1.货税与船钞
（1）货税
清朝初期为了征收货物关税，海关参考内关的则例，将货物分为食物、用物、衣物和杂物等四大类，并且分别制定了四类不同商品的税则。以类目小目为分类等级依据，在四大类项下有若干目，各个目项下又有各小目。如:
衣物：衣、帽、帽边、中衣、袜、靴等
衣：布衣、各色哆啰绒羽纱番衣、绒衣、各色剪绒番衣等
清朝前中期的海关货税计量较为科学完备，贴近近代海关税则，采用从量税和从价税并行的计税方式，在前朝的基础上有了长足的发展。对于更容易得到数量、重量等具体数据的商品，普遍采用从量税作为计税方式。这些细致的计税单位亦是社会商品经济发展的产物。从价税则是针对某些不便测量的特定商品进行估价然后进行统一税收的计税方式。综合《户部则例》以及各地海关实际情况，大致将这些计税单位概括为三大类。
首先是衣物相关类，按匹，身，卷，筒，件，个，副，条，斤，双、顶等来计算数量；其次是食物和杂货类，按斤，篓，包，个，担，块，件，张，坛，埋，石，套、把等计算数量；最后是牲畜类，以口，价来计算数量，这些商品中如果有皮在外，没有除去这些皮的话，一百斤货物只能按照九十斤来计算。虽然计量单位大体是一致的，但是清朝四大海关的税率却不尽相同。如上文所言，随着许多欧洲商人前往江浙海关进行贸易，清政府为避免出现第二个广州一样的杂处港口，开始对各海关实施起不同的税率。
茶叶是我国在世界备受欢迎的产品。清朝时期，在粤海关进行茶叶交易的，一百斤细土茶收税二钱，一百斤粗土茶只收取一钱茶叶，而一百斤番茶则需要收取三钱三分三厘的税。在江海关，一百斤细土茶需收税三钱，闽海关细土茶的关税高至粤海关的三倍，而浙海关细土茶每一百斤需作八十税三钱二分。粗土茶方面各海关差别不大，但都是江浙海关明显高于粤海关。
丝绸承载着我国厚重的文化，其特有的质感深受各国喜爱，因此也是进出口的重要商品。清朝时期各大海关都按丝制品的具体分类征收关税，各海关分类不同，征收的税率也不同。闽海关以羽毛缎裙、锦绸衫、缎兜肚、绣大红缎袍等制成品分类，由于计量单位为个、条，所以每件丝制品的税收按件以二分征收，除此四类外其他各口都以一千收税。
在粤海关，按天鹅绒、绸缎纱锦绞罗娟、土锦绸纱娟绒等收税，税率最高的是天鹅绒，每匹税收高达四两。江海关则以羽毛缎、大红缎、柳条锦、牛郎绸、西洋绸、上绞雁、中绞罗等按匹收取关税；浙海关以洋贩羽毛缎、洋贩哗叽缎、洋贩多罗尼为分类基础，以丈为单位收税。
瓷器也是我国对外出口的主要产品。浙海关以瓷器具体成品类型分类，主要包括碗和茶钟、酒钟。碗又分为大、中、小，分别每十筒收税八分、三分二厘、九厘六毫。茶钟每一百筒算作八十筒，收七分五厘二毫的税，酒钟则每一千个算作八百个，收三分二厘的税。闽海关根据瓷器的质量以及工艺，一百斤粗瓷仅征收一钱税金，而对细瓷等则需征收二钱税金。至于粤海关，根据洋瓷器、中瓷器和粗瓷器划分，依次分别每一百斤征收三钱、二钱三分、三分。
2.船钞
清朝前中期，对出海贸易的商船也要征收关税，以船只的长度宽度为依据，按商船的体积大小，对船舶分等征收船钞。船钞又称船料、吨税或者梁头税，从量课征。闽粤江浙四大海关对传播船钞的征税标准也不相同。在粤海关，船只分为东洋和西洋夹板船和出洋大船。东洋夹板船按大小分为四等，
一等船最大，面积得出来有十八丈，二、三、四等船大小依次递减，分别征收一千四百两、一千一百两、六百两以及四百两税银。西洋夹板船同理。而出洋大船由于体积面积更大，因此分为四等船，直接以丈为计量单位，每丈收取税银，船体越大，每丈税银越高。
闽海关对船只梁头七尺以外的部分按照五尺二寸收税，八尺以外的按照五尺四寸收税，以此类推，每尺收税五钱，固定每年征收两次税银。江海关只对船体梁头一丈以外的部分收税，超出越多税费越高，如一丈到两丈之间，每超出一尺，就收取关税一两，两丈以外的，每尺需收取二两，按出海次数征收税银。
（二）免税货物
尽管清朝对对外开放的态度是否定的，但为了其天朝大国的姿态不落低，清朝还设置了免税规定。康熙二十四年海关初步恢复开放时，康熙为体现出大国气度，对其他各国表示友好，特下令对外来朝贡的船只免去关税，同时对于朝贡船只上携带的货物，无论是用来售卖还是其他个人用途，都不会再予以收税。在特殊时期或遇到特殊情况时，清政府也会予以免税，主要包括对进口米免税、自备食物和商船起火被毁免税。
清朝康熙年间沿海地区百姓粮食并不充足，政府为了减轻朝廷和百姓压力，特别准许泰国向中国出口大米，在明确售往江浙广东等沿海地区的大米利润和不收取大米关税的基础上，清政府还特别规定了外商向国内销售大米的，其船只上的其他货物也可以获得相应减税。例如雍正二年，朝廷为鼓励其他国家向国内运输米粮，不仅不收取米粮的税收，还直接将以往减收税费的其他同船货物直接免除征税。
同时，海外贸易对不远万里来海关口岸的外来船只来说是一个漫长的旅途，因此筹备食物不仅需要携带前往海关的用量，还要考虑返程的必要量。因此到了清朝海关关口后，除了特意进行贸易的货物外，船上还有许多如米、麦、鸡、鸭、蔬菜水果等自己吃的食物，面对这些食物清朝也没有严格到都要收取关税，而是直接予以免除收税，这算是严苛海关税制的清政府的理性体现。
当然，一些其他意外情况导致并没有发生贸易事实，清政府也会对其予以适当免税。主要包括商船被火烧毁，此时清政府虽然不会返还已经征收了的税银，但是对被烧毁船只的船钞、规礼银和被烧剩下的货物都要予以免除。