赤藓糖醇常见的发酵法工业化生产流程如下：淀粉→液化→糖化→葡萄糖→生产菌株发酵→过滤→色层分离→净化→浓缩→结晶→分离→干燥，最后得到赤藓糖醇，平均收率约50%。
目前对于赤藓糖醇的研究越来越广泛，也可以尝试自己制备，这里我们主要介绍一下碎米糖液生物发酵法：
1. 生产碎米糖液
(1) 淘洗籼米的副产物碎米，除去杂质，在40℃水中浸泡2小时，磨浆，细度为40目（大约0.63毫米），加水，确保碎米米浆浓度在20%。
(2) 按照一吨碎米米浆160ml耐高温α-淀粉酶的配比在碎米米浆中加入液体α-淀粉酶。使用高温喷射液化器进行两次液化操作，第一次喷射温度105摄氏度，带压维持15分钟，第二次喷射温度130摄氏度，带压维持2分钟。降温至100℃后泵入层流罐，按照每吨碎米240ml的配比再次加入同样的耐高温α-淀粉酶反应，反应温度100摄氏度，反应时间90分钟，当固形物含量为20%时到达反应终点，制得碎米液化液，并冷却。
(3) 用稀盐酸将冷却后的碎米液化液的pH值调节至4，按照每吨碎米1000克糖化酶的配比加入糖化酶，糖化温度控制在60摄氏度，糖化时间为60小时，制得糖化液。
(4) 用压滤机压滤碎米糖化液，压滤温度为60摄氏度，压力0.25兆帕。制得碎米糖液，将碎米糖液分别泵入两个储罐，一个储罐作为二级种子培养基底物，另一个储罐作为发酵培养基底物待用。
2. 制备赤藓糖醇发酵液
(1) 选择丛梗孢酵母作为出发菌株，本方法以埃西托丛梗孢酵母（Moniliella acetoabutans ATCC 18455）为例
(2) 首先对摇瓶培养基进行灭菌操作，然后接入一环埃西托丛梗孢酵母菌种，30摄氏度摇床培养24小时。摇瓶培养基配方为：
① 葡萄糖200g/L
② 玉米浆干粉3g/L
③ 尿素5g/L
(3) 往培养基底物储罐中的碎米糖液添加磷酸二氢钾10克/升、硫酸镁5克/升后，经120摄氏度灭菌15分钟后泵入二级种子罐，降温至30摄氏度后接入一级种子，接种量5%。无菌空气经过滤除菌后通入发酵罐，罐压0.5兆帕，通气量为0.5立方米/分钟，培养条件为罐温30摄氏度，转速200转/分钟，培养时间24h。采用菌种镜检及检查OD值等各项指标，达标后获得二级种子液；
(4) 往发酵培养基底物储罐中的碎米糖液添加磷酸二氢钾10克/升、硫酸锰5克/升、硫酸镁5克/升、泡敌0.05%后，经120摄氏度灭菌15分钟后泵入发酵罐，降温至30摄氏度后接入二级种子液，接种量10%。保持罐温28摄氏度进行发酵。无菌空气经过滤灭菌后通入发酵罐，罐压0.05兆帕，通气量为1立方米/分钟，转速400转/分钟，发酵时间100小时。葡萄糖浓度下降到0.5%时达到发酵终点，得到含赤藓糖醇的发酵液，其中赤藓糖醇转化率为43.3%，赤藓糖醇含量135克/升。
3. 精制赤藓糖醇
(1) 将发酵液泵入至储料罐，使用板框压滤机进行粗滤，压滤温度60摄氏度，压力0.25兆帕，除去发酵液中菌体、蛋白质等物质，制得粗滤液
(2) 将粗滤液进行超滤操作，膜截留分子量1000D，常温下操作，超滤压力0.2兆帕，除去残存的大分子物质，包括菌体、核酸、蛋白、胶体颗粒等，制得超滤液
(3) 将超滤液进行纳滤，膜截留分子量200D，操作温度40摄氏度，纳滤压力2兆帕，浓缩倍数为15倍，脱除发酵液中的色素、核苷酸、氨基酸、短肽、部分盐离子等，制得纳滤液
(4) 将纳滤液通过多效降膜蒸发器浓缩至原体积液的20%后送入结晶罐，结晶罐留种10%。结晶总时间60小时，其中养晶12小时，冷却结晶48小时。常规离心分离，干燥包装，制得白色结晶粉末就是赤藓糖醇晶体，纯度99%，水含量0.05%。
