中国人民解放军第39军的历史起源于东北*战野**军第2纵队，该纵队由中国工农红军第15军团的部分部队发展而来。1937年8月25日，红15军团在陕北三原县桥底镇改编为国民革命军第八路军第115师第344旅，旅长为徐海东，副旅长为黄克诚。1940年2月，该旅改编为八路军第2纵队，司令员为左权（后由*得志杨**接替），政治委员为黄克诚。6月底，第2纵队的一部分与新四军第6支队在淮北地区会合，整编为八路军第4纵队，司令员为彭雪枫，政治委员仍为黄克诚。7月，第2纵队的另一部分与陇海南进支队及其他地方支队合并，组成八路军第5纵队。1941年1月，皖南事变后，该纵队改编为新四军第3师，下辖第7、第8、第9旅。同年7月，参与了以江苏盐城为中心的反“扫荡”行动。9月，第9旅调至第4师，第10旅调至第3师。1942年10月，进行精兵简政，将4个主力团改为地方武装，并参与了淮海区的反“扫荡”行动。同年冬季，第3师兼任苏北军区职责。1943年春，参加了盐阜区的反“扫荡”行动。1944年，参与了高沟杨口战役。1945年4月，第10旅兼任淮海军分区职责，一部分部队组成独立旅前往皖中，归第7师指挥。第3师在抗日战争的战略*攻反**中攻克了阜宁县城，并参加了两淮战役。
1945年10月，新四军第3师奉命挺进东北，11月底到达锦州地区，加入东北人民自治军。1946年1月，改称为东北民主联军第3师，下辖第7、第8、第10旅、独立旅及师直属的三个特务团，共计3.7万余人，师长兼政治委员为黄克诚。在辽西地区成功阻击了国民*党***队军**的进攻，取得了秀水河子、喜欢池等战斗的胜利，开辟了西满根据地，控制了长春至白城、通辽经郑家屯至齐齐哈尔的铁路线及西满广大地区。之后，在四平地区进行了两个月的阻击战斗，成功围歼了进犯四平的国民*党**军第71军第87师主力。
开国大将黄克诚
1946年8月，师机关一部分成立西满军区，司令员为黄克诚，政治委员为李富春。9月，师主力改编为东北民主联军第2纵队，司令员为刘震，政治委员兼政治部主任为吴法宪，副司令员兼参谋长为吴信泉。第8旅改编为第4师，第10旅改编为第5师，独立旅改编为第6师，全纵队约3万余人。第7旅改编为第16师，编入第6纵队。1947年春，参加了三下江南战役，对长春、德惠、农安之间地区的敌军发起进攻。4月，独立第1师编入第2纵队。从5月开始，连续发起了夏、秋、冬三季的大攻势，将战争推向了国民*党**统治区。
开国上将刘震
1948年1月，东北民主联军更名为东北人民解放军，第2纵队保持原编号。8月，东北军区前方第2指挥所改称为东北*战野**军第2兵团部，第2纵队隶属第2兵团。9月，东北人民解放军发起辽沈战役，第2纵队先参与了锦州作战，随后北上，与其他部队一起在辽西围歼了廖耀湘兵团，并直捣沈阳。
1948年11月1日，第2纵队更名为中国人民解放军步兵第39军，军长为刘震，政治委员为吴法宪，副军长为吴信泉，参谋长为王良太，政治部主任为李雪三，后勤部部长为伍瑞卿。原属第4师更名为第115师，师长为胡继成，政治委员为李世安；第5师更名为第116师，师长为吴国璋，政治委员为石瑛；第6师更名为第117师，师长为张竭诚，政治委员为李少元；东北人民解放军独立第7师调归该军，更名为第152师，师长为罗华生，政治委员为邱子明。12月1日，该军参加了平津战役，在解放天津战役中担任了和平门方向的主攻任务。
1949年4月，东北军区整训司令部组建了第14兵团，第39军隶属于第14兵团。4月底，第39军从河北武清地区出发，向华中南进军。7月初，进至湖北宜昌、沙市、江陵地区，渡过长江，随后改归第13兵团。该军后进军湘西，参加了衡宝战役，然后直下柳州，解放了南宁，于12月11日解放了镇南（友谊）关。同时，第152师改为南宁军分区，脱离了第39军。在解放战争中，第39军涌现了梁士英、王凤江、黄达宣等许多著名战斗英雄和“攻克锦州先锋连”等英雄集体。
1950年7月2日，第39军奉命北上，7月4日，开赴东北，在辽阳、海城地区驻防。10月，第39军改编为中国人民志愿军第39军，军长为吴信泉，政治委员为徐斌洲。
开国中将吴信泉
10月21日，该军开赴朝鲜参战。11月1日，在前进中与敌军遭遇，于云山地区打了出国后的第一仗，歼灭了美军骑兵第1师第8联队和南朝鲜军第1师第12团一部及两个炮兵营、一个战车连大部，毙伤俘敌共2000余人。11月底，志愿军发动第二次战役，第39军先在云山以南的明堂洞、上、下九洞地区阻击北犯之敌，后与兄弟部队一起转入*攻反**追击，收复了平壤及“三八线”地区。12月底，志愿军发动第三次战役，第39军在高浪浦里以东地段突破敌临津江防线，解放汉城，进占水原，与友军一起收复了三八线以北广大地区。
1951年2月，志愿军进行第四次战役，第39军（欠117师）担任东线反突击集团战役预备队。第117师归友军指挥，担任战役穿插任务，一个夜间插入敌人纵深38公里，抢占要点，切断敌人退路，协同友邻围歼了南朝鲜军第8军3个团及美军第2师一部。2月中旬，第39军在洪川地区组织了运动防御作战，艰苦奋战40昼夜，在50公里纵深内，顽强抗击美军骑兵第1师，第24师，英军第27旅，南朝鲜军第6师的进攻，消耗和疲惫了敌人，并为下一战役创造了有利条件。1951年4月，志愿军发动第五次战役，第39军归第9兵团指挥，担任掩护任务，保障兵团主力左翼安全。4月底，第39军（欠117师）归第3兵团指挥，担任战役预备队任务。战役结束后，北移成川休整。11月，第39军归第19兵团指挥，接替第47军临津江两岸的防御任务。在历时340天的防御作战中，贯彻“持久作战，积极防御”的战略方针，依托坚固防御阵地，粉碎了敌人数百次进攻，同时，广泛地开展小分队活动，积极组织战术反击，挤占缓冲区11个高地，扩大阵地面积，稳定了防御态势，配合了停战谈判。在抗美援朝战争中涌现出倪祥明、高云和等许多战斗英雄和“突破临津江英雄连”等许多英雄集体。
1952年12月18日，第39军移防西海岸，参加西海岸抗登陆备战。1953年5月回国，结束了在朝鲜的战斗任务。此后，第39军继续在中国人民解放军中发挥着重要作用，成为一支不可或缺的力量。