宽文六年六月七日，新任长崎奉行松平甚三郎宣布唐船从此皆按振船处理。即入港之唐船均被要求按顺序住入宿町附町。这也被称作“宿町附町制度”。

宽文六年奉行松平甚三郎时期，废止差宿制，在总町（分为内町=旧街道、外町=代官所在的新街道）设置当番町，按顺序接待入港唐船及唐人。安排好这艘唐船贸易所得归这条街，下艘归下一条街。

当番町即为“宿町”。也就是说宿町就是要照料来日唐商一切事物的町。提前订好一番船入住某町、二番船入住某町，一旦唐船入长崎港，船头及役者入住宿町的乙名处，剩下的乘客入住该町其他各家。据《宽宝日记》记载，宽文五月二十六日入港的唐船，仍入住其指定的本锻冶屋平石次左卫门处，但下一番船开始需按新规入住宿町。

何宇在《清前期日本对清商生活管理制度初探》一文中，认为“宽文六年，日本改变了入港清商的住宿方式，废除了清商分散居住的差宿制度，实行宿町制，即从长崎的街道中划出一部分供入港清商居住，称为宿町”。

由于记录中没有准确的时间，我们无法确定具体时间。但在文中提到“翌午年”应该指的是宽文六年，由此推断小宿应在宽文五年已经出现。《唐通事会馆日录》里的记载也印证了这点。宽文六年十二月九日，奉行松平隆见就小宿的废止问题征求通事们的意见，通事们觉得废除小宿这件事不可行。因为小宿只是接待唐船上的客人及其货物，而且小宿是通过这个来维持生计的。

由于史料不足，关于经营小宿之人是否就是以前经营船宿之人我们不得而知，留待日后考证。宽文七年二月，奉行川野权右卫门下令小宿可以让唐商自由决定。元禄元年还出现了小宿，直至元禄二年正月十二日，惠美酒町的贞松五郎右卫门提到：“唐船买铜打包之事往年均由小宿完成，今年开始已无小宿一说。”这说明小宿一直持续到元禄元年。

关于小宿的作用，按上所属，应与宿町无差，其主要负责客商在日本期间的一应事务。除了小宿之外，在《唐通事会所日录》、《崎陽群谈》中还提到了中宿。《崎陽群谈》中提到“在立山、西役所有中宿屋敷。此处为町年寄、其他的地下役人及附人等去役所时的等候室。”这个时期，幕府对唐人在日逐渐转向集中管理。

明历元年，丝割符废除后，所有货物都实行“相对买卖”。在买卖过程中，宿主起了非常重要的作用。因此，幕府取消差宿制，而实行宿町付町制，也可以说是幕府管理贸易的重要步骤之一。幕府真正意义上对唐船的贸易进行管理的应该说是宽文十一年制定“唐船商卖法”，也被称作“货物市法”。而在这次贸易改革中，宿町付町的作用不可忽视。

唐人屋敷时期

幕府在宽永至贞享年间逐渐加强了对在日唐商的管理，但唐商还有一定的自由，仍能杂居在日本人中间。而到了贞享末开始，幕府对唐商开始实行集中管理，即建造唐人屋敷供唐商居住。唐人屋敷建造的原因，主要有以下几种：禁教、贸易管制、风纪管理。

《崎陽群谈》中“唐人屋铺之事”一项，记载了唐人屋敷建造原因为：贞享末，在唐人的风说书里提到，从西南蛮那里有邪宗门的书籍传入唐土，在唐土也有邪宗门的信者出现。那时，也在唐船的持渡书中发现了记录了邪宗门之事的书。鉴于以上情况，元禄元年川口源左卫门、山冈十兵卫在职期间，由老中下令，建造唐人屋敷，次年正月唐人入住。

早在延宝八年（1680），长崎奉行已经有发文告知唐人，严令禁止天主教相关事宜，具体内容如下：一耶稣邪徒，以罪恶深重故。其加舶所来者，先年悉皆斩戮。且其徒自阿妈港发船渡海之事，既停止。自今以后，唐船若有载彼徒来，则速斩其身而，同船者亦当伏诛。

但，纵虽同船者，告而不匿，则赦之可褒赏事。一耶稣邪徒之书札并赠寄之物潜藏斎来于日本，则必须诛之。若有违犯而来者，早可告诉焉。犹有匿而不言者，其罪同前条事。一以重贿密载耶稣邪徒干般底而来。则即速可告知。然则宥其咎。且赏赐可倍于彼重贿事。但这并未终止相关事件的发生。贞享二年（1685），8月朔日，为了防止私商贸易，官封唐船货物的仓库。

在唐船中发现《寰有诠》，此有天主教相关内容，烧书，并禁止该船的贸易与再渡日，让其迅速归国。而在贞享四年21番船夹带《天经或问后集》被发现。除此之外，“定额贸易法”的实行，也被认为是唐人屋敷建造的重要原因之一。1685年秋，德川幕府考虑到日本国内的金银流失问题，调整了之前的贸易方式，而采取了“定高贸易”。规定每年贸易“总额为银9000贯，其中唐船银6000贯（金10万两），兰船银3000贯（金5万两）。”

此外，对白丝的贸易量也做了规定，中国白丝输入量为输入总额的四分之一，荷兰为总额的三分之一。并且鼓励以铜来代替金银。贞享二乙丑年，既定岁额银额，唐船八十五艘进港，其中七十三艘被允许贸易，另十二艘被要求原船货物载回。

当年开始实施相对商卖，规定年贸易额银六千万贯，将唐船按春、夏、秋三季割符商卖。该条记录中提到1685年有85艘唐船进港，但只有73艘船被允许贸易，而其余12艘载货物返回。这条记录在很多先学的研究成果中都有所体现。但根据《华夷变态》所载的1686年的风说书信息，我们可以发现遣返的船只数量不止12艘。

此外，《华夷变态》所载的贞享二年八月的《十番~五十一番之唐人申述书》中也提及了有部分船只是卖了部分货物的，其内容具体如下：十番至五十一番各船头斗胆上述：贵国历代治国开明，我等异国商人也承蒙贵国体恤。虽相隔甚远，因仰慕贵国政道，自古渡海行商至今，承蒙厚恩皆顺利。如此，我等自祖先年*开代**始，仰仗贵国，得已年年来此行商。

然而今年被告知我等贸易金额限定为银6000贯目，剩下货物，皆须载回。得知此消息，众人惶恐。我等渡海之时，以为今年如同往年，因此在他国不惜借钱，为了盈利想尽办法准备货物，而今却意外被告知新规实施，我等手足无措。此外，我等唐船每年入港后，待货物着陆，便进行修缮，此外绳帆等一应道具，每年维护。