙、西班牙、荷兰纷纷东进，形成较为强大的商业力量，在闽浙沿海，既往从事沿海零星商贸、渔业的人们或者冲破海禁的束缚，仍然活跃于洋面，与这些西方商人对接，从事海洋商业贸易。他们有的还以倭寇身份侵扰东南沿海，被明朝官方一律视为“海盗”或“海贼”。郑氏海上势力是当时诸多海盗势力中的一支，起初曾依附具有官方背景的太常寺卿林宗载海上贸易集团而取得发展，林宗载去世后，郑芝龙得以继承了衣钵，且借助颜思齐等海盗力量，渐渐发展壮大。
那一时期，除了来华的天主教传教士，福建等南中国沿海的海商，也是火炮、铳城等西方军事技术及其相关知识在华传播的一条渠道。郑氏海商集团采取由点到面的控制手法，对南澳、诏安、云霄、铜山、漳浦旧镇、石码、海澄、厦门岛、金门岛及安海等地实施军事控制，并以此作为与清廷斗争的基地。如果从崇祯初年郑芝龙崛起开始谋求对漳州沿海的控制到康熙二十年清廷收复台湾，那么郑氏海上力量对汀漳泉三府的影响达到整整五十年之久。如果单说明郑与清廷双方强烈争夺漳州时期在顺治三年至康熙三年间，那也有二十年之久。双方对峙的历史显示：郑氏海洋事业的发展，支撑着它以一隅之地，实现了与两代王朝的实力较量。
通观从郑芝龙到郑成功对汀漳泉沿海的长达二十年的控制历史来看，金门、厦门、海澄三个基地是郑氏海上力量尤加注重的方面，他凭借着海洋经济的支撑，集聚了丰赡的财力，建设成一支颇具当时先进水平的海军力量，并将金门、厦门、海澄这一片官方虽设置了行政机构，实际上却很难管控的地区牢牢地掌握在自己的手中。
明清官方对东南沿海的认识也是在不断加深的，海澄在明代中叶设县以来，对厦门湾海防的军事意义和海上贸易的经济意义极为重大，成为明清易代闽南军事格局中最重要的一个方面，历任地方官员在消除敌对势力方面也做了大量的努力，且多有军事上的捷报传来，显示出明清政府对于海洋经略有所谋划，屡有杰出官员和军事干才出现。但事实上郑氏利用其海上的军事优势对于几个沿海据点予以长期的保持，其经济来源仍来自海外贸易所得。清廷在黄梧等人的建议下，对沿海实行迁界，逼使郑氏只得寻求以收复台湾的方式维持自己的势力存在。
不过，郑氏退守台湾本身也意味着连接东南沿海往日本、琉球、朝鲜，南下菲律宾及南洋诸国的贸易线路的中断，清廷越来越将中外海上贸易限制到广州，这无疑极大地制约了东南沿海海洋经济的发展，也导致了清廷与郑氏割据政权长期的互相对峙，使清朝整体的海防实力无法得到提升，乃至到*片鸦**战争爆发后，东南沿海无法组织起有效的防御。
隆庆、万历时期，福建沿海迎来了比较安定的发展期，厦门湾沿海的海澄由于获得了官方认可的合法贸易港口的地位，成为万历时期福建沿海贸易的中心地域。随着万历、天启年间荷兰人进入福建沿海，及泉州私人海商郑芝龙的崛起，福建海上贸易的格局发生了新的变化。以海澄月港为中心的私人海外贸易快速发展，形成了福建—菲律宾（吕宋）—西班牙的贸易路线和福建—日本贸易路线两大走向。
天启、崇祯年间，以郑芝龙为代表的泉州私人海寇集团与漳州海澄人为中心的海盗集团形成了既互相合作又互相兼并的局面。这时的海上私人贸易则形成了以占据台湾的荷兰人、占据吕宋的西班牙人和日本商人间的多角贸易体制。郑芝龙此时跟随海澄海商颜思齐（有学者认为颜思齐即李旦）的集团合作，在颜思齐死后，又继承了该集团主要的军事力量。万历中后期至天启、崇祯年间漳州沿海的海寇问题如下：
万历三十二年（1604），海贼周四老作乱，诏安知县黎天祚擒其二魁，斩于城上；贼遁去。
万历四十六年（1618），海贼袁八老劫诏安沿海村落；既而就抚。
天启二年（1622），红毛据澎湖，由鹭门逼圭屿；海澄知县刘斯□守计甚备。贼退，中丞南居益誓师海澄，直抵澎湖；与战，悉遁去。
天启四年（1624），诏安乌山贼麦有章、沈金目寇县城。百户易弥光率兵讨平之。
六年（1626）春，海寇郑芝龙自龙井登岸，袭漳浦旧镇，杀守将；遂泊金门、厦门，树旗招兵。旬月之间，从者数千；所在勒富民助饷，谓之“报水”。四月，芝龙遣贼将曾五老泊海澄港。五月，遣贼将杨大孙大掠海澄芦坑。十二月，自溪尾登岸；把总蔡以藩力战死。哨官蔡春单骑先突其阵，诸军继之，贼退。既而寇九都，围学宫城；学博李华盛乌纱奉先师神牌登城，退之。时海澄村落无幸免者。
崇祯元年（1628），郑芝龙由厦门抵铜山。三月，攻杜浔堡，乡绅邱懋炜率众拒却之（未几，芝龙与李魁奇俱就抚。芝龙授游击，寻迁副总兵；盘踞海滨，上至台、温、吴淞，下至潮、广，近海州郡皆“报水”如故。同时，有萧香、白毛并横海上；后俱为芝龙所并）。五月，海贼周三老由卸石湾直抵悬钟城，坚守不下；遂流劫内港、象头等处，所过村落，屠戮无遗。是年，海寇杨六、杨七等百余艘散劫悬钟、胜澳、卸石湾等处，焚兵船、民舍，杀戮不计。
二年（1629）六月，抚寇李魁奇复叛，寇海澄；知县余应桂遣兵击败之。九月，贼复寇青浦，壮士林瀚率众御之，擒其魁；转寇漳浦白沙。张天威与吴兆燫往援，夜行枵腹数十里，猝遇贼，天威力战死。既而贼焚劫溪东西，吴兆燫御之，斩首十四级，焚贼舰、器械甚伙。
五年（1632）四月，海寇刘香寇海澄，乘夜抵浮宫；知县梁兆阳遣把总吴兆、袁德合兵大破之。
六年（1633）七月，红毛入料罗，窥海澄境；知县梁兆阳率兵夜渡浯屿袭破之，焚其舟三，获舟九。既而巡抚邹维琏督兵再战，再捷；贼遂遁。是年，刘香沿劫诏安诸村落。十月，由卸石湾登岸，沿江焚杀，直至悬钟北城下。
七年（1632），有红毛番船泊铜山及诏安五都地方，焚劫甚惨；官兵纵火焚舟，悉斩其酋，无一人还者。
八年（1635），游击郑芝龙合澳兵攻刘香于田尾远洋，平之。香，漳浦人。自辛未以来，频年冲突，上犯长乐，下袭海丰、铜山、古雷、游澳之间，出没不常。至是势蹙，自刎而死。
从闽南官方方志的记载来看，万历年间闽南沿海的海盗问题还是集中在原本海商力量较强的几个新县，如诏安、漳浦及海澄等。隆庆开海之后，海澄月港与厦门港形成了紧密的联系，月港为一内河港口，从月港出洋的海商需要经过九龙江中间的海门岛，再航行至九龙江口的圭屿，然后再经厦门岛出外海。
因此，月港的管理官员必须在厦门湾设立验船处，对进出口商船进行监督。而当厦门湾出现海寇劫掠的警报时，月港可以提前得知消息，进而作出转移商船或加强防御的反应。万历以后的诏安和海澄仍旧是闽南地方财富集聚的中心，势必引起海寇的垂涎。但如果没有出生于本地的海盗做内引，海澄等处也是易守难攻的。因而在天启崇祯时期，闽南海上的海寇集团往往联合了漳州、泉州、广东南澳乃至潮州海商的海上力量，形成了郑芝龙、李魁奇、刘香等不同的首领。其中郑芝龙的策略最为灵活，眼光与众不同，善于跟海上贸易的各个利益方如荷兰人、明政府及其他海盗合作及博弈。
在在明清易代之际各方对厦门湾争夺战中，铳城攻守双方都起着关键的作用。从整个厦门湾的形胜看，料罗澳（今称料罗港），在金门最东端，“其东则外海，为彭湖、为东番、琉球诸国。凡夷贼之由泉而南，由漳而北者，必取水而维舟焉。其澚最平深，于北风尤稳，于登岸尤便者曰料罗，故设汛以来，岁勤郡营戍守，汛毕乃归。承平久而戍撤，仅仅浯铜游春秋汛及之，然亦寄空名耳”。
料罗澳不仅地理位置重要，而且是一个风浪比较平静的深水港，历来为兵家必争之地，然而当前明朝*队军**只有春秋巡汛来巡，只扎营不建城，故让红夷有机可趁，所以蔡献臣认为料罗应当建铳城，地点选在妈宫之前，其地“高二丈，纵二十丈，横杀其四之一，度可居汛兵二三百人。有警则群村民暂收保其中，而城上列数巨铳，贼舟近岸，可一击碎也”。料罗和两座铳城的建造，虽是时势所迫，当前主要是防红夷，同时也是长远之规划。
天启、崇祯年间的闽南地方官府方面对重新崛起的私人海商寇乱集团，采用的策略是不断加强陆地上重要商港的防御功能。如清初陈元麟撰写《海防志》中说到：
漳，山壤也，泊于水滨。厥防二：一在陆、一在海。海之防分内外：防在外者，以海为主；倭劫之，流寇困之。又船不通，则财用竭、米不足，民多菜色。故忧在外洋，防重于浦、诏。防在内者，以郡为主，以澄为门户；门户疏则内虞势危蹙，而浦、诏亦殆，故防在内地。世平则防外，世乱则防内。
清初滨海的海澄之防守功能日益凸显。陈元麟回顾明朝的历史经验指出：
“胜朝防在外者也；始于防倭，终于防盗。周观形胜，置寨于铜山、于浯屿城、于镇海、于悬锺、于六鳌、于云霄，汛于南澳以扼闽、广。”到“明季为内防，海滨既集，月港通潮豪民射利诱寇内讧，倭奴、饶丑迭跳梁；乃设安边之馆，遂建澄邑为三城：曰县治、曰九都、曰港口（县治，旧为果板堡）；九都、港口，旧亦民城。既设县，乃设腰城而县之。后又设溪尾铳城以据上流，筑大泥铳城以障下流；又以大泥地低下，乃复筑天妃宫铳城。又，港口设中权关一带；沿江而下直至大泥铳城，筑腰城长二百七十丈、高六尺，俱砌以石。”
明末在加固海澄原有三城的基础上，再将海澄沿九龙江一面的县域修筑系列铳城和腰城，使得整个城市的防御体系更趋严密，海澄成为明末整个漳州防御的中心所在。
对于郑芝龙来说，刘香是一大劲敌。不过，郑芝龙的势力壮大得更快。在天启六年（1626）已由数十艘海船的势力快速膨胀到120艘，至天启七年达到700余艘。他出生于海滨的海商世家，对闽南沿海的民情把握更准确，也更善于收买民心，他从不滥杀，并重赏接济的民众。同时在与明朝官府水师作战时，亦留有余地，得胜也不穷追猛打，对俘获的明将还加以优待，其政治意图就是寻求被政府招安。同时在地方和官府里广布眼线。
在《明史纪事本末》中《郑芝龙受抚》就提到泉州知府王猷认为：“（郑芝龙）势如此，而不追，不杀，不焚掠，似有归罪之萌”，官军无力剿灭，“抚或可行”。郑芝龙在受抚前后，对海澄和厦门的军事行动非常重视，显示其极强的战略眼光，即将厦门直至海澄一线牢牢控制在手中，作为其事业生死存亡的关键。崇祯元年，郑芝龙在厦门击败试图夺回厦门的福建总兵俞咨皋的官军，并在同年受抚于福建巡抚熊文灿。明廷工科给事中颜继祖在上疏中对郑芝龙的海盗事业有如下描述：
郑芝龙生长泉州，凡我内地之虚实，了然于胸。加以岁月所招徕，金钱所诱饵，聚艇数百，聚徒数万。城社之鼠狐，甘为关键；郡县之胥役，尽属腹心；乡绅偶有条陈，事未行而机先泄；官府才一告示，甲造榜而乙讹言。复以小惠济其大奸，礼贤而下士，劫富而济贫。来者不拒，而去者不追。故官不忧盗而忧民，民不畏官而畏贼，贼不任怨而任德。一人做贼，一家自喜无恙；一姓从贼，一方可保无虞。……偶或上岸买货讨水，则附近戚里牵羊载酒，束帛承筐，唯恐后也。真耳目未经之奇变，古今旷见之元凶也。
明中叶以来，厦门湾沿海社会的私人海上贸易集团仍旧游离于明政府控制之外，而沿海社会民众因经济原因更愿意与海上集团合作，所谓“窝藏、接济”时常有之。郑芝龙在实现受抚目标后立刻展开对其他海盗集团的打击和兼并，先是在崇祯四年消灭了跟他原本同时受降而复叛的李魁奇集团，进而又消灭了原属于李魁奇集团队的钟斌海商集团。在崇祯五年至八年期间与劲敌刘香大战七八场，最终在“田尾远洋”歼灭了刘香。
在郑芝龙受抚后对李魁奇和刘香的战斗中，郑芝龙实现了对从厦门至海澄的战略重地的严格控制，对于海澄及附近区域的海外贸易基地，郑芝龙则片土不让。因为郑氏牢牢控制着厦门这个当时官方尚无法控制的港口，“据泉漳之交，扼台、澎之要，为全闽之门户，番舶之所往来，海运之所出人。”“凡中国各货，海外皆仰资郑氏，于是通洋之利，惟郑氏独操之。”
凭借新式的火器，由铳城围绕的厦门这个“据十闽之要会，通九译之番邦”的港口和要塞，“贩洋贸易船只无分大小，络绎而发，只数繁多”，在郑氏令旗之下，“服贾者以贩海为利薮，视汪洋巨浸如衽席，北至宁波、上海、天津、锦州，南至粤东，对渡台湾，一岁往来数次，外至吕宋、苏禄、实力、噶喇巴，冬去夏回，一年一次。”海洋贸易的巨大收益成为支撑郑氏海洋帝国的强大经济基础。
郑芝龙受抚后藉由明政府的倚重，其军事力量深深辐射到了汀漳泉三府之中。而其重点经营的安海、海澄、厦门三个港口城市，具体到防务上，就是尽量筑铳城以备敌，可说是控制严密，固若金汤。整个厦门湾地方也在明亡后成为明清易代各方争夺的焦点之一，而海澄至厦门一线，则是郑氏海上集团的生命线。
清初厦门湾拉锯战中的铳城
厦门湾的铳城防御体系，素以海澄和金厦两岛为核心，海澄之修建铳城实缘于防备荷兰殖民者。天启中，荷人内犯，“邑令刘公斯（土来）为筑陴水㵝，置铳待敌，此铳城之祖也。”张燮《刘明府惠兵德政碑》记刘斯（土来）建置铳城之初衷时说：“夷所恃长技者，铳耳，吾独不能以铳攻夷耶?悉筑小堡于水㵝，置巨铳其前，名曰铳城，俟贼至急击之，贼为遯去，不敢曳澄寸武。”此即最初之大泥铳城。除此之外，刘斯（土来）还在钱屿、木屿设置二铳城，与厦门圭屿相接应。
荷人去后，刘斯（土来）所筑大泥土垣渐次崩颓。天启七年五月，“海寇猖獗，刘令就港口饷馆码用石砌筑铳垣，东长四丈，北一直七丈，置铳孔若干。复于沧江码用石砌筑铳垣，东长五丈二尺，北一直七丈二尺，置铳孔若干。”崇祯元年，“龙溪令楚烟摄署澄篆，于大泥天妃宫上筑石铳垣二十余丈，崇丈有二尺，置铳若干，防御贼舟。”余应桂接任海澄知县后，相地于原建铳垣之下，砌筑铳城。
据余应桂《大泥铳城记》记载：“其城四周共一百一十三丈，石城四十九丈，土城六十四丈二尺。石城正面铳孔有九，大神飞铳九门，铜铳三门，銈铳九门；两傍铳孔各四，各中神飞铳四门；面海建敌楼一座，其三面各立一门，上建楼。城内把总衙一座，旁附哨官住房两座，城两旁哨官房、兵房共三十二间。”
二年九月，又择溪尾地方正对中港者再筑铳城一所，“周围六十六丈八尺，北临海二十五丈亦用石砌，余四十五丈仍用灰土。临海铳孔一十有五，各置大神飞铳，两傍各铳孔九，各置中神飞铳，东西南各辟门建楼，北临海建一敌楼，俱如大泥之制……既告竣，旋撤八都沿江土垣而石砌之，广四尺，崇六尺，每十丈留铳孔者三，安铳备御，延袤二百余丈。复于港口埠筑关，建楼其上，额曰中权关，盖以二铳城为前矛后劲云。”
崇祯四年，梁兆阳由福安调繁海澄，除继续完善中权关“腰城”外，嗣因原大泥铳城“基址未巩，城渐低下，铳眼与敌艘不相对。又铳皆北向，敌从东乘风潮突至，御之无及，乃于天妃宫更筑一铳城。”此城“自东至西计四十丈，台垣铳孔十有三，可击贼舟于数十里之遥。”
而厦门湾北岸则部署有晋江新式铳城两座，一在鹧鸪口，曰鹧鸪口铳台，一在溜石，曰溜石铳台，亦建于启、祯之间。据史继偕《郡东南徼新造铳台记》，鹧鸪口在晋江东南，为泉州海上门户，“海洋多暗礁伏石，非潮涨，巨舟不得行，仅龟屿前一线，舴艋可通，宜宿一军，为咽喉扼塞。而战守之具，无逾火器，若创筑城台，备列铳砲，寇至港门，列砲齐发，一夫之守，雄于百人，使贼不得向迩，欲战不得，伺其困怠，出锐兵歼之，此百全之势也。”
天启七年又于此修建铳台，周二十四丈，高一丈八尺，“中建房五，安大将军铳九，重各八千斤，人猝不能举移。旁为火房三，以列百子铳、神飞砲之属。”溜石铳台为崇祯二年知府蔡善继建，“周遭二十余丈，崇之丈有四尺，下为铳眼十八，配以大发熕、大神飞炮十八门，上层设铳眼二十，配百子铳、佛郎机四十门，据高而发，势无所不靡。塔畔列营房，宿军士三百员名。”
而厦门湾往南的广东南澳岛，也在天启年间为防备荷兰殖民者修建了新式铳城，这就是由南澳总兵黎国炳建造的腊屿铳城。据黎国炳《铳城记》：“腊屿铳城之筑，备红夷也。上座高一丈二尺，中围一十八丈二尺，为铳门者五。下座八尺，长围一十六丈，为铳门者十。中筑屋一座二间，以居城守兵士；敌楼一座，以壮形势；旁为屋三间，以贮军实。城外为屋三间，以充厨灶。下城为屋二间，以便看守。又于山顶筑台瞭望，高三丈，周围六丈，外环以墙，高八尺，长十二丈。”
铳城“列大将军十五位，大神飞八门，每门受药弹四五斤，震发数十里，金石为碎。募兵六十名听用，官一员督守之。”铳城始就，“红夷乘料罗、古雷之胜，以三巨舰直逼南澳，遥见铳城，返泊青屿洋，眈眈三日，无敢犯境，夺魄而逃。诚制敌之长技而保障之上策也。”腊屿铳城建成后，黎国炳又在南澳岛之云澳修建云盖寺铳城，“上列大将军二位、大神飞二门，敌楼一区，戍兵防守。”
除此之外，处于海澄钱屿、木屿之中的圭屿，因其“为厦岛之内臂，漳郡之外户”，明末亦置铳城御敌。厦门本岛在“天启壬戌、癸亥间，以红夷寇掠，置厦门铳城一，曾家澳、塔头铳城二，别设戍兵。”
鼓浪屿在天启二年也因“红夷驾巨舰攻围”，设置铳城一座，置戍兵一营。而在成功驱逐荷兰殖民者之后，福建巡抚南居益也在条陈澎湖善后事宜时特别强调重建澎湖铳城的必要性：“查得彭岛浮于海上，尽称天堑……其汪洋空阔，可以稳泊巨艘。惟妈宫、暗澳澳口两山对峙，左为风柜仔，右为西安，计水面相距止五百七十余丈。而案山鼎立其中，最称要害。此夷向日据此，以与我争者也。向为夷之所必争，今为吾之所必守。合无于风柜、西安、案山三处各筑铳城一座……设有异色等船，睥睨扬帆，三处巨铳一齐俱发，而岸上陆兵，持满横槊，以相犄角，此万全之策也。”
又说：“夷人所恃坚舟，若用大铳重四五千斤、发弹十余斤者击之，未有不破。故夷望有铳城，即扬帆远去，不敢相近。则沿海勘泊大舟处所，各筑铳台，照夷式造大铳数十门，分发防御，在在可称金汤。”
清顺治三年郑芝龙降清之后，郑成功继续整合沿海的郑氏海商力量与清朝相抗衡。而在甲申明亡至顺治三年这一阶段，郑芝龙曾拥立隆武帝在福州建立小朝廷。漳州沿海和汀州内陆地区的地方社会陷入群龙无首的混乱局面。光绪《漳州府志》记载了顺治三年闽南的*乱动**局面：
崇祯十六年四月，漳浦山贼陈鸾、邱缙等寇掠东山，与余五、番薯八相继出没；后俱为郑芝龙招抚。是年，诏安山寇余五姐犯四都，知县、所官督兵迎战，被获。武生沈致一、林惺南、许和公俱战死。黎明，县众合诸村精锐，径捣文家寨贼营，夺知县、所官以归。是冬，贼崔马武逼诏安城，剳营西沈。守陴者夜擒踰堞奸细，枭之以示，贼解去。
顺治元年（自元年至三年，江南福王、福建唐王相继自立，漳尚未归顺）十月，山寇徐连陷云霄，遂攻漳浦县（时邑中乏令，漳南道陈起龙自郡移驻，登陴守御；自分必死，里衣皆用印符。血战累日，贼死无数，城赖以全；檄长泰知县郁文初来署县事，而自回漳。既而郑芝龙收其余众，请降；起龙坚执不可，解所著里衣示之，悉斩于南教场）。是年，贼叶积掠诏安吉林、西潭等处，闻官兵急追，遁入广。
二年七月，北溪贼林拔顺谋袭漳城。八月，饶寇逼诏安，土寇应之。官兵御贼于章朗埔，歼之。
三年，大师入漳。是年四月，贼夜袭破诏安县，杀唐王所署官；有陈习山、胡仲慥者各带丁壮赴援，贼坠城遁。是月，郑芝龙降；子成功遁入南澳。郑彩、郑联据厦门；沿海铜山、古雷、游澳等处悉为寇穴。
《安海志》中记述：
成功延袭芝龙当年海贸旧规，编组东西洋船队，挂“石井郑记”牌照，航行于日本、台湾、吕宋及南洋各地以通贸，并按海山两路，设“五商十行”于各地；“五常商行”（仁义礼智信）设于厦门及附近诸港澳，集各地贸外货物运南洋各地；“五行商行”(金木水火土）于京都、苏、杭、津、鲁等地，购买各地土产货物，供“五常商行”货运出洋。故清廷虽欲困扼郑师，郑却凭海外通贸之积累，以供北伐东征之军需。安海为郑氏举义首发地，虽清兵几次骚扰，却仍为郑氏所控制；安海港亦成为集运各地土特货品及军需粮饷以济金厦义师之港口。直至丙申（1656)毁镇，辛丑（1661）迁界，安海夷为废墟，海港因之闭绝。
郑成功与清朝对厦门湾的争夺以对海澄的攻守为核心。海澄因明末历任县官的修铳筑，成为当时陆海体系完善的一个重要战略据点，并且涉及到漳州府城的安危。海澄县城共有三个城池，各筑铳城，从设县开始修建完善。主县城的修筑尤其坚固：
隆庆元年（1567）设县，将二都分为二堡，八都则东北一带仍旧垣而修葺之。西沿溪亦垣以灰土，连亘于旧南一带，为草坂堡附焉。四年，郡守罗公青霄议以南北相距丈尺数倍东西，有乖形势，且不便防御，乃撤草坂堡而缩之。又于东边扩地若干，支官帑砌以石。邑令王公谷派征丁苗佐之。始工于五年十一月，讫工于六年八月。城周围长五百二十二丈，高二丈一尺。辟门四，东曰清波，西曰环桥，南曰扬威，北曰拱极。月城三，窝铺二十有二，垛口二千四十有五。又于新亭辟一小东门，往来便之。” 万历十年修晏海楼，万历二十三年增旧城三尺。天启二年，邑令刘公斯□于城东北隅筑一关连港口堡以为固。
另有九都港口二城：
邑治旧属三堡，城其一为县，盖就草坂堡而裁之，九都港口二堡仍旧。承平既久，堡墙递倾，万历十四年，邑令周公炳谋于防海姚公应龙，节羡重修。天启二年，红夷入寇，堡墙复颓。邑令刘公斯□锐意更使，太史公李世奇时为孝廉，竭力赞襄。以港口东北面海，最为敌冲，易灰为石，中为复壁，上周马道，高一丈数尺，周三百五十丈。九都则学宫在焉，其重与县城等，四面砌垣，覆石高一丈七尺，周三百三十丈，屹然有辅车相依之势。
九都港口一城为重要海防堡垒，一为学宫城。这两个城池与主县城形成三足鼎立的姿态，军事防守体系严密。海澄的城防体系除了三个主城池外，还在沿海地带沿江修筑了面对九龙江的长条状腰城，是为大泥铳城。
当时闽南沿海的防御体系基本已广泛推进了铳城，早在崇祯八年时，韩霖在《上吴道尊议修铳台揭》中重提“城守要务，铳台第一”，呼吁在沿海州县建造大型敌台，“用炮守之”，一般是迂回的办法，在东北、东南各作一台，“用炮夹击”，且称“此议曾与西洋高先生道之”。所谓西洋高先生，即当时在绛州传教的耶稣会士高一志。则韩霖关于铳城的改良思路势必受到欧洲军事工程技术的启发与影响。
这一腰城从天启二年修筑，至崇祯年间不断增筑，对抵御崇祯初年李魁奇和刘香海寇集团的侵扰起了重大的作用。史载：明天启二年，邑令刘公斯□以红夷警至，乃于大泥海岸营筑土垣，置铳及警，怠垣日就圮。七年五月，海寇猖獗，刘令就港口饷馆，码累石为垣，东西长四丈，南北七丈二尺，复于沧江码亦设石垣，东西长四丈，南北七丈二尺，皆有炮孔若干。崇祯元年，李魁奇复叛，龙溪令楚公烟摄澄篆，于大泥、天妃宫上垒石砲垣二十余丈，高丈有二尺，置砲防御贼舟。十月邑令余公应桂至，甫下车，相度地形于楚公。砲垣下更筑铳城，周围一百一十三丈有余。北临海砌石四十九丈余，三方仍用灰砾，计六十四丈有奇。北垣砲孔九，各置大神飞砲；东西亦九孔，各置中神飞砲佐之。东西南各开一门，门各有楼，北面海建大敌楼一所。南门正对教场，额曰“青霞锁钥”。
中建把总衙，翼以哨官兵房各三十二间。八月，贼入中左所。余公命八、九二都，沿江垒土为垣，高厚各四尺，每丈设一砲口。初八日，贼舟入大泥，我师击之。贼惧不敢近，遂由中港转福河，无所利，扬帆去。垣内伏兵发砲击之，至砲城复齐发巨铳击之，贼舰煨尽，浮尸蔽江。
（崇祯）二年九月，又以溪尾对中港之冲，再筑砲城，周六十丈八尺。北临海砌石二十五丈，砲孔一十有五，各置神飞大砲。余四十五丈，仍用灰土，旁各砲孔九，各置神飞中砲。……又撤八都沿江土垣（即腰城）易以石。……（崇祯）五年二月而工甫竣，而巨寇刘香警至，侦澄有备，不敢近。
至此，海澄形成了外有大泥铳城，内有犄角相连三城辅助的完备防御体系，成为漳州府城最重要的海防保障。郑成功在重整海上军事力量之后，力图恢复对原本控制于郑芝龙手上的厦门——海门岛——海澄贸易路线。所以海澄成为其与清交锋的核心所在。
漳州府志中就郑成功对这一地区的争夺做了详细的记载。如：
（顺治）四年（1647）二月，郑成功、郑彩寇海澄；贼将王来破九都学城，参将田爵御之，焚桥而守。知县吴治臣自漳回，贼要杀之漏仔洲。副将王进自郡赴援，夜开西门架栈飞渡，缒入学城；贼皆熟睡，尽歼之。既而击贼于南门，附杀其前锋将洪致；贼阻闸水，多溺死，成功遁去。
同年，郑成功有攻泉州地方事，先入同安县后又失守：
顺治四年八月，郑成功先攻泉州，不下。……顺治五年（1648）春闰三月，成功取同安，以叶翼云知县事。成功引兵攻同安，守将廉郎、知县张效龄御之；战于店头山，败绩，廉郎等弃城遁。成功入据之，以叶翼云知县事。翼云，厦门人，庚辰进士，由吴江知县擢吏部主事。秋八月，总督陈锦率师破同安，明知县叶翼云、教谕陈鼎、守将邱晋、林庄猷皆死之，屠其城。
由于清军攻漳浦而不下，得云霄而复失。但郑成功则得到降将王起俸的帮助，力量得以更进一步壮大。顺治七年三月，总兵王邦俊平诏安二都山贼。八月，郑成功杀郑联于厦门，并其军。郑成功至此重新取得了厦门基地，事业达到了一个新的高峰。
从顺治八年开始，郑成功巩固厦门基地后，在厦门湾南北两岸建筑了一系列的铳城，加强对海澄的进攻。六月第一次尝试进攻海澄，失败。年底控制了漳浦，进而清海澄守将郝文兴秘密纳款，结为内应。
顺治九年初，郑成功攻占海澄。从该年三月至九月*攻围**漳州府城，府城中饿死数万人，最终没有攻下。同年九月郑成功毁海澄九都学城。乾隆《海澄县志》记载：“自三月围漳，至九月解围，遁毁学城。时诸村落逃散复归者，室家俱破，继以瘟疫，城内外几无烟火。”
顺治十年（1653）清军*攻反**海澄。府志记载：
五月，固山金砺攻海澄，填濠深入；贼发地炮，士卒多死，退还漳州。郑成功增筑海澄铳城，安大小炮三十余号；积粮草、储军器，以为持久之计。
郑成功在获胜之后，加紧了对海澄城防的加强和控制。不过两年后海澄因黄梧的降清而彻底失去。顺治十一年正月，清廷有招抚郑成功的动议，郑成功遣其*党**散各邑，沿乡派饷，至十二月，郑成功入漳州。
顺治十二年春，清世子王率大兵入闽；成功度势不支，六月，坠漳州及漳浦、南靖、长泰、平和、诏安各县城。而顺治十三年六月，黄梧、苏明以海澄降。成功将领甘辉等率军至，而清军已入海澄。城中郑军蓄积皆为清军所有。黄梧进爵海澄公，驻札漳州；苏明授内大臣，召入京师。
海澄控制权的失去，对于郑成功苦心经营的厦门——海澄防守核心来说，是致命的打击。“海澄系成功储蓄粮饷的大本营，而且是金、厦门户。黄梧献出海澄，敌势已孤。不回漳泉会师，合攻金、厦两岛，收复极为容易。”而郑成功在海澄未复的情况下，进军江南，又遭败绩，最终只得采取收复台湾的策略。郑成功之退守台湾，一定意义上也意味着郑氏以厦门为中心的贸易网络的被破坏，以及环厦门湾以铳城为核心的防御体系的优势尽失。