在晓组织还处于初始阶的时候，三代火影似乎就注意到了这个组织。那个时候晓的首领弥彦刚被团藏和半藏暗算不久，晓组织由光明转为黑暗，弥彦的死让长门固执的认为这世界没有真正的正义。此时的晓组织正在计划招纳当世最强的重罪叛忍，因为对晓组织而言，只有叛忍，才是最值得信赖的同伴。此时灭掉宇智波一族成为木叶叛忍的的宇智波鼬，在面具男（带土）的邀请之下，加入了晓组织。
在前往晓组织之前，他先去见了三代火影，请求三代火影照顾好佐助，而他则会背负所有的罪孽在黑暗中守护木叶，就如同他的人生信条，忍者是在黑暗中支持和平的无名者。当三代火影问起他今后有什么打算时，他回答道：“我和晓的首领做了交易，那人答应不会对木叶出手，我会加入晓，以防其违背誓言”。就这样，鼬成为木叶在晓组织的*底卧**。
加入晓组织的鼬，不用再继续煎熬在村子与家族之间争端。他的搭档，一位是早就叛变的老相识大蛇丸，一位是为保护他而舍命的枇杷十藏，一位是十分尊敬他的干柿鬼鲛。加入晓组织的他，几乎没有为晓组织做过什么，全部都由他的搭档鬼鲛单挑。在三代火影死后，他和干柿鬼鲛一同前往木叶之时，面对自来也，他甚至还在鬼鲛面前将自来的形象“神化”，带着鬼鲛“落荒而逃”，避免了与木叶的冲突，可见他真的是在暗中守护木叶。
然而这世界上只有三代火影知道他在晓组织*底卧**，连其他知道宇智波灭族真相的高层都不知道这件事，这也是当时他按计划逃出木叶之时，团藏对他下死手的原因。三代火影战死在大蛇丸手里后，什么都没来得及交代，从此木叶便再也没有人知道在晓组织他们还有宇智波鼬这条线。
而对于宇智波鼬，除了曾经参与宇智波灭族计划的那几位木叶高层之外，许多人都将宇智波鼬当做了十恶不赦之人。纲手是，自来也也是。所以自来也在前往雨隐村调查佩恩之时，压根就没想到一身罪孽的宇智波鼬竟然是木叶在晓组织最强大的*底卧**。于是自来也就这样成为了探索佩恩秘密的牺牲品，他付出生命的换来的情报就是：佩恩不是真身。
这个秘密明显问一下鼬就能知道了，但此时谁又会想到呢。所以关键还是在鼬本人身上，但鼬只是眼睁睁看着一切，并未给木叶提醒什么。以至于后面木叶用阿斯玛这位精英上忍的命才换来原来晓组织中还有人拥有不死之身的情报。
为何宇智波鼬坐视他们白白牺牲呢？或许此刻鼬的眼光已经放在了更高的层面上了吧，对他来说，只要木叶没有到生死存亡之际，他便不会出手。不过最后他还是没能一直在黑暗中守护木叶，杀死至亲之人的痛，最终还是压垮了他。否则佩恩不一定能够毁灭木叶。
