10x和genomics (genomics10x)

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工作流程

更新- Visium CytAssist 固定冷冻组织空间基因表达

基于探针法对经过多聚甲醛固定、OCT 包埋和冷冻 、H&E 染色的小鼠组织切片进行全转录组分析。该方案会用到 Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE Reagent Kits 和 Visium CytAssist Instrument and Accessory Kit。其他产品详细信息,包括从样品制备到文库构建的文档,可在 10x 支持网站上查阅: CytAssist 固定冷冻组织空间基因表达。

Visium CytAssist FFPE、新鲜冷冻和固定冷冻组织空间基因表达

以下文档已经过修订,包括了与固定冷冻组织的兼容性:

  • Visium CytAssist Spatial Gene Expression Reagent Kits User Guide (CG000495, Rev D)
  • Visium CytAssist Spatial Gene Expression Imaging Guidelines (CG000521, Rev C)

Visium CytAssist FFPE 空间基因表达

更新 - Visium CytAssist FFPE 空间基因表达:组织载玻片运输和延长储存案例研究 (CG000640, Rev A)

  • 该技术文档通过检测RNA质量、分析灵敏度来检查FFPE组织切片运输过程造成的影响,并提供建议的运输条件。该文档还评估了存档玻片的RNA质量和测定灵敏度在存储90天中的的变化,并给出了长期存储的储存条件方案。

Visium CytAssist FFPE 空间基因表达—方案规划 (CG000556, Rev D)

  • 更正了Fisher品牌的Superfrost Plus载玻片货号和说明。

Visium CytAssist FFPE 空间基因表达—组织制备指南 (CG000518, Rev C)

  • 更正了Fisher品牌的Superfrost Plus载玻片货号和说明。

Visium CytAssist FFPE 空间基因表达:试剂、工作流程和数据比较 (CG000618, Rev B)

  • 更新了小鼠组织结果部分,第 5 页中添加了测序饱和度水平。
  • 更正后的DGE分析值在图 8 展示。

Xenium原位分析方案

Xenium FFPE原位分析 – 脱蜡和解交联 (CG000580, Rev B)

  • 更新包括由10x Genomics测试的其他热循环仪、Xenium Cassette Lids的使用指南,以及Perm Enzyme B 处理和储存条件的更新指南。

Xenium 新鲜冷冻组织原位分析 – 固定和透化 (CG000581, Rev B)

  • 更新包括由10x Genomics测试的其他热循环仪,并在特定试剂和耗材列表中添加了甲醛溶液的其他可选供应商。

Xenium 原位基因表达 - 探针杂交、连接和扩增 (CG000582, Rev B)

  • 更新包括由10x Genomics测试的其他热循环仪、在提示和最佳实践部分添加了有关定制探针panel存储的指南,以及有关Xenium盒盖存储和使用的更新指南。

单细胞5’ BEAM

以下用户指南添加了关于 5' 基因表达文库测序数据要求的指导,以便在 Cell Ranger 中进行分析:

  • Chromium Next GEM 单细胞 5' 试剂盒 v2 (双端 Index) 结合功能条形码技术用于Barcode Enabled Antigen Mapping (BEAM)(CG000591, Rev B)
  • Chromium Next GEM 单细胞 5' 试剂盒 v2 (双端 Index) 结合功能条形码技术用于Barcode Enabled Antigen Mapping (BEAM) 和细胞表面蛋白 (CG000592, Rev B)

单细胞和空间转录组适用的PCR仪

更新! 10x Genomics 工作流程中PCR仪预设程序的*载下**指南 (CG000648, Rev A)

  • 10x Genomics 工作流程需要兼容的PCR仪进行编程以执行各种步骤。这份新的技术说明提供了*载下**协议的指导,这些协议可用于对 BioRad C1000 和 Eppendorf Mastercycler X50s PCR仪进行编程。这些程序可从 10x Genomics 支持网站直接*载下**。

Xenium Analyzer (仪器)

Xenium 原位基因表达 – 方案规划 (CG000601, Rev C)

  • 更新包括由 10x Genomics 测试的额外PCR仪、热混合器推荐,以及采购甲醛溶液DMSO的额外供应商。

Visium CytAssist (仪器)

Visium CytAssist Readiness Test用户指南 (CG000542, Rev C)

  • 调整了网络连接描述细节以提高准确性。
  • 不受限制的出站访问,如第 42 页所述。
  • cli/terminal 命令文本现在在第 45-54 页的“网络共享文件夹”部分中突出显示。

Chromium Connect (仪器)

Chromium Connect用户指南 (CG000180, Rev D)

  • 本用户指南的更新包括如何从“帮助”菜单选项查看用户指南和测定屏幕的 PDF、产品规格中添加的表格建议以及第 43 页的温度错误故障排除。
  • 新的合规认证。
  • 描述了手动条形码输入。
  • 更新了用户界面布局和导航。
  • 添加了网络连接和远程访问的通知图标。
  • 更改了操作概览表以在运行期间调出停止点。
  • 更新了用户界面的说明级别。
  • 添加了上传设置信息的新方法。
  • 更新了面板布置图。
  • 添加了在 Carrier 4 中加载样品索引板的最佳实践。
  • 描述了新的菜单选项(帮助、关于、查看图像、管理证书)。
  • 用户界面中的运行报告列表现在采用颜色编码。
  • 添加了新的网络设置。
  • 描述了远程支持图标。

Chromium Connect 快速参考卡 (CG000256, Rev D)

  • 面板布局图现在更普遍地标记了放置试剂管的位置。
  • 更新了用户界面屏幕和工作流程表。
  • 将样品索引板装入载体的新最佳实践。
  • 硬件更改:龙门式移液器通道的插图。

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软件

分析指南

免疫组分析: Cell Ranger 之后的下一步是什么?

  • 本文列出并描述了一些流行的第三方开发工具,用于在运行 Cell Ranger 后分析 5' 单细胞免疫分析数据。

探索您的 Visium 数据:一个点解卷积的故事

  • 在此用户组会议 (UGM) 分组会议中,我们介绍了点细胞类型反卷积。我们涵盖了无参考反卷积的应用,并提供了大纲和相关材料。

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