瘟疫在古代是坟场，在近代是战场，在现代是考场，在人类对微生物一无所知的蒙昧时期，一场大的瘟疫有时甚至足以改变整个历史走向。那么在明朝末年，波及全国的鼠疫又是如何推动历史的巨轮？又是如何消失的无影无踪呢？
一、旱灾，人与老鼠争口粮
万历46年，广东下雪，这普遍被认为是小冰河时期的开端，从此以后已经摇摇欲坠的大明王朝几乎连年遭受极端天气的袭击，粮食的大量减产直接导致成千上万的百姓饥不择食，除了野菜、树皮，草根，很多人还会选择从老鼠洞里找粮食。
更巧的是自嘉靖以来明朝与蒙古草原上的游牧民族常有冲突，大量汉人或逃荒，或被俘，在牧场上开垦了大量农田，失去安生之所的老鼠大量与人接触。最早出现问题的是山西，崇祯6年，当地开始流行一种奇怪的疾病，据史记载，患者身体肢节间会突生一“小瘰”，随后饮食不进，目眩作热，呕吐之物如西瓜败肉，再之后阖门皆殁。
这样的突发状况当时并没有引起朝廷的过多关注，一方面是高迎祥、张献忠的起义军已经让大明帝国疲于奔命，另一方面瘟疫其实在明朝并不罕见。
仅以永乐年间为例，永乐6年正月，江西、福建大疫，死者近8万人；永乐8年正月至6月，福建大疫，阖门皆殁者一万二千户；永乐9年七月，河南、陕西大疫；永乐11年六月至七月，湖州、宁波大疫。
即便是在大明王朝最鼎盛的时期，瘟疫也是连绵不绝，但根据以往的经验，瘟疫往往会随着时间推移逐渐消退，且最多只蔓延一地。道理其实很简单，古代中国以农业立国，人口被束缚在土地上，流动性极低，且生病之人往往浑身无力，若家中粮食充足根本不会四处逃难，客观上极大的限制了疾病传播的范围。
但这次不同，这场瘟疫最终席卷大江南北，最终伴随着大明王朝走向了终点。
二、流民，大逃荒与大起义
连续的荒年，当树皮草根吃完之后，在求生欲的驱使下，成千上万的流民会离开自己的土地到处逃荒，而明朝末年官僚体系极度腐败，对基层的控制形同虚设，根本无法控制这一浪潮，因此瘟疫很快蔓延到山西全省。
当然，流民对瘟疫的传播作用其实也是有限的，一方面流民无组织无纪律，只要有口吃的就不会再向更远的区域流动，另一方面带有瘟疫的流民往往很快就会死亡，无法走的太远，客观上也而阻断了瘟疫的进一步传播。不过流民出现的地方也往往最容易出现起义，而一旦出现起义，情况就截然不同了。
高迎祥、张献忠、李自成的起义军水平非常有限，充其量只能算是规模巨大的流寇，但流寇的出现标志着流民开始变得有纪律有目标，他们甚至可以在极短的时间内横跨几个省份，至于起义军内部因为瘟疫造成的大规模减员根本不会对其行动造成太大的阻碍，因为遍地都是随时可以裹挟饥民，起义军完全不用担心兵员问题。
随后明朝对起义军的*压镇**同样造成从各地调集的官军同样遭到瘟疫的侵袭，两者一追一逃之间，都成了瘟疫最大的培养皿，将病菌散布到所经过的各个省份。当时的古人虽然对微生物一无所知，但也非常敏锐的察觉到了“贼过，疫起，贼不过，则无疫病”的现象。
于是明末的起义军和官军，本质上都成为了一支支瘟疫传播大军，将可怕的鼠疫散播到了所经过的一切省份和州县。当然如果仅仅如此，还不至于形成连绵十数年遍及全国的瘟疫，因为和其他微生物一样，鼠疫病菌同样会随着时间的推移逐渐消退。例如一场大雪，或者一次极寒天气，大量的老鼠被冻死后鼠疫疫情自然会得到极大的缓解。
三、腐朽，毫无作为的大明王朝
崇祯14年夏天，全国大旱，鼠疫在安徽、河南、河北等地大规模爆发，虽然目前已经很难考证瘟疫具体的传播路线，但明末的疫情很有可能拥有多个发源地，否则很难对其影响地区之广，时间之长做出合理解释，毕竟除了山西，其余省份的居民同样再和老鼠争食。
和崇祯6年时的情况一样，瘟疫随着流民和流寇迅速蔓延，最后甚至影响到了北京，史书记载“京师大疫，死者无算”。那么在这十数年间，朝廷又做了什么呢？几乎什么都没做，摇摇欲坠的明朝已经没有财政也没有力量来控制瘟疫了。
事实上，自洪武皇帝开始，明朝对于控制瘟疫一向十分重视，明初就设立惠民药局等机构，一旦发生瘟疫，免费看诊、发放药物，稳定地方，且不说其治病水平如何，至少能够极大的稳定人心，避免大量人口外流。但是到了崇祯年间，该机构早已无法运行，只剩下一些遗址尚在，控制瘟疫几乎只能依靠民间乡绅自发组织，规模小、水平低，且无统一指挥。
那么为什么清军入关后鼠疫仿佛一夜之间就消失不见了呢？道理很简单，清军在极短的时间内击垮了明朝长江以北的残余势力和李自成大军，迅速建立起秩序，同时清军入关的那个春天全国突然风调雨顺了起来，民众有了吃的，自然也就不再逃荒。没有了大规模的人口流动，瘟疫当然很快就消失了。