它来了，韩国最新怪兽片《寄生兽：灰色部队》来袭。只见从天空中突然掉下莫名的小型肉球体，往音乐节方向掉下几个，其中一个肉球体跑出一只虫子。虫子顺着管道往下找到一个在包房喝醉的男子，顺着耳朵钻了进去。此时男子狰狞起来晕过去了，而一个OJ妹子过来喝了一口酒解渴，并喊这名男子起来出去外面玩，但没有醒，于是走开了。
过了一会男子起来无神的往外走去，妹子看到男子打招呼，这时男子头部分裂开成异兽，长出4条长须手把妹子给劈死了。男子于是大开杀戒，现场一片混乱。
镜头一转，一名网瘾丑男在超市买肉，但打称机此时出故障，售货员走开打电话给老板汇报。而沉浸在自己音乐世界的网瘾男子并没有发现，于是就拿起这盒肉准备去收银台结账。而收银员小美在忙碌着收银，这时排到男子，但看到这盒肉没有打印价格标签，于是好心提醒网瘾男子，但男子并不配合，于是和小美很大声吵起来了。
网瘾男子看到后面还有很多人排队，也有壮汉，于是心虚走开了，但也放下狠话要全部杀死。小美并没有介意，毕竟做服务行业，这种是常见还是正常工作。
等到下班小美准备回去，在停车场看到可疑的一台车，但没在意。小美和往常一样，开着自己的小电驴往家方向赶去，而那名网瘾男子居然在车上，也开着车尾随小美。在小路上突然变道撞向小美，小美和摩托车倒在一旁，果然男子怀恨在心，找小美报复。
男子下了车，拿起一把刀往小美的腰子捅去，捅了3刀。小美吃痛把男子撞向一边，自己往前跑去，但体力不支倒在草丛中。这时一个肉球掉了下来，刚好在小美的旁边。网瘾男子拿着刀继续朝小美这边走开，但突然被神秘力量从胸部到头划开，男子应声倒地。
过了一会，马路上有台车路过，司机打报警电话，说出了事故。镜头一转，几名警察来到医院，老刑警和两名小弟接手这个案子，制造案件前因后果，就是网瘾男子还有犯罪前科，对收银员小美发生口角，于是报复小美，但却离奇死亡。而小美检查没有受伤，但却有旧伤痕。而老刑警认识小美，原来小美以前是被亲生母亲抛弃了，还被虐待过。
小美慢慢醒来，和老刑警讲述经过，但也不知道男子怎么死去，而自己本来受伤怎么突然没事。老刑警劝小美不要多想，但小美却说自己清楚被刺伤，而且也想起自己被父亲虐待，最后是老刑警救了自己。而老刑警说是小美自己救下自己的，那个时候10岁的你打了电话给我，所以最终能救你的还是你自己。
老刑警让小美好好休息，自己也先离开了，而小美脑子里也闪过一些当时案犯现场的片段。几个月后，在一会所门口，一黑帮老大下车过来巡场，一美女跟随，并走到旁边，跟一男子说对方去了8号房间。于是这名男子就走进去，准备刺杀黑帮老大。但显然是菜鸟，反而被黑帮老大爆头，被黑帮小弟追赶逃出来了。
小帅找到路边电话亭接听留言，对方让他最近尽快避避风头，并把电话扔掉。小帅来到姐姐家暂住几天，而姐姐感觉有点陌生，小帅问妹妹在哪，姐姐说不知。小帅在妹妹房间发现摔坏的手机，并发现一个神秘的组织宣传册。而另一边，小美在更衣室检查自己的受伤的部位，但只是旧伤。
他下班回家坐公交，这时老刑警打来电话关心她，让她好好休息。关掉电话刚好到一个站点，突然小美被尖锐声音吓到，这时一个陌生大叔盯着自己看，慢慢上了车，在他后方坐下。小美回头看他，他也盯着小美看。小美本能害怕，于是赶紧叫住司机要下车。小美以为又碰到一位想伤害自己的人，而自己下车逃过一劫了。
一个潇洒哥开着车送一位美女回家，美女面无表情带着潇洒哥上楼，来到一处旧楼，被带进去一个房间。潇洒哥还精虫上脑，以为马上就可以得到美女。这时突然走进来几个陌生人，对着他讨论要怎么吃他。潇洒哥还以为是仙人跳，这时美女的脸变成异兽，吓潇洒哥一跳。
突然外面亮光照到一边美女身上，并扔进来一颗烟雾弹，原来这里是寄生兽的一个进食点。早被特殊部队盯住了。一伙武装部队冲进来，潇洒哥也吓到跑出来。寄生兽被武装部队杀死，逃走一只。而这只路过小巷，感应到一台车里有同伴，于是准备解救。但被躲在后面的大美围杀，但还是受伤逃走了。
原来大美是灰色部队的老大，而关在车里面戴着面具的人，是自己被寄生的丈夫。大美就是靠着寄生兽之间有感应，找到这里，也发现寄生兽已经有一个组织了。姐姐接到电话通知发现新同类，于是外出找寻，而小帅也跟踪过来。
小美坐公交车回家，走在路上碰到之前见面的大叔，小美吓到打电话，大叔马上向她追来，然后和姐姐把小美堵住了。原来这两人是寄生兽，来确认小美是不是也是寄生兽，然后给了小美组织宣传册就离开了。而躲在一旁的小帅看到这一切，也准备离开。
但不小心踩到东西发出声响，被觉醒的寄生兽小美发现。但寄生兽小美并没有打算杀死小帅，他给小帅一个任务，就是等小美醒来，告诉她目前身体的现状。他被一只小虫寄生，本来是要吃掉她大脑，但当时小美受伤严重，小虫只能先救小美，结果就没时间吃掉大脑。
她现在变异了，成为小美身体的一部分，并警告让小美不要去找寻它的同类。小帅转述完拿了宣传册就离开了。小美回到家，也对这段时间发生在自己身上的事情不解，于是在日记本里写下：我身体里真的住着别人吗？写完太累了就躺下睡着了。
只是睡了5分钟，醒来发现日记本有回复，小美体内的确住了别人。他让小美把想知道的都写在纸上。而本地警察局因为有寄生兽袭击事件，也变得检查严了很多，已经被首尔派过来的灰色部队接管了。通过检查，目前警察局没有寄生兽负责人大美在讲着自己是灰色部队老大，已经接管此处。
因为在音乐节发生的寄生兽袭击事件，得以对寄生兽有更多研究，在讲着如何区分寄生兽。除了拍X光片，还可以收集怀疑对象的头发。因为寄生兽是独立个体，如果细胞离开母体太久就会枯萎。而且大美的丈夫也被寄生兽寄生，被抓住头上戴着特殊头罩，因为寄生兽有一种识别脑电波，只要靠近其他寄生兽就能发出警示，大美就可以通过这种方式去找寻其他寄生兽。
而老刑警也对小美产生疑惑了，毕竟小美自己说被袭击，但却没受伤。而小美也对自己体内的海蒂寄生兽有了解，每天只有大概15分钟可以控制小美，主要是为了保护小美自己才能生存。因为海蒂和其他寄生兽不一样，没有控制宿主的大脑。尽管小美对这一切不可接受，但也没办法。