脱古思帖木儿是爱猷识理答腊之子，即被朱元璋俘虏又放回来的买的里八剌，在爱猷识理答腊去世后，脱古思帖木儿继任北元皇帝，在军事上继续与明朝进行抗争，在政治上干扰明朝与高丽之间的往来，成为明朝最大的祸患。明朝制定了新的战略部署，即同时剿灭北元在云南以及辽东地区的势力，彻底覆灭北元的希望。后来脱古思帖木儿在捕鱼儿海战役中被杀，北元贵族也尽数被捕，元朝建立百余年的政权正式宣告结束。蒙古各部矛盾重重，再也无法形成统一的兵力和明朝进行对抗。
一 明朝出兵云南
北元立足漠北，明与北元的南北对峙局面开始稳定。明朝遣使与云南、高丽建立联系。当时负责镇守云南的梁王把匝剌瓦尔密是元世祖忽必烈第五子忽哥赤的后裔，是北元重要的军事希望。“梁王把匝剌瓦尔密，元世祖第五子云南王忽哥赤之裔也。封梁王，仍镇守云南。顺帝之世，天下多故，云南僻远，王抚治有威惠。至正二十三年（1363），明玉珍僭号于蜀，遣兵三道来攻，王走营金马山。明年以大理兵迎战，玉珍兵败退。久之，顺帝北去，大都不守，中国无元尺寸地，而王守云南自若；岁遣使自塞外达元帝行在，执臣节如故。”元廷北徙，梁王把匝剌瓦尔密仍然镇守云南，每年派遣使臣到北元皇帝的行在，像原来一样严格遵守君臣礼节。
“未几，明师平四川，天下大定。太祖以云南险僻，不欲用兵。明年正月，北平守将以所得王遣往漠北使者苏成来献，太祖乃命待制王祎赍诏偕成往招谕。王待祎以礼。会元嗣君遣使脱脱来征饷，脱脱疑王有他意，因胁以危语。王遂杀祎而以礼敛之。逾三年，太祖复遣湖广参政吴云偕大军所获云南使臣铁知院等往。知院以己奉使被执，诱云改制书绐王。云不从，被杀。王闻云死，收其骨，送蜀给孤寺。”明太祖朱元璋多次派使者前往云南，打算以和平方式解决云南问题，这些使者均遭杀害，明太祖于是决定用*力武**统一云南。
朱元璋认为：“云南僻在遐荒，行师之际，当知其山川形势，以规进取。朕尝览舆图，咨询于众，得其扼塞取之之计，当自永宁先遣骁将别率一军以向乌撒，大军继自辰、沅以入普定，分据要害乃进兵曲靖。曲靖，云南之喉襟，彼必并力于此，以拒我师。审察形势，出奇取胜，正在于此。既下曲靖，三将军以一人提劲兵趋乌撒，应永宁之师，大军直捣云南，彼此牵制。疲于奔命，破之必矣。云南既克，宜分兵径趋大理，先声己振，势将瓦解。其余部落，可遣人招谕，不必苦烦兵也。”当时明太祖朱元璋经过一番思虑后认为云南地处偏远，如果大军发起进攻必须要对云南的山川地势有所了解，否则无法制定合适的军事部署。明朝的大军相继从辰、沅进入普定，并且沿途把守着重要的据点，将整个云南夹击在内，然后整治三军开赴曲靖。曲靖是整个云南的咽喉要地，在此发生了恶战，梁王负隅顽抗久攻不下，明军派出哨兵观察山川地势，最终出奇招取得了胜利。拿下了曲靖之后云南再无抵抗的力量，一路围剿，不久便彻底攻克了云南。
洪武十四年（北元天元三年，1381）,“太祖知王终不可以谕降，乃命傅友德为征南将军，蓝玉、沐英为副，帅师征之”。朱元璋调兵遣将，以傅友德为大将军，率领三十万大军征伐云南，于十二月攻下普定。“王知事不可为，走普宁州之忽纳砦，焚其龙衣，驱妻子赴滇池死。遂与左丞达的、右丞驴儿夜入草舍，俱自经。太祖迁其家属于耽罗。”梁王知道这件事不可以继续下去了，于是命令*队军**绕道普宁州，烧了王服，逼死了他的妻子，然后自杀。太祖将他们的家属迁到耽罗。云南全境归附明朝。
二 东北地区的北元势力
东北地区是元朝驻扎*队军**较多、居住的蒙古族也较多的地区。还有相当一部分元朝中央政权和内地溃散的元廷官吏、将领及其所率领的*队军**退到东北地区，他们虽然“各置部众，多至万余人，少不下数千，互相雄长，无所统属”。但在对待明朝的态度上却十分一致。在东北地区，北元势力较为强大的主要有元丞相也速、辽阳行省左丞相也先不花、成吉思汗的开国将领木华黎的后裔纳哈出。
东北西部地区是原元朝丞相也速的势力范围，也速曾任辽阳行省丞相，后任中书丞相。明军进攻大都，也速率军退守红罗山（今辽宁省锦西大虹螺山），是元顺帝所依赖的重要势力之一。《庚申外史》载：“独上都与红罗山未平，庚申帝在上都，红罗山在东南，也速驻兵在焉。上都恃也速有红罗山为藩篱，红罗山恃上都为救援。”
至正二十八年（明洪武元年，1368）闰七月二十八，元顺帝率群臣逃离大都，八月“十五日，车驾至上都。上都经红贼焚掠，公私埽地，宫殿官署皆焚毁，民居间有存者。辽阳行省左丞相也速公献币二万匹、粮五千石至，始有自存之势矣”。
至正二十九年（明洪武二年，1639）二月、六月，也速率军两次进逼北平，都没有成功。虽然在与明军的对抗上态度一致，但元朝末年，在广宁、义州等地区，也速、纳哈出曾互相侵略。在明朝势力不断向东北扩大的同时，也速退到西拉木伦河与老哈河之间的全宁（今内蒙古自治区翁牛特镇）地区。但仍有许多小股的北元势力如同知杨普贤奴、元将杨思祖、田院判等，活动在今辽宁与河北交界及其以北以东地区，他们都听从也速的命令。
在元朝辽阳行省的政治经济中心的辽沈及以南地区，更是有多股的北元势力。元辽阳行省平章刘益扼守明军从海上进入辽沈地区的通道，与辽阳东部山区的高家奴互相声援，严密控制盖州（今辽宁省盖州市）、复州（今辽宁省瓦房店境）、金州（今辽宁省大连金州区）等地。这一地区的北元势力有辽阳行省平章高家奴、知院哈剌章、原元朝参政叶廷秀、元知辽阳沿海行枢密院事於山帖木儿等。占据辽阳城的是辽阳行省平章洪保保（扩廓帖木儿），为了集中兵力对抗明军，占据东北北部的也先不花、纳哈出，老鸦山的高家奴、南部的刘益曾打算合兵趋辽阳，遭到洪保保反对。也先不花等三部联合攻之，洪保保被俘虏，后虽然被释放，但实力大为削弱，只能收复旧部，依附于刘益，驻扎在得利赢城（今辽宁省得利寺镇龙潭山）。
在东北地区的东部，也有多股北元势力聚集着，都不是十分强大。较为突出的是辽阳行省参政赛因帖木儿。至正二十八年（1368）闰七月，元顺帝率群臣百官逃离大都，八月初二，“辽东参政赛因帖木儿率五千骑入觐，军容甚整，帝慰劳良久始已”。赛因帖木儿以兀剌山城（今辽宁省桓仁五女山城）为基地，活动在鸭绿江流域一带。
活动在东北北部地区的北元势力主要是木华黎的后裔也先不花和纳哈出。也先不花曾经*压镇**过辽阳地区的红巾军，担任辽阳行省左丞相。至正二十八年（1368）闰七月二十八日，元顺帝逃离大都，三十日，“车驾次鸡鸣山。辽阳行省左丞相也先不花奏至，请入觐，诏止之”,“八月初七日，左丞相失烈门卒，以辽阳行省左丞相也速不花为中书左丞相”。
元朝末年，纳哈出任辽阳行省的平章政事，建立了自己的势力范围，屯集大量兵力。后来元廷退出大都，纳哈出凭借强大的军事力量在金山（今吉林省双辽市东北）一带与明朝进行战斗。
三 纳哈出投降明朝
元至正二十八年（明洪武元年，1368）闰七月，元顺帝逃离大都，八月“初七日，左丞相失烈门卒，以辽阳行省左丞相也速不花为中书左丞相，以纳哈出为辽阳行省左丞相。纳公为行省平章政事，知兵善战，辽东贼皆为所殄”。元朝的旧部官吏对纳哈出趋之若鹜，号称拥兵数十万人，实则二十余万人。纳哈出多次主动攻击明军，是明朝统一东北地区的主要障碍。
北元宣光元年（明洪武四年，1371）六月，明太祖朱元璋派遣使臣到金山纳哈出驻地试图以和平的方式收复纳哈出，但纳哈出态度强硬，扣留了朱元璋所派遣的使臣。朱元璋见招抚不成，便决定派兵讨伐纳哈出。
北元宣光八年（明洪武十一年，1378）八月，朱元璋遣使致书纳哈出；对纳哈出动之以情，晓之以理。首先朱元璋认为纳哈出不失为“杰丈夫”，应该识时务，不应该做有违天道之事，不要去做有失德行之事。然后回顾了双方之间的矛盾之所在，指出纳哈出以往扣押并杀死使臣，就是有违天道的事情。现在仍与明军负隅顽抗，虽然各有胜负，但受害者众多，也是有违天道的。最后，朱元璋提出，如果纳哈出愿意归附，则既往不咎。同年十二月，朱元璋再次诏谕故元丞相哈剌章、蛮子、驴儿、纳哈出等，为他们分析了当前的形势及其与他们相关的利害关系，指出：“当此之际，卿等富贵若风中之烛，命如草杪之霜，深可虑也。”朱元璋为故元官吏设身处地地分析了当时的局势，响应了故元官吏中绝大部分的自动归附。
在加强心理攻势的同时，明朝政府对纳哈出的军事进攻也准备就绪。北元天元九年（明洪武二十年，1387）正月，朱元璋委任宋国公冯胜为征虏大将军，负责统领全军，并且接受宋国公的奏请，任命颍国公傅友德和永昌侯蓝玉分别为左右副将军，其他将领各有任命，点兵二十万人开赴东北地区征伐北元残部。
二月，当时的冯胜大将军率领*队军**到达通州（今北京市通州区），向北元*队军**率先发起进攻并且取得了胜利。三月，明军驻扎在大宁（今内蒙古自治区赤峰市宁城县）、宽河（黑龙江上游右岸支流）、富裕（今黑龙江省富裕县）等地修筑防御工事，作为临时的军事基地。后来元军听说明军来势汹汹，立即撤出所有据点。纳哈出得到消息以后带兵到新泰州（今吉林省前郭境内）驻扎，并且因为担心被明军围剿，将兵力分成三个部分，在榆林深处、养鹅庄、龙安一秃河（今吉林省农安伊通河）三个据点建筑防御工事。
五月二十一日，大将军冯胜安置五万兵力留守，率领十五万大军亲赴金山剿灭纳哈出残余部队。纳哈出的部队一路溃败被明军俘获，甚至不做抵抗便向明军投降。六月十一日，负责在一渡河（即今伊通河）驻扎的纳哈出部将放弃抵抗，高八思帖木儿、洪伯颜帖木儿带领所控制的部队向明军投降，明朝应用怀柔政策从归降的元军中选拔有才能的将领封其官职，或为千户、百户，并且给其他官兵赐下衣服以安军心。六月十九日，冯胜带领明朝大军抵达辽河的东岸，将驻扎在这里的部队全部收编。冯胜收整兵力继续向西，抵达金山当日直接大军压境向女真苦屯发起最后的进攻，戍守的将领无力抵抗纷纷弃械投降，此时驻扎在东北多年的纳哈出势力基本被瓦解。纳哈出迫于无奈，遣使至冯胜大营，表示愿意归降，但仍然心存戒备，要再探明军兵势。从纳哈出的心态来看，虽然他已经明确知道明军的胜利已是必然的趋势，但依仗自己的实力，仍存侥幸心理，想要确切地了解明军的实力到底如何，才能最后认输。所以，当他的使者以“大将军师盛”还报纳哈出时，纳哈出仰天长叹：“天下（不）复与我有此众矣。”随后，便亲自率百名骑兵到蓝玉处约降。
在纳哈出向明朝投递归降书以后，其部众纷纷向明朝投诚。明军在班师回朝的过程中又在金山、亦迷河（今吉林省饮马河）沿岸一带收编了两万四千余名伤残军人以及四万余辆战车和数千匹战马。部分残余的小股元军逃进了山林中无法追击。
九月，纳哈出及诸降将到达明朝都城，朱元璋“抚慰甚至，赐一品服，封为海西侯”,“食禄二千石”。随同纳哈出归降的故元官属、将校有3300余人，其中包括：9个王，4个国公、郡王，5个太尉国公，1个行省丞相，13个司徒、平章，31个左丞、右丞，32个参政、知院，189个宣慰使、副使、佥事，228个佥院、院判，927个万户、千户、路府州总管、同知等官，2个尚书参议，10个承旨学士，7个文学司马，15个郎中、员外，220个各部门官员，1400余将校……由此可见，聚集在纳哈出阵营中的故元官吏的数量是十分庞大的，随着纳哈出的投降，整个东北地区的政治格局发生了翻天覆地的变化，北元势力全部被瓦解，元朝的统治彻底结束。
纳哈出的归降对于明朝彻底剿灭北元势力有着重要的意义。北元在东北地区长期依赖纳哈出的势力与明朝做最后的抵抗，并且阻碍明朝与高丽建立宗藩关系，制约着明朝统一全国的步伐，北元每存在一天，明朝便一天无法建立统一的中央集权国家。纳哈出的归降标志着北元残存势力末日的到来，同时也为明朝统治东北，设置地方管辖机构奠定了基础。另外，明军势如破竹地收编纳哈出部队对北元势力形成了强烈的震慑，元朝官兵感受到在明朝绝对优势的力量面前做何抵抗也只是挣扎，因此诸多将领先后带兵归降，甚至是临阵倒戈，直接推进了明朝统治东北的进度。当时明朝并没有直接在东北腹地设置行省，而是建立了辽东都司，然后率领大军从南到北逐步推进，彻底扫清北元势力。洪武二十五年（1392），明朝为了将东北地区的残余蒙古人扫清，以免边塞再起战事，于是派遣北平都指挥使周兴戍守塞北，负责整个东北边界的安全。
明朝派遣*队军**出征东北，在纳哈出投降以后宣告着元朝在东北的势力正式结束，奠定了明朝统治东北地区的军事基础，并且为明朝向黑龙江下游扩展统治区域的军事行动做好准备。明朝将东北地区正式纳入统治范围以后不单单扩大了明朝的版图，更重要的是帮助明朝控制辽东以及辽西，便于开展下一步的军事行动。北元残存势力被清剿以后，明朝开始招抚女真各部。长期占据黑龙江下游、图们江流域以及长白山一带的女真部族在明朝的招抚安置之下，直接表达了愿意臣服于明朝的意愿。宣告了明朝彻底统一中国，实现了朱元璋最初起义建立统一政权的夙愿。
纳哈出的归降斩掉了北元势力的左膀右臂，北元的最后一根稻草也被明军斩断。明军立即巩固起北方地区的防御工事，增强边缘据点的军事力量，防止北元的反扑。被明军彻底击败的北元势力逃到了蒙古的沙漠，并在此建立据点，趁明军边防工事未稳固多次骚扰明军。明军完成军事防御后根据周边地理位置进行布防，同时利用大宁的天然屏障，监测北元部队的动态，分出多股装备精良的骑兵以闪击战的方式打击北元残余势力。在此之后的数年里朱元璋先后派遣多名子嗣到边疆镇守抚慰军心，并且从未停止对蒙古势力的打击，东北地区迎来了真正的统一。
四 捕鱼儿海之战与北元灭亡
北元天元十年（洪武二十一年，1388）三月，朱元璋派遣大将军蓝玉亲率十五万大军开赴东北，彻底剿灭北元残部。明军得到消息说脱古思帖木儿藏身在捕鱼儿海，于是立即派出先锋部队直扑捕鱼儿海。有文献记载，四月，永昌侯蓝玉的大军抵达百眼井，和捕鱼儿海之间的距离还有四十余里，放出兵哨寻不到北元君臣，便召回哨兵继续行进。天刚亮的时候明朝*队军**到达捕鱼儿海，哨兵发现北元君臣及*队军**的踪迹，经过侦察发现北元*队军**的大营就在捕鱼儿海的东北方向，大约八十里的地方。蓝玉当即任命马弼为阵前先锋，率领*队军**直扑大营。北元*队军**开始的时候以为明军粮草匮乏，无法深入沙漠腹地，因此没有设置防御，而天气又刚好刮起大风，风沙较大视线受到阻碍，明军又是到了夜晚才开拔，北元军根本无法发现明军部队的行踪。北元军刚想要拔营继续向北退守的时候明军赶到，剿灭太尉蛮子后，余下的将士纷纷弃械投降。只有北元皇帝脱古思帖木儿以及太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十人趁乱骑马逃走。蓝玉得知后立刻带领精兵前去追击，追了一千多里也没有抓到脱古思帖木儿，只抓到他的第二个儿子以及妃子等人。
北元皇帝脱古思帖木儿原本以为明军与纳哈出的战斗必然消耗了大量的粮草，无法在东北地区长时间作战，必然不会继续深入沙漠腹地，因此忽视了外围的防御，导致被明军突袭。另外由于天气的影响，明军前锋奔袭的过程中，风沙阻碍了北元哨兵的视线，根本无法及时发现明军的部队，直到明朝兵马到达营地附近，北元军才突然发觉，仓促应战之下被明军击溃。北元太尉蛮子虽率军顽强抵抗，尝试击退明军，但军心本就不稳，无法组织有效的进攻，因此很快战败被杀，但却为脱古思帖木儿赢得了宝贵的脱身时间。
脱古思帖木儿在仓皇出逃的过程中没有选择合适的路线，一路快马加鞭却遇到了堵截已久的北元部将也速迭儿，也速迭儿当即将脱古思帖木儿和太子天保奴擒获并当场处死。其余人等纷纷投降。
捕鱼儿海之战
从明朝与北元多年的斗争历程来看，捕鱼儿海战役是北元所遭受的最大的打击，彻底失去了与明朝抗衡的希望，宣告元朝统治的彻底结束。此后蒙古内部矛盾重重，纷争不断，无法对明朝的辽东边境发起有效的进攻，不再具备对明朝的倾覆性的威胁。
元朝从忽必烈开始，其子孙就是世袭的蒙古大汗，脱古思帖木儿被杀，使忽必烈家族的大元政权丧失了在蒙古人中至高无上的中央汗国的地位，大多数蒙古部落宣布脱离它而独立。而现在，忽必烈之弟阿里不哥（一直与忽必烈家族为敌）的后裔也速迭儿终于在一百多年后从忽必烈子孙手中夺回了蒙古汗位，但不久，也速迭儿死，脱古思帖木儿的儿子恩克卓里克图夺回汗位。死后，又将汗位传给弟额勒伯克。额勒伯克死后，将汗位传给长子坤帖木儿，但蒙古大汗从此再无汉文的年号和庙号。1402年，乞儿吉斯部的首领鬼力赤杀死北元皇帝坤帖木儿，北元去国号灭亡，改称鞑靼。蒙古各部又回到了争夺蒙古帝国大汗宝座的纷争当中。
明太祖朱元璋从起义开始和元朝斗争三十余年，最终取得了统一全国的胜利，北部边境地区迎来了几十年的安定。
五 明朝对北元的政策及其对东北统治的确立
北元天元九年（明洪武二十年，1387）六月，纳哈出率领所部归降明朝以后，朱元璋继续对东北地区的兀良哈各部进行招谕，在强大的政治攻势之下，阿札失里也只好归降了明朝。北元天元十年（明洪武二十一年，1388）十月，地处北疆的故元国公老撒、北元知院捏怯来、丞相失烈门等纷纷来到明边，请求归降。十一月，故元辽王阿扎失里、会宁王塔宾帖木儿等来降。洪武二十二年（1389）初，命捏怯来等在口温、全宁、应昌等地随便居止。四月，诏置全宁卫遣使赉印往命捏怯来为指挥使，失烈门以下俱授以武职，各有差。五月，置泰宁、朵颜、福余三卫指挥使司于兀良哈之地，以安置阿扎失里、塔宾帖木儿等，任命阿扎失里为泰宁卫指挥使，塔宾帖木儿为指挥同知，海撒男答奚为福余卫指挥同知，脱鲁忽察儿为朵颜卫指挥同知，各领所部，以安畜牧。
洪武二十五年（1392），建东胜城与大同隔河相望。又沿长城一线自东向西设置辽东镇（今辽宁北镇，后移辽阳）、蓟州镇（驻三屯营，今河北迁西西北），宣府镇（今宣化）、大同镇（驻大同）、山西镇（太原镇、驻偏关，后移宁武）、榆林镇（初驻绥德，后移榆林）、宁夏镇（驻银川）、固原镇（驻固原）等“九边”军事重镇，设重兵，日夜守护要塞。随着北部军事力量的稳固，朱元璋开始部署新的作战方案以期尽快剿灭北元最后的军事力量。
明朝政府对兀良哈三卫的招抚政策，明显有别于明朝对漠北蒙古的政策。北元灭亡以后，蒙古分裂为鞑靼、瓦剌、兀良哈三部。其中，鞑靼、瓦剌大肆与明朝为敌，对明朝统治构成极大的威胁。而兀良哈对明朝的态度则比较驯服，虽然在鞑靼、瓦剌的压力之下，兀良哈也时有寇边，但基本上是比较安定的。
为了巩固明朝的统治，明朝对漠北蒙古采取的是*力武**征伐的措施，而对兀良哈则实行招抚政策，设立羁縻卫所，任命兀良哈各部的头目为卫所官员，允许他们经商贸易、进京朝贡并给予优厚的赏赐。这一政策不仅保证了东北地区的安定，而且为明朝取得远征漠北蒙古的胜利、防止东北女真各部趁机入寇提供了有利的保证。这样两种完全不同的政策是明朝政府根据被统治对象对明朝统治的态度及当时的社会局势决定的，适应了社会的发展趋势，巩固了明朝在东北的统治。
洪武时期，平定蒙古各部的反叛是明王朝的主要目标，对东北地区女真各部的招抚没有投入更多的精力，前来朝贡的女真部落寥寥无几。洪武十六年（北元天元五年，1383）四月，“故元海西右丞阿鲁灰，遣人至辽东，愿内附”。次年六月，兀者野人酋长王忽颜哥等十五人，自辽东来归，赐绮、帛衣、钞有差。[188]洪武二十年（北元天元九年，1387）十二月，野人部将西阳哈等一百三十四人，自辽东来降，命赐衣各一袭，不久又加赐白金千三百七十两。虽然面对明廷给予的大量赏赐，女真首领明确表白了归降的决心，但随即便又叛离。洪武二十八年（1395）明将周兴奉命率军征讨海西兀者女真，追击西阳哈，虽然不及而还，但仍俘获女真镇抚官三人并男女六百五十余人，马四百余匹，给海西女真以一定程度的打击。但明朝初年除对西阳哈用兵之外，对其他女真各部均采取招抚安置的羁縻政策。
明朝永乐时期，凡是归降的女真部族，明朝都为其建置卫所，并且任命部落的首领为都督、都指挥、指挥、千百户以及镇抚等官职，利用怀柔政策消除其戒心，使其真正愿意归顺明朝，每年按时缴纳岁贡。
永乐元年（1403）十一月，女真族的野人部落头领阿哈出等人向明朝递降书，并表示愿意归顺的意愿。明朝在建州设立建州卫军民指挥使司，并且封阿哈出为指挥使，全权负责管辖建州。十二月，黑龙江下游以及忽剌温等处的女真野人首领西阳哈、锁失哈等人先后进京，并且带来了一百多匹战马献给朝廷表示其忠心。永乐皇帝封西阳哈做了指挥使，锁失哈得到指挥同知的官职。永乐二年（1404）二月，辽河下游以及忽剌温等处的女直野人首领把剌答哈进京表示归顺，被皇帝安置在了奴儿干卫镇守一方。之后，越来越多的少数民族首领前来表示归附意愿的都获得了一官半职，负责管辖一片防区。诸如兀者卫首领脱脱哈等人被封指挥同知，指挥佥事以及千百户镇抚等大小官职，每年领取俸禄。兀者首领那海以及义不扎尼等人也被封为指挥同知、百户、千户，每年领取俸禄。除了对归降的女真人采取怀柔政策授予官职之外，凡是想要回归故里的女真人都得到了朝廷的赏赐，因此越来越多的女真人以及少数民族归顺朝廷，不再有反叛的意图。
明朝规定所有羁縻卫所的官员无论职位高低都要按期赴京缴纳朝贡，不能以任何理由拖延，否则必将受到严厉的惩处。明朝给羁縻卫所的管辖人员颁发印信，掌权者便会督促下属准备朝贡礼单，备齐大小礼品前往京城缴纳朝贡。明朝设有指定的贡道，大小官员都必须走指定的贡道进京并且接受沿途的检查。没有印信或不在贡期贡道处于封闭状态，在没有接到特殊传唤的情况下都不准走其他驿道入京。到京城以后需要到明朝设置的会同馆去签到表示已经按期到达。顺利缴纳朝贡以后朝廷会根据缴纳的数量以及珍稀程度赐予回礼。贡品在携带的物品中仅占一小部分，多数都是用以进京后进行商贸活动的商品，但是在礼单上的贡品不在此列不可以进行交易，否则会以欺君之罪论处。另外，赏赐的物品无论贵贱都不准出售。对于女真人来说，每年缴纳岁贡入京最重要的事情便是商品交换或者贸易往来，换取大量稀缺物品。明朝政府为了限制女真人的商贸活动，颁发诰令最多只允许女真人在京城逗留五天。然而这并不能真正地限制女真人的商贸交易，即使在归途中也可以与商人私下交易或者与当地的百姓进行贸易往来，明朝也并没有强加管制。
明朝为了方便管理进京缴纳岁贡的女真族人的商贸活动，特别设立了马市，是明王朝羁縻政策当中的重要部分。任何想要进入马市交易的女真人都必须持有明朝颁发的敕书。
马市最初的建立始于永乐初年，“永乐间，辽东设马市三处：其一在开原城南关，以待海西女直；其一在城东五里；其一在广宁城，皆以待朵颜三卫夷人”。整个辽东地区当时有三个马市，第一个处于开原城南关，主要供海西的女真人进行商贸活动；第二个处于城东五里；第三个处于广宁城，主要供朵颜三卫的蒙古人进行商贸活动。明朝设立马市以后不单单为女真各部提供了便利的商贸环境，同时也加强了对女真混乱贸易的控制。“朝廷非无马牛而与之为市，盖以其服用之物，皆赖中国，若绝之，彼必有怨心，皇祖许其互市，亦是怀远之仁。”《辽夷略·叙言》载：“诸酋利吾市赏，便我市易。我之布帛锅口等物，皆彼夷日用所需，而彼马牛毡革非与我市则无所售，然则辽阳一带实西虏所资以为生。”朝廷并不是没有物品去做交易，只不过女真、蒙古所需要的货物只有中国才有，如果不让他们进行商业交易必然会心生怨恨，因此明太祖允许设立互市，可谓目光高远。开始的时候设立马市是方便明朝向蒙古人、女真人购买战马，价格也由朝廷决定，并且不支付银两、黄金，而是以绢、布匹等物资交换。“兀良哈等处告饥，愿以马易米。命所司议其直，遂定上马每匹米十五石，绢三匹，次上马米十二石、绢二匹，中马米十石、绢二匹，下马米八石、绢一匹，驹米五石、布一匹。”后来兀良哈等多个地方都闹起了饥荒，希望能够用战马换取明朝的大米。明朝有关部门商议后规定每匹好马用十五石的大米、三匹绢去交换，稍次一点的则用十二石米、两匹绢交换，中等马则价值十石米、二匹绢，最差的马仅值八石米、一匹绢。马价支付多少都是由官方定价，即使蒙古人和女真人不愿意也只能执行。
女真人长期生活在东北山区，物资最为丰富的便是马以及各种皮货、山货，例如人参、黑狐皮、元狐皮、红狐皮、貂鼠皮、虎皮、豹皮、海獭皮、水獭皮、青鼠皮、黄鼠皮等，这些在中原地区都十分紧俏，受到官宦富贵人家的追捧。马、貂皮、人参在各种物资中产量最大，需求也最大。女真人用上述物资换取中原地区的铁器、耕牛、绢缎、绵布、盐、米以及陶瓷器等。从换取的物资中可以看出，当时的女真人已经逐步开始向农业、手工业过渡。长期与中原地区进行商贸活动对女真人的文化、生活习性等产生了较大的影响，这是两个民族在交融过程中不可避免的。
开通驿路最为重要的目的是帮助明朝掌控东北，是当时所推行的羁縻政策的一种表现方式。驿站的建立为明朝的*队军**屯集了大量的粮草，从而为后来扫清纳哈出以及北元的残余势力奠定了物质基础。战争结束以后驿站则发挥着地方行政机构的作用，而不是单一的传递消息。
明朝所设立的每一所驿站都选在地理位置十分特殊的地方，往往处于交通要道的节点上。无论是明朝的使臣前往黑龙江下游进行安抚还是女真等前来缴纳岁贡都需要沿途的驿站发挥作用。女真、蒙古各个部落所获得的赏赐也都需要这些驿站传输运送。因此，明朝在东北地区开辟的驿路以及设立的驿站成为沟通各个少数民族的纽带，负责物资的传送以及消息的传递，加快了东北少数民族与其他地区各民族文化交流的步伐。
北元政权虽然灭亡，但蒙古各部还在，终明之世，明朝一直把蒙古作为最大的敌人。为了抗击蒙古而“藉女直制北虏”；为了抗击蒙古，不惜将数州领土划给高丽、朝鲜，以求东北疆域的平安，保证有足够的精力与军事实力来抗击蒙古。虽然蒙古的威胁一直存在，但直到明朝灭亡，蒙古各部也没能再回中原。
