首先，植物检疫通过阻止带有危险性有害生物的农产品和植物繁殖材料的入境，阻止局部危害的有害生物的地区间传播和蔓延。现代社会的农产品贸易和植物引种极为普遍，然而引种常常带入危险性有害生物，并在新环境下暴发危害，给人类造成巨大的经济损失，甚至酿成灾难：
如19世纪30年代欧洲从南美洲引种马铃薯，随种带入马铃薯晚疫病菌，在欧洲温暖潮湿的气候环境下暴发，导致有名的“爱尔兰饥谨”，使岛上800万人口3年内锐减到400万；
原产于美国的葡萄根瘤蚜，1860年随苗木引入法国，1880至1885年暴发危害，导致葡萄园大面积毁灭，酒厂倒闭；美国从亚洲引种时将栗疫病带入，其后暴发，使美国东部一带栗树几乎绝种；引种埃及长绒棉带进的红铃虫，在20世纪初导致几十个植棉国皮棉减产约1/4。农产品携带危险性有害生物，并通过贸易渠道在国家或地区间传播，造成严重后果的事例也很多：如20世纪初，由于造船业的兴起，日本从美国进口大量原木，将原产于北美的松材线虫带入日本，导致松材线虫萎蔫病暴发，损失惨重。
事实上，近代各国因引种和贸易
带入有害生物造成暴发危害的事例不胜枚举，造成的经济损失也相当惊人，甚至，还有不少引种的植物演变成有害植物的事例，如中国作为饲料和绿肥植物引进的空心莲子草，后来演变成了恶性杂草。
其次，植物检疫可以提高进口农产品的安全性，同时通过指导农产品安全生产，提高出口农产品的安全性，以及与国际植物检疫组织的合作与谈判，为本国的农产品出口铺平道路，维护国家在农产品贸易中的利益：
如1989年中国与日本植物检疫部门合作，解决了中国出口哈密瓜和鲜荔枝的检疫问题；20世纪90年代中期通过合作与谈判，使新西兰、加拿大和美国相继取消了从中国进口鸭梨的禁令。目前全球经济一体化趋势使各国间农产品贸易大大加强，一些国家为了保护本国的农产品市场，常使用关税壁垒和技术壁垒措施阻止农产品进口,而携带危险性有害生物及农药残留超标往往形成农产品贸易最大的技术壁垒。因此,加强植物检疫可以促进农产品贸易公平健康地发展,维护国家的利益和民族的尊严。
此外，植物检疫通过阻止危险性有害生物的传播，不仅避免了生物灾害造成的经济损失，同时还维护了人类的环境利益和生命安全。在这方面，因检疫不严导致严重后果的事例也很多：如随木质包装箱进入中国江苏的松材线虫，导致江苏大量古松枯死，严重破坏了植被景观，给生态环境造成不可估量的损失；进口大豆中夹杂的曼陀罗种子和阿米草，曾引起严重的人畜中毒事故。为根除传入的危险性有害生物，人类使用大量农药或其他清除措施
不仅投入巨大，也给生态环境造成严重破坏。