本文为由小强撰写的《VASP实用教程》第39篇，全系列约60篇，将在近期陆续更新。
今天给大家介绍一个基于python的程序库，名为Atomic Simulation Environment，简称ASE。ASE的优点明显，ASE 基于 Python 脚本语言，因此无需任何代码修改即可执行非常复杂的任务，是一个十分强大的工具。
首先我们来和大家分享一下安装方法。
- 安装ASE前必须安装的程序
- Python 3.6 或更高版本
- NumPy 1.11 或更高版本（基于N维阵列包）
- SciPy 0.18 或更新版本（用于科学计算库）
- 推荐安装的程序
- Matplotlib 2.0.0 或更新的版本
- tkinter或者ase.gui
- 选择安装的程序
- Ase.db Web界面的Flask
- pytest 3.6.1 或更新的运行测试版本
- pytest -xdist 1.22.1 或更新的并行运行测试版本
- 用于某些对称性相关要素的spglib
- 安装
使用pip安装
- pip install --upgrade --user ase # 安装 ASE 的最简单方法是使用pip，它会自动从PyPI获取源代码
- pip install --upgrade --user ase[test] # 运行测试
从源安装
Tar-file
- tar -xf ase-3.20.1.tar.gz
- ln -s ase-3.20.1 ase
# 最新稳定版本的ase，解压缩并建立软链接
Git clone
- git clone -b 3.20.1 https://gitlab.com/ase/ase.git # 获取最新稳定版本
- git clone https://gitlab.com/ase/ase.git # 开发版本
Pip
- pip install --upgrade git+https://gitlab.com/ase/ase.git@master # 直接使用 pip 安装
环境变量
export PYTHONPATH=<path-to-ase-package>:$PYTHONPATH
export PATH=<path-to-ase-command-line-tools>:$PATH
测试
ase test # takes 1 min. # 需要确保已经正确设置环境变量
在终端输入ase –version，显示版本即可。
- 这里和大家分享两个官网提供的简单的例子
1.计算氮分子在铜表面的吸附能
2.水分子结构优化