通过变更业务流程来实施节税工程，这一手段在创业期优势不明显，因为创业期企业流程本身就很单一。在这一时期，应该重点关注下面三点。
1.采购环节围绕进项发票取得变更流程进行
如果是增值税企业，进项发票的取得和取得多少，是降低税负的关键所在。缴纳营业税的企业不存在这种问题。
如果取得的进项发票量不足，一种可能是因为供应商不是一般纳税人，另一种可能是采购部门不尽职。后者比较好改善，对采购部门实施考核就可以了。如果是前一种原因，又要具体分析:是不是因为我们采购量太小，一般纳税人不愿意合作?是不是因为我们在供应商选择上出了问题?如果是供应商选择出了问题，就重新选择;如果是采量太小，则可以实施采购外包。即把采购业务委托给一家有实力的公司(这样的公司很多的)，由其代购，并向其索取全额增值税专用发票。
在现实当中，很多企业之所以没有采取外包形式，是因为它们面临税负高的困难时选择了“偷*税逃**”。
2制造环节围绕加工方式变更流程
这里指的加工方式是自行加工和委托别人代加工。
在很多时候，自行加工获取的综合利益(品质、交货期、资金利息、税收等)，并不一定比委托加工高。耐克公司没有工厂，其产品全部是贴牌厂负责生产，但该公司仍然是全世界运动用品行业的重量级企业。
我们要进行测算，如果自行加工，产生大量不能抵扣进项税额的成本项目时，我们就可以考虑让别人代加工，让加工厂自行购料，按我们的要求生产，然后卖给我们，并向我们开具全额增值税发票，这样，我们就可以全额抵扣进项税了。
在委托加工中，需要注意的是:从节税角度考虑，材料不能由我们提供，而应该由加工厂自行购买，加工厂资金有困难时我们甚至可以借款给它们。因为如果我们提供材料给加工厂，性质就变了，税务局可能认定我们是卖材料给加工厂，再向加工厂买半成品或成品，这是一卖一买两个业务，其中卖材料是要交增值税的，同时涉及所得税。
3.销售环节围绕销售收入来变革流程（虽然运输业务已由营业税转成增值税，但思路是一样的）
延迟销售收入确认时点，混合销售收入分离等节税行为，都是在销售环节来下功夫。此外，运输费用的处理，也是非常关键的。对于创业期的企业、销售环节是需要重点把控的节税环节。
这里举例说明运输流程变更对节税的影响:《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条规定:(四)购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式:进项税额=运输费用金额x扣除率。”
根据以上规定，变革一下销售环节的运输流程，将企业内部设置的运输部门从销售环节分立出来，注册成为独立的运输企业，可以帮助企业节税。
例如，A公司对外销售一批商品，原售价117万元(含增值税)。将运输部门独立后，对外销售价格不变。原来发生在内部运输部门的成本，现在由A公司支付给新成立的运输公司，假设为20万元。A公司从运输公司获取进项抵税额为200000x7%=14000元。而运输公司所应缴纳的营业税为200000x3%=6000元。两相抵减节税8000元。
这只是运输费用较低的案例，如果运输费用高，则效果非常显著。我们曾为一家大企业做过这方面的节税，其年运输费高达3.5亿
元，在我们的建议下，物流中心独立为公司之后， 总公司取得进项抵扣：35000*7%=2450万元，而运输公司仅仅缴纳营业税：35000*3%=1050万元，节税高达1400万元。