1992年3月，初涉南京市场，娃哈哈果奶就受到了消费者的热捧，成为很多商场最畅销的产品。到了5月份，娃哈哈果奶在南京已经形成日销70万瓶的规模。南京的经销商——农垦蜂业公司、果品公司干果批发部等，因为担心断货，干脆不等杭州这边发货，直接派车到杭州，停在成品车间外面等着提货。
然而，一种敌意，一桩丑闻，一场危机，正在一些人、一些媒体心中发酵。
突然变成"不合格产品"
自出征金陵城之后，一切都超乎预期地顺遂。然而娃哈哈在金陵城里胜利的顶点到来之后不过一百天，一切就都土崩瓦解了。在这一百天里发生的事情，是娃哈哈果奶日均销量超过70万瓶，彻底打破了南京市场的格局，组建了一种全新的市场秩序。
一些神秘莫测的力量一夜之间纠合在一起，突然以反对娃哈哈的面目出现。
1992年6月5日，没有任何的先兆，没有知会，也没有警示，南京市卫生防疫站通过《南京日报》和南京电视台突然公开宣布，说娃哈哈果奶饮料因不符合1989年国家制定的《含乳饮料卫生标准》中有关的蛋白质和脂肪含量而被认定为"不合格产品"，因此禁止再行销售，违者将被没收产品并处以重罚。
这条消息虽小，但因其爆炸性内容，以及凌厉的措辞，在石头城引发了"地震"。各地报纸纷纷转载这条消息，南京城的消费者高度紧张，一些人还准备筹划诉讼，维护自己的权益。娃哈哈果奶一百来天所缔造的美誉、所开辟的市场前景，瞬间坍塌了。负面影响无法预期，单是南京市场每天的损失就高达50万元，如果加上周边地区，简直无法估量。
危机到来的时候，宗庆后正在印度尼西亚考察。
孙建荣等人的电话一个接一个地打来，他们把《南京日报》的文章也传真给了宗庆后。宗庆后看完之后，义愤填膺。任何一个产品，对其的质量检测虽然首先需要考虑采用国家标准来进行，但南京市卫生防疫站所依据的国家标准是三年前制订的《含乳饮料卫生标准》(GB11673-89)，这一标准是针对"以鲜牛乳为主要原料，加入适量辅料而制成的含乳饮料"，并且只适用于"以含乳30％以上，并加人适量可可、咖啡、果汁和蔗糖等物质，经有效消毒制成，具有相应风味的含乳饮料"。
但事实上娃哈哈果奶是娃哈哈公司当时为适应市场潮流而专门研发的以奶粉、果汁、蔗糖为主要原料的一款酸性果奶饮料，是一个全新的产品，与《含乳饮料卫生标准》所规制的以鲜牛乳为主要原料、含乳30％以上的产品并不属于同类，根本不属于该标准的适用范围，当然也就不能用原有的国家标准来判定娃哈哈果奶这样的新产品是否合格。
娃哈哈公司派驻南京市场的人在此前也早已与南京防疫站交涉过：由于原有国家标准还没有涵盖这类产品，而在国家标准有缺失的情况下，一般来说，新产品的质量标准允许先由企业自定，再经由企业所在地的标准技术监督部门审定、备案，之后企业就可以遵照执行。娃哈哈果奶当时就是在这种情况下报浙江省卫生、标准等有关部门审定备案，是合法生产并且有标准可依的产品。执法部门应当按照企业依法备案的标准来认定产品是否合格，娃哈哈公司还提供了当时浙江省相关部门的书面意见。
当时，南京防疫站把完全不适用的标准强行套用在娃哈哈果奶上，如果不是无知无畏，就是别有用心，而且是在毫无征兆的情况下突然宣布这样的消息。关于南京市防疫站的"个别人"执法不公的传言，宗庆后早有耳闻，却始终没有放在心上。他相信这样一家权威的卫生行政监督部门，一定会对自己的信誉负责，即或"个别人"从中作梗，也掀不起大风大浪来。
而几乎与此同时，广东一家企业的同类果奶产品也曾经在南京防疫站进行抽查，结果虽与娃哈哈果奶一样，也是未达到南京防疫站所指定的那个国家标准要求，但那家企业的果奶产品依然在市场上销售，从来未曾被要求停止过销售。现在，这"个别人"开始刁难起娃哈哈果奶，而且用这种方式，简直要置娃哈哈果奶于死地。
可是如今刀架在脖子上了，人为刀俎，我为鱼肉，唯一的出路就是赶紧协调、沟通，想办法尽快平息事态，为娃哈哈果奶消除负面影响。
宗庆后命令总经办主任杜建英赶紧奔赴南京，去跟有关部门协调沟通，让孙建荣在南京负责协调媒体关系。6月5日当天，杜建英陪着杭州市上城区的领导到了南京，与南京市防疫站沟通，可是结果却令人极为失望，对方坚持认为：既然国家标准没有规定这种产品，那么你们的产品就无法可依，暂时不能销售。宗庆后于当天晚上从印度尼西亚飞回到杭州，一路上怒火燃烧。他已经确信这不是一个黑色幽默，而是一场黑幕。生死攸关之际，宗庆后马上找到浙江省标准计量局等相关部门领导，向他们汇报了南京发生的这个事件。
第二天，对此事高度重视的浙江省标准计量局专门致函江苏省标准计量局，直言不讳地指出用老标准来认定娃哈哈果奶有质量问题依据不妥，同时还具文请示国家技术监督局和卫生部。
经此一役，宗庆后再次感受到了相关部门、领导对娃哈哈的帮助、支持和爱护，如果不是他们的鼎力相助，就不会有今日的娃哈哈，更不会有"企业家宗庆后"与"首富宗庆后"。
可是，虽然浙江省标准计量局的请示报到了北京，宗庆后还是不放心，打电话给杜建英，让她直接从南京飞到北京，主动出击，争取获得卫生部与国家技术监督局的支持。
当时娃哈哈在北京的办事处有一个叫卢东的小姑娘，现在是娃哈哈集团的外联办主任。杜建英到了北京之后，和卢东一起，一天一天地跑，一个部门一个部门地找，反复解释，据理力争，想要获得对方的理解和支持。
卢东后来对宗庆后说："我们就是要去说服、感动他们啊。我们被他们称为'小姑娘'，天天跑卫生部的监督司，监督司有位副处长是一个大姐。我们白天跑她办公室，晚上去她家里，一直跟她讲我们的道理，讲我们企业的发展，讲我们的产品是如何好，多么受市场欢迎，南京事件会影响到我们多少的员工……我们好说歹说，终于说动了她。"
整整十天，对身处杭州的宗庆后来说就如同十年。在那段时间里，他终于体会到了什么叫煎熬，什么叫度日如年，什么叫寝食难安。"南京果奶风波"的负面影响正在扩散，全国各地的销售都在下滑，一切难以预想的假设都在酝酿和发酵。
娃哈哈，生死一线。
有那么几天，宗庆后感到特别地惶恐迷茫。但是，在紧急召开的职工大会上，他看到了上千双比他更惶恐迷茫的眼睛。为了这些眼睛，他对自己说，必须坚强，必须战斗！
6月17日，一个好消息传来，国家技术监督局作出书面批复，同意浙江省标准计量局关于认定娃哈哈果奶有质量问题依据不妥的意见，并将批复意见转告了南京方面。
5天后，北京又传来了另一个好消息。卫生部卫生监督司也专门发文，同意娃哈哈果奶可以继续生产销售。
因为这两个好消息，以及接下来不断带回来的好消息，宗庆后开始对上苍充满感激之情。这两个好消息令他大喜过望，也令整个娃哈哈集团大喜过望。他们从中国最权威的两个部门得到了公正的评价，现在，南京欠他们一个说法。
南京方面的确给了一个说法，在接到了卫生部卫生监督司的下文后，虽然同意了娃哈哈果奶可以在南京销售，但是要求必须改换标签才能上市，否则立即拉回杭州。
听到这个消息之后，宗庆后顿觉忍无可忍，决定亲赴南京，去会会为难娃哈哈的"当事人"。6月26日，宗庆后到了南京，与南京防疫站的人坐到了谈判桌上。此时的他已无任何的退路，自然也不会再有任何的担忧。顶多是娃哈哈从南京市场退出，也绝不能任人宰割！既然对方已决心把人往死里整，自己也没必要再忍让退缩。了不起打官司，打到北京也要把对方告倒！
宗庆后毫不客气地对南京市防疫站的"个别人"说："我们娃哈哈果奶从生产到销售，每一个环节、每一道工序都是经过严格检测把关的，所有的手续也都是合法齐备的。你们身为执法人员，就这么不负责任地作出处罚，这对我们企业将会造成多大的损失？"
对方说："我们是按照国家标准来检验查处的，这并没有错。"他们的态度依旧强硬，甚至还罗列了一大堆专业标准数据，来证明他们当初的处罚决定是正确的。一起参与谈判的孙建荣悲愤地冲他们吼道："办好一个企业，要经过多少人的艰苦努力啊！而毁坏一个企业，却是易如反掌的事情。如果我们的果奶真的有问题，那遭受处罚我们无话可说。可现在，我们的果奶明明是深受消费者欢迎的优质产品，连国家卫生部和技术监督局都发文支持我们了，你们却一再发难，究竟天理何在？"
孙建荣的悲愤与宗庆后的强硬一样，就如同飘落在水中的雪花，没有任何的声响，也不见任何的回应。南京市防疫站拒绝发表声明为娃哈哈果奶正名，坚持要求娃哈哈果奶更换标签才能上市。谈判不欢而散。
宗庆后当时甚至安排手下草拟了一份"广告词"，题目叫作"娃哈哈果奶痛别南京"、这份"广告"震惊了南京市所有的媒体，在了解了事情的经过后，媒体又都对娃哈哈表示出了同情。
对这些媒体的同情，宗庆后心存感激，但也体谅他们的难处：在南京的地界上，要让他们刊登这种"胳膊肘向外拐"的"广告"，的确有些强人所难。
南京协调会议后，宗庆后带着悲愤、暴怒和郁闷回到了杭州。他找到了时任杭州市市委书记李金明和时任杭州市市长王永明，向他们汇报了娃哈哈在南京遭遇的一切。书记和市长很重视，他们派出了一个"学习考察团"，由主管工业的杭州市副市长徐兆骥带队，专程赴南京协商娃哈哈的事宜。
此时已是7月6日，娃哈哈已经在煎熬中度过了最漫长的一个月，在最酷热的季节里，感受到的却是彻骨的冰冷。
协商的气氛比想象中友好，南京市委、市卫生局领导当场表态，娃哈哈产品可以继续在南京销售，双方还逐字逐句达成协议，由当初对娃哈哈作出处罚的南京市防疫站出面，在《南京日报》上刊登一则通告："根据卫生部最新的文件精神，杭州市娃哈哈果奶可以继续生产和销售。因此，准予在南京市场销售。"南京市副市长周学柏明确表示同意，南京市委常委、宣传部长虞煜星和南京市卫生局副局长徐国庆分别签字同意。
第二天早上，根据两市的协调意见，宗庆后派孙建荣到南京卫生局去取盖好公章的通告。孙建荣满心欢喜地去了，却沮丧地回来，对方告诉他："当事人不在。"下午，他再次到了南京市卫生局，依旧空手而归。
无奈之下，宗庆后只好又找到尚未离开南京的杭州市副市长徐兆骥。他当即与参与协商的南京市副市长周学柏联系。7月8日，周学柏副市长专门致电南京市卫生局，责令他们于当天中午前在通告上盖好公章，并要求在次日的《南京日报》上刊出通告。
诡异的情形出现了。虽然南京市副市长严令再三，第二天的《南京日报》上依旧没出现任何的"通告"。这时候孙建荣接到了虞煜星部长的电话，委婉地问他"通告"能否由南京市卫生局而非由南京市防疫站出面刊发。
孙建荣说："这是我们杭州市政府领导和贵市政府领导共同商定的协议，我一个小小的企业部门负责人，哪有这个权力去决定是否可以更改协议内容啊！"孙建荣继续等了下去，到了7月12日，最为诡异的事情出现了。一则通告出现在《南京日报》不起眼的位置上，不但出具通告的具名单位由南京市防疫站变成了南京市卫生局，而且原先商定好的通告内容变成了："根据卫生部最新的文件精神、"娃哈哈'果奶可以继续生产、销售。因此，同意'娃哈哈'果奶继续在南京市场销售，并于八月十五日后使用新的标签和说明书。"
看到通告的孙建荣瞠目结舌，他感到自己被欺骗了。宗庆后也感到被欺骗了，杭州市和南京市参与谈判的两位副市长，以及所有陪同的人都被欺骗了。在南京，娃哈哈被伤害、被*辱侮**。孙建荣已经苦苦支撑了一个多月，现在他撑不下去了。
这天晚上，他在自责和被*辱侮**的愤怒中回到房间。他反锁上房门，写下了血字署名的遗书后，把满满一瓶子*眠药安**吞了下去。他准备以死抗争，以死证明娃哈哈果奶的清白。
他给杨树荫打了一个长长的电话，抱怨南京市场太黑，自己受了天大的委屈。电话还没打完，突然就没了声音。杨树荫心想：坏了！他吓了个半死，赶紧跟宾馆联系，让他们马上破门营救，然后又给南京市委办公室打电话，第三个电话打给了杭州市上城区政府，要他们马上派员到南京。
与孙建荣同行的单启宁发觉了他的异常，因此多留了个心眼儿。在孙建荣陷人昏迷的时候，单启宁多次敲门不见回应，就赶紧叫来宾馆保安把门打开。
当单启宁发现孙建荣自杀的时候，一边把不省人事的孙建荣往医院送，一边哭着给宗庆后打电话。电话这边，宗庆后听到这个消息，震惊当场，想着这个跟他一起打天下的兄弟竟然要拼命，不禁悲从中来，涕泗横流。
绝地反击
宗庆后知道，金陵城是容不下娃哈哈了，除了绝地反击之外，他们没有任何出路。他们必须做好准备，从此放弃南京乃至整个江苏市场。他们愿意这么做，为了娃哈哈的清誉，为了孙建荣的清誉，也为了他自己的清誉。
宗庆后这次打算豁出去了。他亲自起草了一份《我们的声明》:"对贵市卫生局无视两地政府正式协定、擅自刊登通告的行为我们深表遗憾，由此必然产生的所有严重后果全部由贵市承担。"
娃哈哈驻留南京的人员把《我们的声明》送给了南京市委宣传部，还准备把它制作成大字报，让娃哈哈分公司的人去调集50辆大客车，贴上大字报，并打算用黑纱把车子覆盖起来，开到南京城的大街小巷，向南京市民、向全中国宣告，娃哈哈果奶在南京死了，被冤死了。
在员工们的劝阻下，宗庆后的义愤之举最终没有实现。娃哈哈采取了公布信息的方式证明自身，在随即召开的新闻发布会上，宗庆后向所有参会的媒体记者讲述了这个令人悲愤的故事，讲述了孙建荣无奈下的自杀，讲述了他们所遭遇的不公与屈辱，讲述了娃哈哈创业的不易和公司如今所面临的困境。到场的记者们还真的是值得尊敬的"无冕之王"，对此无不义愤填膺，纷纷表示要揭露真相。先是杭州市和浙江省的媒体率先对娃哈哈果奶在南京的遭遇做了报道，接着《人民日报》、中央电视台和中央人民广播电台也相继披露了"南京果奶风波"的真相。当中最令人震撼的是1992年7月30日刊发在《人民日报》头版的通讯《石头城里的"果奶风波"》。
这篇由《人民日报》记者和中央人民广播电台记者合写的通讯，以客观的视角向读者披露了"南京果奶风波"所暴露出来的种种问题，使之前因流言蜚语而困惑不已的消费者终于了解到了事实真相。报道中写道：
"一个防疫站的误判，导致企业上千万损失，难道公开认个错也不行吗？"
"企业走向市场，肯定会有风险，可怕的是人为制造的风险。这场风波再次说明，企业改革呼唤法律的保障，企业改革需要法制的环境。"
"在新事物、新情况层出不穷的年代，法律、规定相对滞后是难免的。问题是我们的执法机关不能只说这也不行、那也不行。应该义不容辞地为新事物鸣锣开道。"
在这篇通讯边上，配发的是观点鲜明的短评《要服务不要设阻》。
在强大的舆论压力下，原本态度强硬的南京市防疫站终于低下了头，娃哈哈果奶最终以胜利者的姿态重新回到了南京。
这场风波带给宗庆后巨大的震撼和反思。让他震撼的是，当娃哈哈遭受危机的时候，所有娃哈哈人不离不弃，甚至愿意以死抗争，他们的忠诚令他感动。在处理危机的时候，一些员工所展示出的控制局面、化解矛盾的能力，也使他大感诧异。
而对于宗庆后自己来说，"南京果奶风波"的前后两个月，就如同死过一次一般，起死回生之后，已无任何恐惧之处；又如昆虫蜕皮一般，蜕皮之后，是全新的生命。所以，后来办企业遇到种种难题的时候，他心想：这算什么呢！