日本科幻早期萌芽之后，科幻小说并没有大行其道。除了个别作品科幻味儿较浓，多数作品科技色彩很淡，被淹没在推理与恐怖之中。20世纪20年代，一批杂志创刊，其中有些长期刊登科幻小说。1945年，日本战败，二战结束，美军再次进驻日本，美国科幻以一种特殊的方式进入日本。
20世纪60年代是日本科幻的黎明期。1959年12月，早川书房创办了日本第一本专业科幻杂志《SF杂志》。第一任主编是被称为“科幻鬼才”的福岛正实。60年代的日本科幻，一方面继续接受欧美科幻的影响，另一方面也逐渐摸索出具有日本特色的科幻模式，并最终构建出属于自己的科幻世界。进入70年代，日本科幻开始飞跃。早川书房继续在科幻出版中领跑。1970年8月，“早川科幻文库”正式出版，是第一种以文库本的形式出版科幻的丛书。这个时期的日本科幻已经摆脱欧美科幻的影响，开始独立自主了。日本科幻第一代作家登上舞台。
简井康隆，1934年生于大阪，也许是他出生于科学家家庭又从事文学创作的缘故，简井康隆很自然地走上了科幻小说创作之路。简井康隆是非常高产的作家，长短篇小说均有40部以上，风格跨越很大，擅长诙谐讽刺，在日本科幻小说中有着不可替代的地位，所获日本文学类和科幻类奖项不可胜数，有“日本现代科幻之父”的美誉。
简井康隆的《红辣椒》又名《梦侦探》，描写美女精神治疗师千叶敦子与天才科学家时田浩作一起研发出“PT仪”和PT仪的携带版迷你DC，利用这个新发明，他们可以进入患者梦境进行精神疾病治疗。但他们的新发明被不明人士偷走，从此研究所里就发生了一系列让人毛骨悚然的怪事……这部科幻小说从梦境的角度讲述故事，包含了科学、*教邪**、梦境、电影、神话、宗教、同性恋等多种元素，2006年被著名动画导演今敏改编成动画电影《红辣椒》而声名大噪。
星新一，1926年9月6日生于日本东京。星新一以写微型小说著称于世。微型小说看似简单，其实非功力深厚者不能为之。星新一的微型小说简练质朴，清新隽永，诗意浓郁，被誉为“小说中的俳句”。他的作品中绝无雕琢堆砌之辞，绮丽华美之章，连日本的中小学生都能毫不费力地看懂。而这种质朴文风的形成，正是作家殚思竭虑，苦心经营的结果。一生之中，星新一发表的微型小说作品逾一千篇，堪称世界纪录创造者。其中有相当数量的科幻小说。《人造美人》《包你满意》等是其中的代表作。
小松左京，1931年生于大阪，本名小松实。1966年发表的长篇科幻小说《无尽长河的尽头》，使他获得了世界声誉。以后，他撰写了各种各样的科幻小说，有力地推动了日本的SF的发展，人称“日本科幻推土机”。小松左京拥有渊博的知识和绝妙的故事技巧，他的作品题材和风格均呈多样化。他创作了幽默科幻小说《袓先万岁》、《明日小偷》，怪异科幻小说《所说的那个妈妈》、《保护鸟》，超短篇小说集《某种生物的记录》，冒险科幻小说《埃间谍》等等。
小松左京最为著名的作品还是他1973年创作的《日本沉没》。小松左京花了9年时间来写这部描写日本列岛因地壳大变动而沉入海底的小说，出版后轰动日本社会，销出四百万册，创下了日本战后第一畅销书的记录，并荣获1974年日本推理作家协会奖、星云赏最佳唱片奖，后来又几次改编为电影，并被翻译为多种语言。
小松左京与星新一、简井康隆合称为日本科幻的“御三家”，是日本科幻飞跃期的代表人物。日本科幻已经走出了小众自娱自乐的圈子，被广大的普通读者所接受，日本科幻开始在普通市民阶层普及开来。