财务分析以医院财务报告及其他相关资料为主要依据，对医院财务状况和经营成果进行评价和剖析，反映医院在运营过程中的利弊得失、发展趋势，从而为改进医院财务管理工作和优化经济决策提供重要的财务信息。
财务分析既是已完成财务活动的总结，又是财务预测的前提，在财务管理的循环中起着承上启下的作用。做好财务分析具有重要意义：
- 财务分析是评价财务状况、衡量经营业绩的重要依据。
- 财务分析是挖掘潜力、改进工作，实现理财目标的重要手段。
- 财务分析是合理实施投资决策的重要步骤。
通过医院财务分析，决策者能够清楚地了解和评价医院过去和现在的财务信息，发现医院运营存在的薄弱环节。从而为医院经济管理决策提供依据。
当前，大多数医院对财务分析评价的主要包括财务状况分析、医院结余情况分析、医院经济效益分析及其他分析。
财务状况分析主要是以资产负债表为依据，对医院所拥有的资产总量及其结构、负债总量及其结构以及所有者权益进行分析，以揭示医院所面临的财务风险。主要通过计算速动比率、流动比率及资产负债率等指标，进行横向和纵向的比较，可以表明医院的变现能力、偿债能力和资金周转能力，从而为医院资产配置结构和投资决策提供依据。
医院结余情况分析主要是以收入支出表为依据，对医院报告期经营业绩进行评价。通过计算业务收入结余率、医疗收入成本率和药品收入结余率。可以有助于使用者评价医院的盈利能力和水平，判断医院的未来发展趋势，做出经济决策。
医院经济效益分析是以资产负债表、收入支出表和其他财务资料为依据，对医院报告期经济管理水平、资产利用水平等进行评价。通过计算职工平均业务收入、资产周转率、资产收益率、管理费用占总费用百分比及药品收入占医药收入的比重等指标，再与行业指标相比较，可以表明医院经济管理水平、资产利用效率及医院收入结构合理性、从而为医院内部制度改革、资产配置等提供依据。
除了上述的分析外，还有医院现金流量分析及其他相关指标分析。
医院财务分析中的三大问题
（1）风险意识方面
医院只有引入市场竞争机制，实现优胜劣汰，建立自我发展的新机制财务制度，才能得到高效的发展。目前，公立医院的各项事业基本由国家包办，财政是主要的资金供应者，造成财务管理人员风险意识淡薄。
（2）全面成本核算方面
医院现行的成本核算只是分奖金、算物价的方法。未能采用全面成本管理法。
（3）投资决策分析方面
公立医院发展的规模、项目、资金的具体运用等方面，单位缺乏必要的自主权，也不承担多少责任，一人或几人说了算，强调社会效益，不讲经济效益。
财务分析的方法
财务分析的方法主要包括趋势分析法、比率分析法、因素分析法和差额分析法。
趋势分析法
是指通过比较医院连续数期的会计报表，了解医院经营成果与财务状况的变化趋势，并以此来预测企业未来经营成果与财务状况。一般理来说，趋势分析主要应用于会计报表的横向比较法和纵向比较法。
（1）横向比较法。又称水平分析法，是在比较会计报表中用金额、百分比的形式，对每个项目的本期或多期的金额与其基期的金额进行比较分析，编制出横向比较会计报表，以观察企业财务状况与经营成果的变化趋势。
（2）纵向比较法。又称垂直分析法，是将常规的会计报表换算成结构百分比形式的报表，然后将本期和前一期或前几期的结构百分比报表汇编在一起，逐项比较，查明各特定项目在不同年度所占比重的变化情况，以进一步判断企业经营成果与财务状况的发展趋势。
比率分析法
比率分析法是把某些彼此存在关联的项目加以对比，计算出比率，据以确定经济活动变动程度的分析方法。比率是相对数，采用这种方法，能够把某些条件下的不可比指标变为可以比较的指标，以利于进行分析。比率指标主要有以下三类：
（1）构成比率。又称结构比率，它是某项经济指标的各个组成部分与总体的比率，反映部分与总体的关系。
（2）效率比率。它是某项经济活动中所费与所得的比率，反映投入与产出的关系。
（3）相关比率。它是以某个项目和与其有关但又不同的项目加以对比所得的比率，反映有关经济活动的相互关系。
因素分析法
因素分析法又称因素替代法、连环替代法，它是用来确定几个相互联系的因素对分析对象——综合财务指标或经济指标影响程度的一种分析方法。采用这种方法的出发点在于，当有若干因素对分析对象发生影响作用时，假定其他各个因素都无变化，顺序确定每一个因素单独变化所产生的影响。
差额分析法
差额分析法是因素分析法的一种简化形式，它是利用各个因素的实际数与基准或目标值之间的差额，来计算各个因素对总括指标变动的影响程度。