1. 产权归属复杂导致无法交易的法律风险
由于历史原因，目前市场上可交易的院落中极易出现多个产权人的情况，产权人之间联结紧密，经多代更迭后，继承、赠与、婚姻关系掺杂其中，权属难以查清。《民法典》第三百零一条规定：处分共有的不动产或者动产以及对共有的不动产或者动产作重大修缮、变更性质或者用途的，应当经占份额三分之二以上的按份共有人或者全体共同共有人同意，但是共有人之间另有约定的除外；第三百零八条规定：共有人对共有的不动产或者动产没有约定为按份共有或者共同共有，或者约定不明确的，除共有人具有家庭关系等外，视为按份共有。通常四合院共有人之间存在家庭关系，属共同共有，转让该类四合院，需要全体共有人同意。这意味着如果交易中有一人对价格提出异议或不愿出售，交易就无法完成。
针对以上产权人众多的情形，若转让四合院得到了产权人的一致同意，买受人需要与各个产权人签署房屋买卖合同，或房屋买卖合同中由所有产权人签字，方可符合不动产转让的法律规定。
2. 购房主体资格有所限制
《北京市住房和城乡建设委员会关于加强国有土地上住宅平房销售管理的通知》（京建发〔2017〕118号，现行有效）中规定了在北京购买住宅平房，需具备购买商品住宅同等资质。不具备北京购房资格则无法购买北京四合院。
3. 因缺少土地证而导致交易周期过长、经济负担加重的风险
由于四合院有着悠久的历史，而我国上个世纪九十年*开代**始才正式实行土地出让政策[1]，不少四合院的住户也都是从祖辈继承而得来的，而办理土地出让手续就意味着四合院住户不仅要缴纳一笔土地出让金，而且自出让手续办理完成后开始正式计算产权期限，正因如此大部分住户不愿意配合办理土地出让手续，这也就导致了很多四合院只有房产证没有土地登记证。
根据我国《关于城镇私有房屋国有土地使用权登记发证有关问题的意见》（京国土籍〔2010〕462号，现行有效）第四条：（一）凡未办理过土地登记发证手续的城镇私有房屋申请办理国有土地使用权登记发证的，按初始土地登记程序办理。……（二）凡已经办理过土地登记发证，但未办理过土地有偿使用手续的城镇私有房屋，因房屋依法买卖、赠与、交换等涉及土地使用权转移的，自本意见印发之日起，原产权人应当首先办理土地使用权有偿使用手续后再办理房屋所有权变更登记手续和土地使用权变更登记手续。
从上述规定可见，如果意向交易的四合院只有房产证，没有土地登记证，是不能直接办理过户登记手续的，需要在四合院交易前缴纳土地出让金完成土地出让手续才满足交易资格，而完成上述土地出让手续需要一定的时间周期，从提出申请到获得土地证大概需要四个月左右的时间，只有土地证过户完毕之后才能进*房行**产证的过户。所以相比于拥有双证的四合院而言增加了不少交易的时间成本，并且北京平均每平米土地出让金为1万/㎡，四合院占地面积又大，四合院住户可能无法负担高额的土地出让金，最终往往土地出让金也会由买方负担，这也加大了买方交易的经济成本。
[1] 《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》（国务院令第55号）1990年实施