跨境电商新政带来的影响仍在发酵。从多位跨境电商从业人员了解到，与此前备受关注的进口商品清单、消费限额及部分商品税制上升相比，跨境电商近一个月的“实操”中最大“难点”在于通关单。新政规定，跨境电商填报通关单与传统一般进口贸易几乎相同，而跨境电商平台因无法提供通关单所需的资质、单据证明，导致大量商品无法进口，不少平台开始出现无货可卖的尴尬局面，就在跨境电商新税制和进口正面清单正式实施后的三天内，跨境电商企业、品牌商、保税区甚至代购商户各自遭遇了烦恼，尚未满月的新政让跨境电商遭遇生死命门。
平台断货越来越严重，通关单成跨境电商死穴,这让哪部分人欢喜，又让哪部分人忧虑？
业内人士分析，亚马逊由于在全球各地都有仓库，他们可以通过直邮、转运等方式进入中国，而不受跨境电商新政的约束。新政后，海外建仓也成了许多电商的选择。“从目前的政策来看，国内保税仓库的优势已经丧失了。”郑州保税仓某电商公司的负责人邱先生表示，近一个月，香港、越南等海外仓租金出现了不同程度的上涨。
利好的还有跨境电商洋码头，其CEO曾碧波说这次税制改革对行业的中长期发展绝对利好。有分析认为，洋码头集合了保税模式和海淘代购买手平台模式，此次新政对它的影响比那些纯粹做保税跨境电商的企业要小很多。
而另一个影响是，由于保税跨境电商渠道受阻，“人肉”代购等灰色渠道将重新兴起。经过两次微调过后，跨境电商新政似乎已板上钉钉，备受打击的保税进口商家开始寻找新的出路。
相比税收增加，和正面清单中涵盖商品品类不全，跨境电商商家更关心的是，针对跨境电商保税进口的商品，是不是会参照一般贸易进行监管。这意味着，跨境电商保税进口是否也要像一般贸易那样，提供复杂的单证。有业内人士指出，拥有品牌商渠道的大型跨境电商，受通关单的影响还不是很大。中小电商受到的影响更为明显，很可能导致生意做不下去。而且，跨境电商进口业务中的主打产品——化妆品和保健品，更难拿到相关的证书。
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