这个时期医学的发展，一方面是在考据学的影响下，不少医家从事于古医书的考证校订、辑复工作，这对于保存和研究古代重要医学文献是有贡献的。但是，这种脱离临床实践的学风，对医学的发展有一定的阻碍作用。另一些医家通过临床医疗实践，对前人经验有所发展，但受尊经复古的学风影响，不能提出新问题和新见解。他们的著作也很少能超越重订、增补前人著作的范围。
一、医学文献的研究和整理
吕震名研究仲景著作二十多年，探求伤寒各证之源，以便得到正确的立法和治疗，写成《伤寒寻源》（1850）一书，对研究《伤寒论》有一定的参考价值。丁松生的《当归草堂医学丛书》（1878）共十二种，其中《颅囟经》、《卫济宝书》、《产宝》均为经过详细校勘的罕有的传本。还有周学海的《周氏医学丛书》（1891）内容比较丰富，有他自己的论述，也有校勘、评述前人的著作。
医案医话一类的著作有何廉臣《全国名医验案类编》（1927），汇集全国名医八十余人验案370余例，有综合分析，又有临证经验。还有柳宝诒的《柳选四家医案》、陆定圃《冷庐医话》（1858）等，对于医家临证有一定的指导作用。
此外还有《中国医学大辞典》、《中国药学大辞典》等，这些都是当时研究祖国医学的工具书。
二、临证医学的发展
费伯雄等医家主张对金元四家经验的学习，不能死搬硬套，要得其所详而不忽其所略。费氏著的《医醇滕义》（1863）一书，对于慢性病阐述较多。他治虚劳，重视脾肾，认为气之根在肾，血之根在脾，二脏健康，则气血旺盛，诸病自已。
清末较有名的外科医生马培之的《外科传薪集》（1892），载有外科常用的验方、外用药和膏药的配制、用法，外科器械的使用等，对王洪绪等的《外科全生集》作了注释、补充和修正等工作，是沿用至今比较实用的外科临床书籍。
另外，吴尚先的《理瀹骈文
》（1864）总结了传统的外治法达数十种之多，其中对于使用膏药疗法最突出。这些外治法疗效较显著，又简单易行，在当时很受群众欢迎。
潘霨编辑的《女科要略》（1877）在吸收傅青主、陈修园、徐大椿等人经验的基础上，对妇产科常见病有简要的论述，其中对调经一门，论述尤详。治疗上重视调理脾胃。
张振鋆的《厘正按摩要术》（1888）介绍按摩疗法在儿科杂病方面的应用。他在诊法中提出“胸腹按诊法”，是其他医书所少见的。书中附有插图和内服外敷药物疗法，便于初学者掌握。
自清太医院取消针灸科以后，针灸学的发展受到一定的阻碍，但广大群众还是欢迎针灸疗法的。二十世纪的医家承澹安著有《中国针灸治疗学》一书，收集各家之说，结合个人临床心得，参考西医有关生理解剖知识，对针灸基本理论、穴位考证、施用方法、各科疾病的针灸疗法等作了详细的论述，并附有个人及前人的有关验案和文献摘要，该书对于研究和应用针灸疗法有一定的参考价值。
十九世纪末，喉痧流行，死亡率较高。许多医家致力于喉科的研究，夏春农著《疫喉浅论》（1874）指出对疫喉治法首当辛凉透表，继用苦寒泄热，终宜甘寒救液，忌用辛温升托，这些见解是相当正确的。
这一时期的眼科著作主要有陈国笃的《眼科六要》（1851），其中对眼科病症的论述和40种治眼病的方法，对学习眼科颇有参考价值。
三、中药方剂的成就
顾观光辑的《神农本草经》四卷（1844），有人认为比孙星衍的辑本更接近本草经的原貌。
曹炳章著的《增订伪药条辨》（1927），对110种药物，就产地、形态、气味、主治等方面作了真伪对比，为辨别药物真伪提供了参考资料。
丁福保的《中药浅说》，选择了日本药物学，从西医学的传入及其影响。从化学实验角度分析和解释中药，对沟通中日文化有一定的意义。
此外鲍相璈的《验方新编》（1846），费伯雄的《医方论》（1865），都是切合实用的方剂学著作。