乐家经营“同仁堂”数百年，在管理体系上形成了自己独特的形式，在工资体系上，有自成一家的优势。
乐家的工资分配体系，是在乐印川时代形成的，以“分零钱”的方式为员工派发工资。员工每日固定工资很少，售药人员以当天个人经手售出药品的合计数及各项药品的不同比例分零钱。其他职工（除工友、炊事员外），则在每天的营业额中提取5%到10%作为员工的提成，由账房每日核算，这部分会按照规定的比例进行计算，比如有人按四厘分、有人按三厘分。这一制度在施行之初，展现出多劳多得，少劳少得的优势，在行业中也被视为典范，但到了后期也逐渐暴露出一系列问题。
“分零钱”的方式，到后来逐渐显现出弊端所在：不同职位之间出现了差异，卖药的得到的多，工人得到的少，打杂的每天跑来跑去却不能参与到分零钱中。分配差异高达十几档，这也导致了人心的浮动，即使同在前台卖药，大家都争相去卖一些价值高的补药，但是对于汤药这样的药品却备受冷落，因为一帖汤药忙前忙后，却只能挣到几角钱。不同季节、工龄也会出现差异。冬季，买补药的人会比较多，参、茸等柜台售药员的收入就明显提高，而夏季降暑药销量高。不过季节的差异也弥补了不同柜台员工的收入，也算作自然调节。
经济利益始终是商人追逐的根本，南京同仁堂在很长一段时间也施行“分零钱”制度，一是由于这种方式本身已经具备了“按劳分配”的资本主义形态；二是因为乐笃周虽然在南京立业，但还是要定期向乐家报账，经济并未分开。乐家家长在开始同意乐笃周到南京开设店铺也是因为他说的“收入归四大房共有”。经营后期，乐笃周以自己长期对资本主义的研究，遵循经济发展规律，逐渐对薪酬制度进行调整，减少员工矛盾，并且革新当时的招聘、培训等制度，使得越来越多的人愿意成为南京同仁堂的员工。1929年之后，南京同仁堂都在施行“零钱加津贴，分红加提成”的双薪制，直到1956年，公私合营之后，才改为，按照自报公议及上年度营业总额平均数算出月工资数。
尽管我们后来再看乐家曾经制定的工资标准，指出许多弊端，但是无论是在清朝，还是民国时的南京同仁堂，这样的方式在行业中都算先行者了。锐意革新，勇拓新路，也是南京同仁堂从乐家老铺中承袭下来的。