康熙二十三年（1684年），清朝政府开放“海禁”。由于上海位于长江出海口，为我国水路交通的要冲，1685年清政府在设置设置江海关（也就是“长江大海”海关）。乾隆《上海县志》记载：“自从海关设立，所有的进出口贸易货物都是由吴淞口进出，船只停泊于黄浦江。上海县城东门外，船只密集停泊。”于是，为了“联络同乡、同业感情”，上海和周边的船商联合在黄浦江边“董家渡马家厂”（今会馆街）筹建商船会馆，并于康熙五十四年（1715年）基本竣工。
如今的商船会馆
商船会馆规模恢宏，有楼、台、殿、阁，飞檐高翘，金碧辉煌。商船会馆具有行业组织性质，负责调解同业纠纷、平均同业利润，避免同行之间不正当竞争。那些阔气的船商除在这里议事和洽谈商务外，还常利用戏台酬谢神灵演剧（现在很多大企业也会请歌星搞演唱会），每逢航海保护神“天后”的诞辰（也就是澳门人说的妈祖）则举行祭祀活动。
在乾隆、嘉庆年间，黄浦江边泊满沙船、鸟船、宁船、卫船、江船等。其中，“以出崇明沙而得名”的沙船占一大半，聚集数量多达三千五百余艘，因而上海被称为“沙船之乡”。不少资本雄厚商家常拥有沙船几十艘，雇用船工近千人。据称一艘载重八十吨的沙船，每年投入约需三千两白银，而所获利润约为七千两白银，所以船商可算上海最富裕的阶层。
*片鸦**战争前，上海县城丹凤楼外港口
威尼斯商人一旦有钱了，圣马可广场就起来了；中国也一样：船商一旦有钱了，上海商船会馆进行了大规模扩建，占地面积达到二十亩，正门如城门般恢宏，门前放着两只龇牙咧嘴的大石狮，门额雕刻着立体的“商船会馆”字样。
商船会馆曾是上海的地标性建筑：将近二百平方米的双合式大殿，设神龛供奉天后；殿前是两层演唱会舞台，上有八角形漆画藻井（何为藻井，请见下图），这在上海二百四十余个会馆中是独一无二的
藻井
殿后是议事大厅，殿右有两层会务楼；里面还有拜厅和钟鼓楼，真是美轮美奂，气势宏伟。后来，还在近旁设“职工医院”，专门料理船工伤亡善后事宜；并于黄浦江边择地堆放泥沙，满足一些商船压舱之需求。
当年商船会馆正门
*片鸦**战争后，外国资本主义侵略势力依据不平等条约强辟上海为通商口岸。随着愈来愈多的外国商船将无数在西方滞销商品倾泻进中国，同时将我国大量宝贵农副产品和工业原料搜括出口，于是上海民间航运业开始不景气。同治八年（1869年），恭亲王奕向中央汇报：“上海沙船从前生意很好，现在被外国搞得贸易逆差，结果数千只沙船都停运，富裕的船户变为贫民，那些在船上的水手更无生计。”一些外国公司为了把持航运权，陆续在上海开办轮船公司，实力最强的有美*旗国**昌轮船公司，英国太古以及怡和轮船公司等。
直隶总督兼北洋大臣李鸿章
直隶总督兼北洋大臣李鸿章，看到外国轮船公司大发横财，而民间航运业每况愈下难以适应漕运需要，便于同治十一年（1872年）采取“招商”形式（李鸿章可谓是资产证券化的先驱），派人在离黄浦江不远的永安街筹办轮船招商公局，并在各地设立分局。后来，轮船招商局的总部迁往黄浦滩路（今中山东一路）9号。
起初，轮船招商局的发展尚属顺利，据薛福成在光绪五年（1879年）年写的《筹洋刍议》称，该局已将航运业的利权从外国企业手中收回60%，并收入运费约二千万两白银。然而，这家我国最早的轮船航运企业很快就步履艰难，受到英、美等国轮船公司的倾轧，只能在险恶的处境中与之进行激烈竞争。
轮船招商局
商船会馆存在两个多世纪，到民间航运业衰落的光绪年间还曾得到重修，而且天后神像被添加重四十八两的点翠金冠，后来其旧址得以保存，但建筑全部被作他用。轮船招商局则在光绪年间改为“政府监管、企业化管理”，辛亥革命后更名“商办招商局轮船公司”，1932年被国民*党**政府接管，抗战期间总局曾迁香港、重庆，至1947年共有轮船四百六十艘。它们的盛衰，是昔日黄浦江航运的一个缩影。
2012年拍摄的商船会馆外景