港澳回归之后，内地与港澳的合作越来越多，但“两种制度”“三个关税区”的巨大差 异以及三地经济发展的不平衡，都在很大程度上限制了内地与港澳之间的合作深度。从粤港澳三地海关通关征税的特点与差异可以看出，三地海关在通关征税方面并不具备深度合作的先天条件，在有限的改革创新之下，目前主要的合作有且只有两个方面。
（一）港澳 CEPA 的实施与升级
2003年6月和9月，《内地与香港 关于建立更紧密经贸关系的安排》及其6个附件分别在香港签署；同年10月，《内地与澳门 关于建立更紧密经贸关系的安排》及其6个附件在澳门签署。上述两个安排分别被称为香港CEPA和澳门CEPA，并自2004年1月1日起同步实施。港澳CEPA包括货物贸易自由化、服务贸易自由化和贸易投资便利化三方面内容。
就货物贸易而言，自2004年1月1日起，内地分别对原产于香港、澳门的273个税号的产品实行零关税，取消对港、澳产品的非关税措施和关税配额限制，同时内地与港澳约定互不采取反倾销和反补贴措施；至于273种以外的港、澳原产产品，通过定期磋商的方式，逐步扩大零关税适用范围。2018年12月，内地与港、澳分别签署了相应的《CEPA 货物贸易协议》，且都自2019年1月1日起正式实施。《CEPA货物贸易协议》与此前的《CEPA服务贸易协议》《CEPA投资协议》《CEPA经济技术合作协议》一起，完成了对港澳CEPA的全面升级。
货物贸易方面的主要变化包括：一是原产地标准的适用范围由原来的定期磋商、逐步扩大变成一次性为全税则产品制定对应的原产地标准；二是港澳签发的原产地证书适用范围由原来的指定口岸变成内地所有口岸；三是原产地证书所载商品的税则号列由原来的商品编码前8位变成前6位；四是区域价值成分标准的适用面进一步扩大。
港澳 CEPA所给予的零关税待遇可以有力地促进原产货物在内地与港澳间自由流动，但港澳原产货物十分有限，截至2019年1月1日CEPA实施15年之际，香港、澳门两地实际享惠的税号均不足2000个。可见，要彻底实现货物的便捷高效流动，非原产货物才是重头戏。
（二）经港、澳输往内地葡萄酒通关征税便利措施
2010年2月，海关总署同香港海关签署了《海关总署与香港海关为经香港特别行政区输往内地的葡萄酒提供通关征税便利措施合作安排》（以下简称“《合作安排》”），为经香港输往内地的葡萄酒提供通关征税便利措施。2011年5月，海关总署又同澳门海关签署了类似的合作安排，经澳门输往内地的葡萄酒同样可以享受征税便利。上述通关征税便利措施指的是用价格预审核的方式代替现场审价，从而节省报关单审核时间，提升通关效率。
最初的运作模式主要体现“三定”原则，即特定口岸、特定出口商、特定进口商。所谓特定口岸，是指经港和经澳葡萄酒的便利措施最初只分别在深圳海关和拱北海关的特定口岸实施。所谓特定出口商，是指葡萄酒的港、澳出口商必须符合诚信条件并分别经香港工贸署和澳门经济局核定备案。类似地，特定进口商则是指葡萄酒的内地进口商必须经内地海关核定备案。
2014年9月，随着“经香港输往内地葡萄酒通关征税便利措施管理系统”的上线运行， 经港葡萄酒便利措施方案进一步优化，取消了内地进口商备案条件限制，且内地海关不再进行价格预审核等工作。2015年10月，经港葡萄酒便利措施实施范围扩大为深圳、广州、北京、上海和天津等5个关区的辖下所有口岸，2017年11月又进一步扩大至内地所有口岸，而经澳葡萄酒便利措施则基本维持原状。经港、澳输往内地葡萄酒的通关征税便利措施打破了对于货物原产资格的限制，也更有利于促使港澳成为全球货物的集散中心。尤其是调整优化后的经港葡萄酒便利措施，在促进通关征税便利化方面有许多先进做法，但目前这些做法只适用于葡萄酒这一类商品，亟需进一步复制推广。