在一些大中型的医院里，存在这样一社会现象:在医院看了病，必须在医院买药。因此发生过一些由医生开的药太贵而引起的冲突。日本的医院为了避免这类矛盾发生，特意将医和药分开，医院只看病给处方，不卖药。同时，药店必须配有专业的药剂师。
在日本人的眼中，药店就是药剂师根据医生开的处方给患者配药的地方。
并且在日本的药店里，还会出售医疗机械和零食、杂物。
还有很多药店会卖化妆品，所以日本人更喜欢将药店称为药妆店。如今，有很多代购专门去日本的药妆店买化妆品。
并且在2006年的时候，日本调整了医疗法，对药店也出台了明文规定:药店不仅可以卖药，还可以作为提供调剂的医疗场所。
自此之后，一般的药店不仅仅必须配备有专业的药剂师，还必须有专门的调理室。
如此一来，虽然药店里还有日常用品的业务，但只要药剂师不在，药店售卖的药品就不会被认可，完全可以被要求关店。并且大多数的日本药店，都有进行调剂的保险，这样就便于患者们进行自我管理。在没有医生特别注明不可变更的条件下，患者可以根据药剂师的建议更改配方。这样医和药的分离方式，也更加安全和人性化。