南京奶业（集团）有限公司起源于 1928 年宋氏两姐妹（宋庆龄、 宋美龄）创办的国民革命遗族学校实验牧场。
1928 年，为妥善安置在北伐战争中壮烈牺牲的国民革命军将 士的遗孤，国民政府在南京东郊卫岗（现为解放军前线歌舞团所 在地）建立了国民革命军遗族学校，由宋庆龄任名誉校长，宋美 龄任常务校董。为培养学员动手动脑能力，从上海迁来一良种奶 牛场，并从加拿大引入一批良种黑白花奶牛，在南京紫金山南侧四方城附近设立了该校的实验牧场，供学员实习之用。抗日战争 时期，南京沦陷，此牧场迁往四川重庆。抗战胜利后，返回南京， 新址定在卫岗。此为卫岗牛奶厂前身，卫岗乳业也由此起源诞生。
新中国成立后，卫岗乳业的发展大致经历了三个阶段：缓慢发展阶段（1949 ～ 1983 年）。在此期间，企业先后经 历了部队接管、政府有关部门托管、公私合营、国营等社会主义 改造，逐步由一个作坊式的企业发展成为集奶牛生产、乳品加工、 市场销售为一体的牛奶专营企业。但当时由于发展缓慢，在牛奶 供应上实行售票供应，供应对象局限于新生婴儿、老年病员、特 殊工种保健等，全市“吃牛奶难”的矛盾非常突出。
快速发展阶段（1984 ～ 1992 年）。在此时期，国家开始实 行改革开放政策，1984 年，为解决市民“吃奶难”矛盾，市政府 重新组建成立了市牛奶公司，直属市政府领导，负责主管全市牛 奶的产供销工作。实行“国有、集体、个体三种经济成份一齐上”的方针，并给予各种优惠政策，扶持奶业快速发展。与此同时， 于 1984 年 6 月至 1992 年底，先后接受执行了 WFP（世界粮食计 划署）和 EEC（欧洲经济共同体）无偿援助的两期奶类发展项目， 利用项目援助物资转化资金，大力扶持郊县农户养牛，并从波兰 引进了消毒奶自动化生产线，促使全市奶牛成倍增长，乳品加工 实现自动化生产。牛奶上市量比 1983 年增加了 2 倍，做到足量 供应，彻底解决了“吃奶难”问题。
由计划经济转入市场经济阶段（1993 ～ 2007 年）。在此时期， 企业历经了市场、改革的阵痛，逐步由计划经济转入市场经济， 走向经营市场化，管理精细化，发展优质化的集约发展之路。从 1993 年起，国家开始加快市场经济步伐。为适应市场经济需要，1993 年 2 月，企业成立南京奶业集团，以两块牌子（市牛奶公司、 奶业集团公司）、一套班子对全市奶业及本企业实行经营管理。 2001 年 11 月，将牛奶公司和奶业集团合并改制为南京奶业（集团） 有限公司，退出政府序列、取消行政职能，结束了长期以来政企 不分，事企不明，两块牌子两张皮的历史。
2002 年 5 月至 2003年 12 月，企业倾力打造新体制新机制、新生产力和人力资源“三 个新平台”，实施再造卫岗新战略，完成了“两改”（异地大技 改与体制机制改革），出现了历史性重大新转折，树立了新卫岗 新形象。2003 年 10 月，企业在江宁开发区建立起一座占地 400 余亩，具有国际一流先进水平、国内单体最大的花园式工厂。该 工厂主要设备与技术 80% 从瑞典利乐公司、美国引进，生产过程实行自动化控制，年加工能力可达 20 万吨。其车间内部按药品 生产 GMP 要求设计、建设；外部按生态园林、绿色食品要求进行布置与美化。 该项目的建成，标志着南京乃至江苏乳品加工水 平与国际接轨，与世界“洋奶”比肩。
2003 年底，企业完成了整 体改制，国有股全部退出，员工身份全部置换为新企业身份，成 立了股本社会化、经营民营化、运作市场化的新型的南京奶业（集 团）有限公司。“两改”的成功实施，使这家金陵老字号乳品企 业树立起新形象，焕发出新活力，为今后的跨越式发展提供了可 靠支撑。
2006 年，南京奶业（集团）有限公司步入了一个新的发展阶 段。国家产业政策的导向，各级政府的支持，人民生活水平的不 断提高，市场经济的日益成熟，为企业的发展提供了一个良好的 宏观环境。体制与机制新平台、生产力新平台和人力资源新平台 的建立，综合竞争能力的增强，为企业的加快发展提供了更为坚 实的基础，使企业能够在更高的层面上向前迈进。为了更好地承 担社会责任，发挥龙头企业带动作用，促进企业发展，公司提出 了建立一流企业（打造一流队伍、实施一流管理、争创一流业绩）、 提升两个力量（主业提升核心竞争力、集团增强可持续发展力） 的新目标新蓝图。