根据2019年发布的《关于创业投资企业个人合伙人所得税政策问题的通知》（财税[2019]8号，以下简称“8号文”），自2019年1月1日起至2023年12月31日，依法备案的创投企业可选择按单一投资基金核算。
但在实际中，创投企业的组织结构可能出现多层合伙结构的情况，比如甲乙丙三个自然人投资合伙企业A，合伙企业A投资创投企业B，在这种情况下如果创投企业B选择单一投资基金核算，那作为上层合伙企业合伙人的甲乙丙三人是否可以按照20%的税率缴税呢？
对此问题税务机关也做出过明确的答复。
问：
根据《财政部 税务总局关于创业投资企业和天使投资个人有关税收政策的通知》（财税[2018]55号）第一条的规定，有限合伙制创业投资企业（以下简称合伙创投企业）采取股权投资方式直接投资于初创科技型企业满2年的，该合伙创投企业的合伙人分别按以下方式处理：法人合伙人可以按照对初创科技型企业投资额的70%抵扣法人合伙人从合伙创投企业分得的所得；当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣。个人合伙人可以按照对初创科技型企业投资额的70%抵扣个人合伙人从合伙创投企业分得的经营所得；当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣。
根据《财政部 税务总局关于创业投资企业个人合伙人所得税政策问题的通知》（财税[2019]8号）第一条的规定，创投企业可以选择按单一投资基金核算或者按创投企业年度所得整体核算两种方式之一，对其个人合伙人来源于创投企业的所得计算个人所得税应纳税额。
实务中有限合伙基金的合伙人是自然人的情况较少，自然人更多通过有限合伙企业投资有限合伙基金，形成多层合伙嵌套结构。
能否穿透多层合伙结构让最终的自然人合伙人适用上述两个文件？
如果不能穿透，第一层合伙基金从投资项目取得所得时，第二层合伙人如何纳税？
答：
以上问题，不能穿透！
日期：2019-03-15
来源：厦门市税务局
可以从两个方面对此进行理解。
一个是8号文中规定单一投资基金核算方法仅适用于计算创投企业自然人合伙人的应纳税额，因此如果创投企业含多层合伙结构，则穿透后的自然人合伙人无法适用8号文的规定。
另外单一投资基金核算在实际纳税申报中实施的是创投企业代扣代缴，自然人合伙人由创投企业按照股权转让所得和股息红利进行代扣代缴，创投企业无法为嵌套的上层合伙企业自然人合伙人进行申报和代扣代缴。所以多层合伙结构上层的自然人合伙人仍然应该以合伙企业自然人合伙人的一般规定进行纳税申报，当然此时的上层合伙企业可以扣除管理费计算应纳税所得额。