公元十四世纪——十七世纪，为古代中日官方贸易的衰落时期，大体相当于中国的明清时期，日本的幕府时代后期。这一时期，官方贸易主要是以日本向明朝称臣纳贡的形式进行的勘合贸易。中日两国先后在永乐、宣德年间缔结了两次勘合贸易条约，对日本来华贸易的期限、船舶、人数都进行了限制。这种奉表入贡的朝贡贸易是典型的不等价交换，日本可以从中博取很大利润，而明朝只得到一个徒具形式的称贡和奉正朔而已。
在经济利益的驱使下，日本不遵守勘合贸易条约的约束，来华的贡船和人员往往超出规定，逐渐形成尾大不掉的局面。明朝对日态度趋于消极，一再敦促目方遵守入贡期限，对于没有到期便来贸易的船只，曾经采取拒绝上陆的措施。加上贼寇不时侵扰东南沿海，发生争贡之役以后，明朝决定实行海禁，中断海外贸易。加之，日本室町幕府已名存实亡，各地的守护大名忙于兼并战争，无暇顾及对明贸易，至此勘合贸易断绝。
明朝建立后，对外广交邻邦，彻底改变了元朝统治者对海外大肆扩张穷兵黪武的做法，特别是对东南邻国，只要愿与中国修好，向明廷入贡，一律善言接待，积极促进国际贸易关系的发展。但明朝除了与海外诸国建立官方朝贡贸易关系之外，对内厉行海禁，坚持断绝沿海居民与外国的联系，一律禁止民间出海经商，从洪武初年就三令五申，并在整个明代始终贯彻执行。
自元末以来业已出现的贼寇不时对中国沿海侵扰，但鉴于国内的政治经济状况以及元军两次征日战争失败的历史教训，明朝统治者力图避免以*力武**解决贼寇问题，而企图通过和平的外交途径，“以允许贸易为交换条件，使日本主动地禁止海寇”。在这种外交政策指导下，明廷从“上国”的传统观念出发，提出只要日本取缔贼寇、奉明朝为正朔，就可以恢复中日两国邦交和官方贸易。
明太祖朱元璋在建国后不久，为继续以往的政治、经济关系，曾于1368年11月、1369年3月、1970年3月先后三次遣使赴日。当时明朝不清楚日本内部南北朝对立的政治形势，只按以前的交通路线到达九州，明朝使节交涉的对象都是当时控制着九卅大宰府的南朝征西将军怀良亲王。当第三次赴日使节赵秩归国时，怀良亲王派僧人祖来等人出使明朝。
据《明史·日本传》载：遣其曾祖来奉表称臣，贡马及方物，且送还明、台二郡被掠人口七十的局俪，为后来中日复交和勘合贸易的建立创造了有利条件。日明德三年（1392年），足利义满*力武**统一了全国，成为事实上的统治者，从此日本归于室町幕府的统治之下。为了适应日本城市和商业资本发展的趋势，满足日本商人迫切需要恢复对明贸易的要求以及日本上层统治阶级对中国商品的需求。
同时也为了通过对明贸易充实幕府的财政，并借助称雄东亚的明朝的声势巩固自己的地位，足利义满开始考虑向明朝奉表称臣，决心恢复中日贸易和邦交。1401年，赴明贸易归国的博多商人肥富以两国贸易有利建议足利义满与明通好。早有此意的义满立即欣然接受肥富的建议，于同年5月，委派肥富和僧人祖阿携带日本国书和方物，赴明进贡要求建立外交贸易关系。这是明代以来日本朝廷第一次“上表入贡”。
据瑞溪周凤著《善邻国宝记》记载，所奉表文中有“开辟阻来，无不通聘问于上邦……特遵往吉之规法”等字样，表示希望与明朝建立传统的以朝贡与回赐的方式进行的中日官方贸易关系。此次遣使向明朝献“金千两，马十匹”等许多贵重礼品，这充分反映了足利义演恢复对明贸易的热切愿望。1402年，祖阿一行回国对，明惠帝特派禅僧道彝天伦和一庵一如携国书和回赐礼品送返。
惠帝在国书中称义满为“尔日本国王源道义”，又颁赐大统历，并表示希望义满能尽力取缔贼寇。1403年2月，明使离日回国，足利义满又派遣明使，以天龙寺僧坚中圭密为正使，辅以梵云、明空二僧，并派徐本元为通事。足利义满此次遣使赴明，主要是为了乘新建立起外交关系的机会，争取订立贸易条约。
在致成祖的国书中，足利义满自称“日本国王臣源”，表示了对明朝的臣属关系，这表明日本又重新被纳入了中国的册封体制。义满之所以这样做，目的完全在于顺利实现对明贸易。这样，在明朝建国三十余年后，中日两国朝廷建立了正式的外交关系，恢复了已中断了近三个世纪的两国邦交。随着中日邦交的恢复，两国朝廷间开始了官方贸易。为防止贼寇冒充朝廷的使节和商人，保证贸易的正常进行，明朝朝廷与室町幕府之间实行了一种勘合贸易制度。
明日勘合贸易最早开始于1404年（明永乐二年，日应永_卜一年）。据日本史籍《大乘院同记目录》《增修和汉合运图》《东寺王代记》记载，随日本使节坚中圭密一行回国的明朝官员赵居任，于永乐二年（1404年）五月份乘五船到日，其中三船由足利义满亲自迎入京都。明使赵居任将明廷颁赐给日本的永乐年号本字斟合一百道及日字斟合底簿一扇和贡舟二艘带到日本。自此以后，中日两国开始了勘合贸易时期。
勘合，是明廷发给外国来中国朝贡的贸易凭证。按《大明会典》的规定，勘合是“每改元则更造还给”，洪武朝没有给日本颁赐勘合，到永乐朝才首次颁发，以后宣德、景泰、成化、弘治、正德都有颁发的记录，即有明一代，给日本颁发了六次勘合。每次都是日字号、本字号勘台各一百道及日字号、本字号底簿各二扇。其中日字号勘合由明礼部保管，丽本字号勘合则交日本保管；
日字号底簿由礼部及日本各保管一扇，而本字号底簿则由礼部及浙江布政司分别保管一扇。日本贡舶的登陆地点指定为宁波，贡舶抵达后，须先将所携本字号勘合上岸，与存放在浙江布政司的本字号底簿相核对；等贡使一行到达北京，再将勘合与礼部所存的底簿相核对，这样才算手续完备。关于勘核的使用和填写方法，也相当复杂。日本进贡船需在勘核内，将所有来明的人数、船数以及货物都要逐一填明。
使臣回还本国时，如有赐赏物件，都需逐一填明。船舶至港需比对殊墨字号，相同者方始承认。如无勘合，或比对不同者，即系伪诈，本人将受处罚。在历史上，通常把携带“勘合”到中国进行朝贡贸易的日本船只称为“遣明船”。自足利义满于1401年派出首次遣明船开始，到1547年最后一次为止，在将近一个半世纪中，日本共派了十九次。从成祖永乐二年（1404年）颁赐永乐勘合起，日本朝廷派遣的真正意义上的勘合贸易船一共有十七次。
史学者一般多以足利义持时代的断交期间为界，将这种勘合贸易，大体分为前后两期。勘合贸易，从1404年（明永乐二年，日应永十一年）足利义满派遣第一次勘合贸易船起，至足利义持于1419年（明永乐十七年，日应永二十六年）与明断交止，前后共十六年。其间，日本派遣勘和船六次，明使东渡日本七次。足利义满于1408年5月去世，经由明成祖与足利义满建立的中日官方贸易关系，因足利义持继任将军职位而中断。
关于中断奉表入贡的理由，足利义持在向明朝解释时推称：“本国开辟以来，百事皆听诸神；神所不许，虽云细事，而不敢自施行也。……灵神托人谓日，我国自古不向外邦称臣；比者，变前圣王之为，受历、受印而不缺之，是乃所以招病也。于是，先君大惧，誓乎明神，今后无受外国使命。因垂诫子孙，固守毋坠”。当然这些都是表面托词，其实际原因是幕府和王室（公家）之间的矛盾以及幕府内部的矛盾吲。1428年，足利义持去世，其弟足利义教继任第六代将军，恢复了曾经中断十余年的勘合贸易。
当时足利义教迫切希望通过对明贸易解决财政困难，明廷为解决贼寇侵扰问题，也在考虑恢复同日本的外交关系。1432年明宣宗曾遣使琉球，令琉球中山王尚巴志转告日本，关于宣宗愿恢复明日关系以及制止贼寇侵扰问题。足利义教欣然响应，派遣天龙寺僧龙室道渊为正使，由幕府船、大名船、寺社船等五艘组成勘合船，于次年8月自兵库出发赴明。1433年5月，龙室道渊一行至北京，献方物和国书，其国书的署名仍用“日本国王臣源义教”，并使用明朝的宣德年号，表示仍臣属于明朝。宣宗盛情款待并厚赐来使。
日使与明朝廷在北京签订《宣德条约》以代替《永乐条约》，允诺日本仍可十年一贡，但人数和船数稍有增加，规定“人毋过三百，船毋过三艘，刀剑毋过三千”，同时以宣德勘合代替永乐勘合。道渊等回国时，宣宗以内官雷春为正使，裴宽、玉甫厚为副使，令和鸿胪寺少卿潘锡、行人高迁等率五百余人，分乘五船携带国书和宣德勘合以及数倍于贡值的回赠品，于1434年出使日本。自此，明日勘合贸易重新恢复。
后期勘合贸易，始于将军足利义教为了恢复明日通好，于1432年（明宣德七年，日永享四年）派遣使节，到足利义晴于1547年（明嘉靖二十六年，日天文十六年）派遣最后一次遣明使为止，前后共一百一十六年。其间，日本派遣勘合贸易船共十一次，明使赴日一次。持续将近一个半世纪的明日勘合贸易之所以划分为前后两期，主要在于这两期具有明显的不同之处：
(一) 所依据的条约不同。前期勘合贸易依据的是足利义满于1404年与明朝缔结的《永乐条约》，规定十年一贡，人限二百，船限二艘；而后期勘合贸易依据的是足利义教于1432年恢复对明外交时缔结的《宣德条约》，规定十年一贡，人限三百，船限三艘。而且两个条约的执行程度也有所不同，前期日本商船来华的次数和船舶数量都远远超出了明朝的限制，而后期船只、人数上虽屡有超过，但时间上基本符合规定。
(二) 双方对交往的态度不同。前期明日双方对勘合贸易的态度都很积极，配合较为默契。日本幕府为了独占对明贸易的经济利益，曾按照明廷的要求讨伐海寇，每次遣使都把捕获的贼寇头目送到明朝发落，而且对于赴日的明使，招待也很隆重，并在明使回国时遣使送行。而明朝也尽力迎合日本，凡有日使到达，便派使节陪送。因而这一时期，双方的使节几乎年年往来不断，而且明廷对于日本勘合贸易船超过规定频繁来华，并未表示拒绝。
而后期日方仅以获得贸易利益为满足，已不再像前期那样讨伐贼寇并解送明朝，甚至贸易使团也借进贡之名附搭大量货物向明廷索要高价，稍不如意便寻衅闹事。因而明朝对日方的态度也趋于消极，只派遣过一次使节赴日。只是因为顾虑到断然拒绝对日交往，会导致贼寇侵扰更为猖獗，只好勉强应付日方派遣的贸易使团。同时对于没有到期便来贸易的船只，曾经采取拒绝上陆的措施，并一再敦促日方严守入贡期限。
(三) 勘合船的经营者不同。前期对明贸易的实权掌握在室町幕府手中。这期的勘合船共派六次，船只共三十八艘，大都是由幕府将军组织派遣，向明帝进贡的物品也大部分由幕府经营，并由幕府任命的贸易正使率领赴明贸易，而经济实力雄厚的大名和商人只能搭乘幕府船前来贸易。后期贸易的实权已由幕府手中转到了守护大名和寺院手中。这期幕府船极少，在十一次派出的五十艘船中，幕府船只有七艘，其余除一艘是朝廷的以外，所有四十二艘都是大名船和寺社船。
(四) 所走的航路有所不同。前期勘合船的航路是中日交通传统的道路，出发的港口总是限于兵库，从兵库通过濑户内海，在博多暂停，然后经过五岛，横渡东中国海，到达宁波。后期遣明勘合贸易船的启碇地点，起初和前期一样也在兵库。但从第三次起，天龙寺委托博多的商人筹办船只及贡物，便以博多为出发点了。后来又因控制博多的大内氏在对明贸易上拥有特殊的权力，所以就大都在博多筹办船只，然后开到肥前的五岛附近，等待季风，横渡东中国海，一直驶往宁波。
从后期中叶以后，由于控制坍港的细川氏与大内氏争夺对明贸易权的斗争日益激烈，便开辟了新的航路。这条新航路是以坍港为起点，经过四国岛南部，在萨摩的漳坊暂停，然后横渡东中国海，或者经过南海前往宁波。这条路针对经由濑户内海的中国路，称作南海路，最早取道这条路的是469年从宁波出发回日本的后期第四次勘合贸易船。前期和后期的勘合贸易虽然有许多不同特点，但两者都有一个相同的目的，那就是通过物品交换获得经济利益。
为达到获利目的，每次勘合贸易船都装载大量货物，这些货物大致可以分为以下三类：1.朝贡方物，这是由足利将军进献给明朝皇帝的贡品。它是两国之间的官方贸易商品，由明朝朝廷按值付给数倍乃至数十倍的赏赐。1401年足利义满以祖阿为正使，首次出使明朝时，进献的方物为：金千两，马十匹，薄样千帖，扇百柄，屏风三对，铠一领，筒丸一领，剑十把，刀一柄，砚售一盒，文台一个。
翌年明使道彝天伦东渡时，则与之对应回赐锦绮二十匹。1403年坚中圭密来华时的贡品为：马二十匹，硫黄一万斤，玛瑙大小三十二块，金屏风三副，枪一千支，大刀一百把，铠一领，砚一面并匣，扇一百把。日后的贡品品目与此大致相同。1404年明使赵居任携往日本的是：纡丝五匹，纱五匹，绢四十匹，红雕漆器五十八件，盘十四个，香叠二副，桌器二桌，每桌十六件共三十二件，葵花样鉴妆一副，盘一个，碗五个等物。
两年后，明使潘阳所带的物品有：白金千两，织金及诸色彩币二百匹，绮绣衣六十件，银茶壶三，银盒四，绮、罗、纱、帐、裘褥、枕席、器皿诸物等。1407年东渡的明使则带给义满花银千两，铜钱一万五千贯，锦、纣丝、纱、罗、绢四百一十匹，珍珠、裘褥、器皿若干；给其妻白金二百五十两，铜钱五千贯，锦、纡丝、纱、罗、绢八十四匹。
足利义教于宣德八年（1433年）复贡，遣龙室道渊一行来华，当时贡品为马，铠甲、盔，刀等方物。宣宗喜其复贡，故遣使随道渊东渡，并赐义教白金二百两，粒花绒锦四匹，纡丝二十匹，罗二十匹，纱二十匹，彩绢二十匹；赠其妻白金一百两，桩花绒锦二匹，纡丝十匹，罗八匹，纱八匹，彩绢十匹。而这次成了前例，后来的回赐品几乎都一样。
1434年，义教派恕中誓来华时的贡品为：马二十匹，撒金鞘大刀二把，硫黄一万斤、玛瑙十块，金屏风三副，枪一百把，黑漆鞘柄大刀一百把，长刀一百把，铠一领，砚台一面并匣，扇一百把。以后每次进贡的方物基本没有什么变化，只是马的数量有所减少。可以看出，日本幕府和明朝朝廷之间的交易，是采用赠送和回赐的方式进行的。这是通过外交上的礼节所进行的一种官方贸易，足利将军以贡献方物的名义赠给明帝，明帝对此也以颁赐物的名义御赐答礼。
足利将军之所以进献给明帝方物，主要是想获得明朝赠给的回赐物。但日本幕府并不满足于获得照例的回赐物，除此之外还希望得到特赐物。例如，1468年遣明使来华时，足利义教企图在颁赐物以外，还要取得特赐物书籍和铜钱，公然令瑞溪周风在附件上写道：“书籍、铜钱，仰之上国，其来久矣。今求二物，伏希奉达，以满所欲。书目见于左方。永乐年闯多给铜钱，近无此举，故公库索然，何以利民，钦侍周急”，明廷准其所请。
2、使臣自进物，是指自正使、副使以至从僧、通事等进献明朝的物品。《策彦入唐记》嘉靖十九年（1540年）三月十五日条中，有“正使以下捧自进物”的记载，这是此次遣明正使湖心硕鼎和副使策彦周良等捧呈自进物的情况。自进物的主要物品是刀剑。后期第八次遣明使的自进物是刀剑九百八十把；后期第十次遣明使的自进物有：一号船大刀二百九十把，二号船大刀一百六十把，三号船大刀二百六十把。自进物是卖给明朝朝廷的商品，按照数量给价。《万历大明会典》卷二百一十一礼部给赐日本国条云：“正贡外，使臣自进，并官收买。附来货物，俱给价，不堪者令自贸易”。
3、国王附带品，这是大名、寺社、商人等附带的贸易品。附搭品以刀剑、硫磺、铜、扇、苏方木、描金品、屏风、砚等为主，这些物品名义上虽是附搭品，数量上却占了日本贸易品的大部分。明朝方面将其一律看作是附搭于Fl本国王即足利将军贡献方物的贸易品，大部分由官方收购，其余商品准其交易。看上引“礼部给赐日本国”条，便可了解。除了官方收购的货物之外的其他贸易品，可以在京城专门开设的会同馆市场内交易，也可以在获得明朝朝廷许可后，在进京的沿途各市镇进行交易。在勘合贸易时期，不但有日本的使者来到中国，明使也不断前往日本，在京都、兵库等地常逗留数月之久，在逗留期间常和日本人直接进行交易。
例如，1434年明使雷春到达日本后，日本朝廷考虑到使团在京都买卖方便，将明使一行安排在京都六条的法华堂住宿。当时由明朝使团带来的唐墨，受到日本人的欢迎，传布很广。根据有关史籍记载，当时明日贸易的商品十分广泛，从土特产品、手工艺品、药物直到日常生活中使用的铁锅、针、线等。日本的输出品主要有刀剑、硫磺、铜、折扇、苏方木、屏风、漆器、工艺美术品等。
日本刀输入中国最多时达三万七千余把，硫磺有时竟达三十九万七千余斤，铜有时多达二十九万八千余斤，扇多达二千余把，苏方木多达十万六千斤。日本的输入品主要是铜钱、生丝、绸缎、药物、陶瓷、书籍、字画等，其中以铜钱、丝绸的输出量最大。《明史·日本传》记载；“日本遣商人来易铜钱”，可见铜钱是当时主要的输入品之一。明朝对于贡品之外的其他贸易品的给价，大都用洪武、永乐、宣德等年间的铜钱支付。刀剑是日本重要的输出品，在整个勘合贸易过程中，日本输出的刀剑不下二十万把，以每把平均给价二千文计算，总额则达四千万贯。
如再加之其他贸易品如硫黄、铜、苏方物等货物的给价，输入日本的铜钱数量相当巨大。从这一点来看，当时中日两国之间的贸易已带有了一定的货币交换的性质。另外，到了勘合贸易后期，室町幕府因国库空虚，多次明确提出国内缺乏铜钱，希望明朝朝廷赐给铜钱，明廷也屡次答应其要求，支援铜钱多达万贯以上…。当时在日本流通的铜钱中，除宋钱外，就是明钱，其中有“永乐通宝”“洪武通宝”“宣德通宝”等，“永乐通宝”则在日本全国广泛流通，可见输入之多。
明日之间的勘合贸易就其双方的主要目的而言，日方旨在获得丰厚的经济利益，满足日本统治阶级和商人经济上的欲望；而明朝朝廷则在很大程度上是为了维护封建王朝的威望，并希望日本能主动禁止贼寇，因此采取了一种厚往薄来的笼络政策，不惜经济耗费，愿做赔本生意，带有浓厚的政治色彩。以朝贡形式进行的勘合贸易，对日方来说非常有利。明朝朝廷对入明的勘合贸易船不仅免征关税，而且要承担日本使节及众多随从人员（实际上大多是商人）在明期间的一切食宿费用，回国时还要发给他们归途中的海上用粮。
每次勘贸易船中均携有部分贡品，进献给明朝皇帝，而明廷接受这些贡品后，要回赐给几倍甚至于数十倍于贡品的物品。可见，这种朝贡贸易实际上是一种不等价的贸易。仅通过这些回赐品，日方便能获得巨利。而且每次贸易船携带的物品中，贡品仅占少数，绝大部分是使臣和商人的私人商品，它们或由明朝官方收购，或经明廷许可后在宁波、杭州、北京等地随意销售，由此获得的利润更是惊人。
例如，每把日本刀在日本仅售价八百至一千文，而明朝给价高达五千文，可见差价悬殊之大。他们回国时从中国运回的商品获利也很高。例如，中国的一斤生丝运到日本，可以卖高于原价二十倍的价钱。可见，日本的勘合贸易船往返一次即可获利百倍。正因如此，日方不仅往往超出明朝朝廷规定的贡期、船数和人数的限制，而且在其国内争夺贸易主导权的斗争也日益激烈。到勘合贸易后期，室町幕府已无力控制全国的局势，财政陷入困境，本身已无力筹办船舶和贡品，只好把对明贸易的特权让与实力雄厚的大名和寺院。
由于对明贸易利润丰厚，因而大明之间为争夺对明贸易权展开了长期激烈的斗争。尤其是领有兵库、博多两港的大内氏同管辖坍港的细川氏之间，展开了激烈争夺。他们先是在本国内争夺勘合乎，后又发展到在中国境内互相对峙。1523年，双方所派的船只在宁波相遇，为争夺进港验证的先后而发生武斗，甚至袭击宁波官衙，并沿途杀掠，酿成了宁波争贡事件，遂使日明贸易一时中断。
v双方斗争的结果，最终以大内氏的胜利而结束，后期第十次和第十一次勘合船均为大内氏所独占。1547年策彦周良率大内氏勘合贸易船赴明进贡贸易时，曾要求颁发新的勘合，明廷以弘治、正德旧勘台未缴回为由加以拒绝。此次勘合船回国后不久，大内义隆便被家臣刺死，他所掌握的勘合乎被兵火所焚。至此，勘合贸易断绝。勘合贸易，对明而言，非但未能抑制贼寇，反而成为明廷的沉重包袱；日本也因国内政局*乱动**而无法统一组织勘合船，中日勘舍贸易终于在嘉靖年间彻底结束。
究其原因，主要有三：其一，厚往薄来，使明廷遭受严重的经济损失。自永乐以后由于土地兼并激烈，国家税收减少，难以承担勘合贸易中的巨额亏损。因此，明廷对勘合贸易的热情逐渐减少。其二，本使臣赴京进贡途中，劫掠现象时有发生，甚至还发生殴打职官，滥杀无辜的现象，严重危及社会安定。这样使明廷对勘合贸易抱有消极态度，产生厌烦心理。其兰，室町幕府已名存实亡，日本政局*乱动**，各地的守护大名忙于兼并混战，部无暇顾及对明贸易。
因此，在1547年派遣第十九次遣明船后，明日勖合贸易彻底终止，整个古代中日官方贸易也随之终结。清朝初期废除了明朝的海禁，准许自由航行；德川幕府初期，对于清朝的贸易额和进港船数，也无任何限制，所以赴日的清朝商船数逐年增加，两国的民间贸易进入鼎盛时期。
1683年，台湾的郑克壤降清以后，康熙帝听他说到对日贸易如何有利，便命福州和厦门的官员，于1685年（清康熙二十四年，日贞享二年）7月，派官船十三艘，装载台湾产的砂糖，并命福州武官江君开和厦门文官梁尔寿等搭乘监督，开往日本。但这次赴日并没有建立起两国之间的官方贸易关系。后来由于各自的原因，两国都先后实行了闭关锁国的对外政策，因而终清一代两国之间始终未能建立正式的官方经贸联系。