韦恩图 是一种关系型图表,通过图形之间的重叠来反映数据集之间的相交关系。对于数据集之间交叠关系的可视化,通常想到的是绘制韦恩图。

本期内容就为大家分享绘制韦恩图的多种方法。
01 Origin绘制韦恩图
在使用Origin绘制韦恩图之前,我们首先需要*载下**Venn Diagram的App,*载下**方法如下:
打开Origin软件,点击“ 帮助 -> Origin支持和资源 ”进入Origin官网;

点击“ Log In ”登陆自己的账户,没有账号的小伙伴可以免费注册(不需要教育邮箱)。

登陆后回到Origin官网首页,找到“ Apps ”;

在这里可以找到“ Venn Diagram ”,点击“ Download File ”*载下**文件;


*载下**完成后,将*载下**好的“ VennDiagram.opx ”文件拖拽到Origin的Apps窗口中即可。


如果大家觉得自己*载下**麻烦的话,我们已经帮大家*载下**好了,只需在投必得学术公众号后台,回复关键词“venn”即可获取。
下面我们将数据导入至Origin中,这里我们就随便输入一些数据,选中数据;点击Apps窗口的Venn Diagram 图标,点击OK进行绘制即可。

这样韦恩图就很快绘制好了,图中的圆括号中类似二进制的数字表示不同分组的包含关系,1表示包含,0表示不包含。

之后我们就可以根据自己的喜好对图形的外观进行调整啦~

02 鼠小弟
鼠小弟是“科研日精进”生信团队研发推出的一个永久免费、免注册,随点随用的生信平台,绘制韦恩图也不在话下。
网站地址:
https://cloud.keyandaydayup.com/
进入网站后,选择“ 绘图工具 ”,在下方的图标类型中找到“ 韦恩图 ”,点击“ 使用 ”;

准备好数据后,点击“ Browse ”来从本地导入数据,可以识别三种类别的数据:由制表符分隔的txt文档,由逗号分隔的csv文件,和Excel表格的两种常见格式xls或xlsx,也就是说支持txt、csv、xls、xlsx这四种文件格式,上传的数据需要是这几种格式中的一种。

在“ 颜色 ”选项下可自行依次设置各组区域的颜色,点击色块即可更改,也可手动输入需要的颜色代码更改。
我们在前面的推文“ 学习顶刊配色,这几个SCI绘图配色网站一定要收藏好 ”中,为大家推荐了多个配色工具,有需要的小伙伴可以查看!

组名和数字的字体大小也可根据需要进行修改,也可设置“ 完成后发送结果到邮箱 ”;
提交后,鼠小弟会给出一段任务编号,这段任务编号可在右侧*载下**结果。如果数据较大分析时间较长,可以等一段时间再来*载下**。

对绘制好的韦恩图,有多种格式结果可供*载下**,如.png、.pdf、.svg,选择自己需要的格式*载下**即可。

03 TUTU网站
TUTU网站 也是一个可在线绘图的网络服务器,网站地址如下: http://www.cloudtutu.com/
进入网站后,网页会自动出现账号与密码,输入验证码,登录即可,点击“ 工具 ”,找到“ 维恩图 ”;

在“ 帮助文档 ”中有非常详细的使用说明书,大家可以自行参考,这里就不再赘述了。

值得一提的是,前面我们介绍的韦恩图绘制只可用于五组及五组以下数据的绘图, 如果数据更多,可以绘制花瓣图和UpSet图 ,这三种图形TUTU网站均可绘制。
样品个数少于5个推荐使用venn图;样品个数大于等于6个,推荐使用花瓣图,只能显示共有和特有的元素个数;
UpSet 图可以很好地展示多个集合之间的共有或特有元素。绘制这些图形时,只需在“ 绘图类型 ”中进行选择即可。

这里我们重点说一下UpSet图,UpSet图主要可分为三个部分:
1. 左侧柱状图展示各原始数据集中包含的元素总量;如下图中的Symbol 1~8;
2. 右下方交集点的部分,通过横向的对应关系,用点指代左侧的对应数据集名称。通过纵向实现点与点之间的连接,来表示对应数据集之间存在交集的情况。即通过点与点之间的连接,对应传统韦恩图中圈与圈的重叠。比如第二列代表Symbol 2~8分组共有但是Symbol 1组没有;
3. 上部分为各个分组独有和共有的数量,通过纵向的对应关系,表示该交集情况下的交集元素数量。如下图中第一个柱子代表Symbol 1~8分组共有的数量为36;第二个柱子代表Symbol 2~8分组共有但是Symbol 1组没有的数量为28。

以上就是本期利刃君为大家分享的多种绘制韦恩图的方法,这些方法都可以免费使用,当然熟悉R语言的小伙伴,使用R语言进行绘制可以有更多的可能性。此外,我们在前面的推文“ 有了这款高效生信分析绘图神器,还学什么R语言 ”中,为大家介绍了生信分析绘图工具——仙桃学术,也可完成韦恩图和UpSet图的绘制,感兴趣的小伙伴也可以自行尝试~