急诊医学科
浙医二院急诊中心是1984年国内最早成立的急诊中心之一，在20多年的发展过程中创立了一系列的国内之最，许多模式和成果为国内众多医院所推广应用。1987年率先提出“二线急诊”的理论，建立国内首家急诊监护室，为危重急诊病人的救治提供了有力的保障；1995年最先开展对严重多发性创伤由急诊科实施一期救治，大大提高了严重创伤病人的救治水平；1999年将微创治疗技术引入急诊，率先开展神经内窥镜治疗脑出血、应用腹腔镜诊治严重多发伤患者，并组建区域高速公路创伤急救网络；2005年成为国内少数开通空中急救的单位之一。
本学科是国家临床重点专科，承建全国2家之一的国家创伤区域医疗中心，中国创伤救治联盟认证的国内首家“创伤医学中心”；是国内首批二级学科的急诊医学博士学位授予点，首批国家级急诊医学住院医师培训基地，哈佛大学高级灾难医学救援中国培训中心，浙江省医学重点学科；学科集临床、教学、科研、出版和培训于一体，是中国急诊医学事业发展的中心之一，连续位居复旦大学全国最佳专科（急诊医学）排行榜前5名。
中心现有医务人员103名，其中有医师26名，正高5名，副高6名，中级12名，博士生导师1名，硕士生导师2名，76.9%拥有硕士及以上学位（其中硕士53.8%，博士23.1%）；护士73名，其中副高2名，中级18名，82.2%拥有大专及以上学历（其中大学本科28.8%，大专53.4%）。
健康管理科
健康管理中心提倡“早检早治，防患未然；良好心态，健康之本”的理念，拥有高资历的从事健康管理的全科医师队伍，专业的健康管理师资质护理及导医团队，舒适的体检环境，一流的体检设备，全面灵活个性化的体检套餐，简便有序的体检程序，细致周到的服务，拥有独立的超声机、DR、CT、动脉硬化仪、骨密度仪、EZ-SCAN、胶囊内镜、Fibroscan等医院配备的全套医疗设施，为体检客户提供一站式服务。中心先后为浙江省华人华侨定点体检单位、浙江省企业家健康工程基地、新西兰加拿大移民体检中心、全国脂肪肝防治中心之一、全国18家健康管理示范基地旗舰单位之一。
中心设立体检服务部、随访部、客户服务部、健康教育部、学术培训部，各部门分工合作更好地为体检客户提供检前、检中、检后连续性的健康服务。健康体检作为中心的基本工作，质量把控严格。2009年起中心领导根据JCI国际评鉴标准建立了完整的体检质量控制体系，通过检后咨询、健康宣教、随访管理、后续全科诊治等为体检客户提供专业服务，并成为全国首批健康管理示范基地之一。
眼科
浙大二院眼科中心是国家临床重点专科、国家重点（培育）学科、浙江省和浙江大学重点学科，浙江医学支撑学科，浙江大学眼科研究所和浙江大学眼科学依托单位。眼科中心自1996年创立以来，在院领导的关心支持下、在中心主任姚克教授的带领下，经过20年精彩纷呈的创业历程，已经发展成为一所集临床、科研、教学为一体的大型现代化眼科中心。2016年门诊量达63.12万人次、年手术量5.82万例。
浙二眼科中心是一所集医疗、教学、科研为一体的具有鲜明专科特色的研究型的眼科中心。拥有总价值1亿多元的诊疗设备和仪器，绝大部分设备是从美国、德国、瑞士、日本等国进口的国际知名品牌，硬件设施达到了发达国家的先进水平。目前中心门诊楼共有诊室56间、各类检查室25间。在医院2号病房楼设有15间现代化的眼科手术室，净化规格达到国际标准100级，是国内单体数量规模最大的眼科手术室。
中心有以“浙江省特级专家”姚克教授为首席专家的90余位一流眼科专家，其中，拥有博士学位的占2/3以上。中心共有300多名工作人员，是一支实力雄厚、人才济济的精英团队。眼科中心设有白内障、玻璃体视网膜病、青光眼、屈光手术、小儿与斜视弱视、眼整形及眼肿瘤、眼表及角膜病、眼视光、神经眼科、葡萄膜等10大专业学组，开展全方位的眼科诊疗和手术，眼科诊疗和手术水平始终处于国内领先，国际先进水平。
神经外科
浙江大学医学院附属第二医院（简称“浙二”）神经外科成立于1957年，是浙江省成立最早的神经外科，也是国内成立神经外科专科较早的单位之一，是浙江省神经外科毫无争议的临床、教学和科研中心，“看脑外到浙二”早已成为浙江省及区域老百姓的共识。作为浙江省神经外科的发源地和浙江省神经外科医师的摇篮，建科以来，共培养进修医师800余名，硕士和博士研究生300多名，遍布全省和临近各省市及西北、华北边疆，在当地各级医院发挥着重要的骨干作用。全省约70%的神经外科骨干经过浙二神经外科的进修和培养。
全科下辖7个普通病区，1个癫痫中心病区，8个亚专科医疗组，分别从事脑血管病、垂体瘤、颅底外科、脑肿瘤、颅脑创伤、功能神经外科、脊柱脊髓外科、神经介入及小儿等专业方向，全面开展相应的核心和疑难手术：如脑干、斜坡及海绵窦区等部位肿瘤的手术，巨大复杂性颅内动脉瘤的显微手术，颅内及颅内外血管吻合术，巨大脑动静脉畸形显微切除术等。尤其在脑动脉瘤的急诊规范化治疗、垂体瘤的微创手术、功能区病变的精准手术、胶质瘤的个性化治疗和颅脑创伤急救及康复体系等在国内处领先和先进水平。年手术量（含介入）8500余台，位居国内前列。
心血管病科
浙江大学医学院附属第二医院心血管内科创建于1989年，是浙江省第一个独立从事心血管疾病防治、教学和科研的专门学科，以提高心血管疾病临床诊治能力及科学研究水平为首要任务，着重于心血管疾病的防治、新技术的应用推广和转化研究。经过25年的不懈努力，学科已经成为了浙江省心血管内科临床、教学、科研的指导中心，是国家临床重点专科，卫生部首批临床药理基地，国务院首批硕士博士授予点，卫生部首批冠心病介入诊疗、心律失常介入诊疗培训基地，国家中医药管理局中医药科研三级实验室，是浙江省唯一的心血管内科支撑学科，浙江省创新团队。
血管疾病介入诊疗是科室的传统优势领域每年完成各类介入性诊治8000余例。在冠脉旋磨术、FFR、OCT、IVUS、ICD和CRT植入、心律失常射频消融等领域国内领先。
烧伤科
烧伤与创面修复科成立于1958年，为国内最早成立的烧伤专科之一。经过半个世纪的发展，已成为集诊疗、科研、教学等功能于一身的特色专科，目前是浙江大学烧伤外科学博士点；浙江省烧伤救治技术指导中心；浙江省医学重点学科；全国优质护理服务病房；卫生部专科/住院医师规范化培训基地；中国糖尿病相关慢性创面教育项目培训基地；科室开放床位60张，年门急诊量超过27000人次，手术量超过1200人次，出院病人达1137人次。
现有医师18名，研究员1名，其中研究生以上学历占84%，高级职称超过40%；护士32名，本科以上学历占81%。诊治范围广泛：①各类烧伤：包括火焰烧伤、烫伤、电烧伤、化学烧伤、放射性烧伤、爆炸伤等，以及烧伤后功能康复及疤痕整形；②各类皮肤软组织缺损：包括皮肤撕脱伤、挤压伤、软组织缺损或坏死、骨外露等；③各类急慢性创面：包括压疮（褥疮）、糖尿病足等各种慢性溃疡及体表脓肿、甲沟炎、慢性骨髓炎等感染创口。50多年来，逐渐形成了烧伤、疤痕整形、功能康复及创面处理四个亚专科，对烧伤患者开展更加专业化、个体化的综合治疗，救治成功率（LA50）达94%，最大烧伤面积达100%。
超声医学科
浙大二院超声医学发展始于1962年，1990年成立独立的超声医学科室。在科室主任黄品同教授的带领下，超声医学科已经发展成超声诊断及治疗并重的临床学科，并形成了超声医、教、研齐头并进的格局。超声医学科连续4年（2016、2017、2018、2019）进入复旦版全国专科综合排行榜前十位。
科室拥有医生82人，其中主任医师2人，副主任医师及技师9人，主治医师29人，住院医师42人；另有医师助理24人，护士及辅助人员10人。超声医学科为浙江省超声医学质量控制中心挂靠单位、中国医师协会超声医师分会超声分子影像与人工智能专业委员会主任委员单位、浙江省超声医学工程学会会长单位、中国超声造影培训基地、中国介入超声培训基地、全球超声造影介入临床基地、浙江大学超声医学专业博士学位授予点、浙江大学超声医学专业博士后流动站、浙江大学医学院医学影像学研究生学位点。2020年成立浙大二院超声医学与生物医学工程研究中心。