“物种”不等于“品种”
以最传统生物学上的定义，物种是指一群可相互交配生殖，或具此潜力之天然族群所组成的群体，且与其他群体间具有生殖上的隔离，或是大家记得界、门、纲、目、科、属、种的分类层级。
而我们喝的咖啡其实不是同一物种，而是属于茜草科Rubiaceae、咖啡属Coffea下的几十（有人说是上百种）的不同物种。
因为咖啡的原生地在埃塞俄比亚一带，那边散落了上百种的咖啡野生品种，只是大多数都不具商业价值，所以我们现在消费的大多数咖啡，是商业种植而来的。
而且主要来自三个种：阿拉比卡（Coffea arabica）、罗布斯塔（Coffea canephora）、利比利卡（Coffea liberica）。
阿拉比卡是目前量最大的咖啡，也被宣传为品质最佳的咖啡，所以现在是市场的主流，价格也最高，产量占了所有咖啡的65%以上。
罗布斯塔据信是源流自阿拉比卡的变种，但是具有强壮、抗病、容易栽种、产量大的优点，但是口感较为苦、重、香气比较弱、咖啡因较高，所以价格便宜，市场上没那么受欢迎，目前产量约占全世界的30%。
利比利卡现在很少有人种了，市场上量其实很小，它的豆身大颗、但是滋味平淡，所以不受市场重视，但是据说马来西亚白咖啡的源流就是用了赖比瑞亚咖啡，才有那特殊的风味。
以上讲的是咖啡的物种，但是因为中文的不精确，或是被人乱用，品种这个名词常被跟物种弄混。
品种应该指的是人类在栽种作物时，刻意选拔出来具有特殊性状的种类。就像猫有分美国短毛、日本猫、暹罗猫、波斯猫等等，他们具有不同的外表特征（毛长、体格、个性）等等，但都属于家猫这个物种，而且可以互相交配产出下一代，只是特征性状会因为混种而乱掉了（可能就叫米克斯了）。
而咖啡也是一样，因为阿拉比卡全世界大量种植，所以各地人为选育出了很多具有特殊风味、特色的品种，如铁比卡、波旁、卡度拉、卡度艾、艺妓（geisha）等等，但不管他们有怎样的特征、口味差别，都是属于阿拉比卡的这个物种。
混种：但是以上的物种之间，也会天然或人为出现一些例外的混种，这些混种比如说有帝汶混种（Timor Hybrid）、阿拉布斯塔（Arabusta）等等。
在学术界的严谨说法下，学名的表示方法会是帝汶混种Timor hybrid（Coffea arabica x C. canephora）。不会叫阿拉比卡，也不会叫罗布斯塔。但是Timor hybrid 又陆续与阿拉比卡育种出下一代如卡第摩catimor 萨第摩sarchimor等等，
接枝：许多园艺学家为了解决抗叶锈病或其他理由，也开发出接枝的技术，这就像台湾比较常见的高接梨技术一样，比如说将阿拉比卡的枝条接在罗布斯塔的树身上。
罗布斯塔不一定不好，100%阿拉比卡也不一定是最好的咖啡
的确阿拉比卡的香气普遍认为比较高雅，所以价格较高，但是罗布斯塔除了价格较低是一个优点之外，其实也有它风味上的特点，比如说罗布斯塔风味浑厚、浓重且强烈、而且有很强的crema。所以尤其是好的意式豆在拚配中，常常会加入少量的罗布斯塔，让这强烈的苦味与crema把意式浓缩咖啡提升到另一个层次。
所以100%阿拉比卡未必最好，事实上，但是某些品质好的罗布斯塔，味道甚至比品质差的阿拉比卡豆要好。
如何判定是阿拉比卡还是罗布斯塔？
依据检验方法，以咖啡中“16-O-甲基咖啡醇”含量的高低来判断是阿拉比卡或是罗布斯塔，因为阿拉比卡含16-O-甲基咖啡醇很低或甚至没有，但是罗布斯塔含16-O-甲基咖啡醇很高。
如果我们仔细看其研究成果，确实在代表16-O-甲基咖啡醇（16-OMC）/16-O-甲基卡酚（16-OMK）处的波峰处（3.16ppm）确实有明显的分野。
16-O-甲基咖啡醇在实验所采26件的阿拉比卡豆中含量都仅约有数10ppm，而在实验所采6件的罗布斯塔豆的含量就有1～2千ppm。
一般来说，大家对于阿拉比卡豆的风味接受度比较高，是因为阿拉比卡的香气比较丰富，而也因为容易受不同的海拔、土壤、气候条件等因素而影响豆子的生长及产出风味，因此虽然都叫阿拉比卡，不同出产地的可是会有截然不同的味道。
相较之下，罗布斯塔比较有个性，不容易受外在因素而改变自己的风味，因此不同产区的罗布斯塔，风味差异并不大。另外，有些咖啡迷喜欢酸味明显的咖啡，有些则喜欢偏苦的咖啡，在这部分来说，阿拉比卡豆通常具有高度的酸味，而罗布斯塔则有着比较强烈的苦味。
但咖啡口味的偏好因人而异，只有喝起来真正喜欢才最重要，才是你想要的咖啡风味。