肝内胆管结石是位于肝管分叉以上的结石，结石的特性和形成的机制和原发性胆管结石相同。在肝内胆管中形成的结石，可以下降至胆总管或因为有肝胆管的结石阻塞和肝管狭窄而停留在肝内胆管系统中。
肝内胆管结石是原发性胆管结石的一部分，由于其分布在肝内胆管系统，所以在临床上有其特殊性。
在临床上，肝胆管结石占原发性胆管结石的13.7%-50.0%,但在尸检时，38.0% ~ 82.3%的原发性胆管结石病人肝内胆管含有结石。结石可以分布内胆管的任何一个分支或广泛地存在于整个的肝内胆管系统；临床上发现以左侧较多见。近年由于CT检査的普遍使用，临床上发现早期的肝内胆管结石以位于左外上、右后下段肝胆管较常见。肝内胆管结石的发病率在不同地区和不同的病人组之间有很大的差异，据对全国胆石手术病例的调査分析，肝内胆管结石平均约占全部胆石病例的16%。
在我国的不同地区，肝内胆管结石的相对发病串有较大的差别。例如中山医科大学附属医院的1293 例胆石症手术病人中，单纯为胆囊结石者362例，占合并肝内胆管结石者388例，占30%;华西医科大学附属医院6317例胆石症病人，胆囊结石2152例，占34.1%,肝内胆管结石1179例，占18.7%；上海市报道的7461例胆石症手术病例，发现有肝内胆管结石者340例，占4.55%;又如*疆新**医科大学附属医院报告的1290例胆石症手术，有肝内胆管结石者58例，占4.5%,其中91.4%发生在汉族病人，并且全部病人均是从他省移居至新韁者。从尸检的资料看，第三军医大学病理解剖教研室在重庆地区所做的2390例尸检中，有胆石症者50例，其中有肝内胆管结石者19例，占胆石症的3896,故其比例高于临床上的发现；但在北京解放军总医院的1993例尸检中，发现有胆石者140例，其中肝内胆管结石16例，占1.4%。
肝内胆管结石在亚洲的东亚和东南亚的一些国家和地区的发病率也很高。日本的大系列的尸检和临床病例资料，肝内胆管结石占全部胆石的7.796和4.1 %。
—般来说肝内胆管结石多见于原发性胆管结石症的高发区，但其间的比例并不恒定，在农村的发病率高于城市，并且近年来其相对发病率有下降的趋向。特别是在城市中，胆囊胆固醇结石发病率升高，而肝内胆管结石的发病率则相对下降。