果菜的无土栽培生产，国内外均以基质栽培为主，水培仅适用于小规模科研、示范或栽培管理水平较高的生产者。相对于基质栽培，水培在果菜生产中存有较大风险，尤其是在高温季节，完全浸泡在营养液里的植物根系会由于缺氧而进行无氧呼吸并发生酒精中毒，从而造成根系腐烂。
基质是人为创造的一种固定植株并为其根系提供生长空间，保持良好水、肥、气环境的载体。人们生产或调配基质的出发点是优于自然界的土壤。中国的果菜基质无土栽培主要存在以下几个问题：
缺乏标准化的理想基质
国内的无土栽培基质的分类不明确。目前，国内常见的“商品”基质还未形成育苗、栽培的“商品”标准基质，其他就地取材的“基质”就更难达到育苗和生产的理想要求。
多年来，欧洲国家大多选用岩棉作为果菜无土栽培基质。草炭、珍珠岩、蛭石是除岩棉以外在无土栽培中用量最大的基质，也是育苗基质的主要原料。我们可以根据不同地区、不同作物的栽培需要进行标准化配制，将可形成标准化生产的“混配基质”。
水质的重视程度不够
基质无土栽培不同于水耕栽培，水耕栽培一旦营养液盐分或有害物质含量超标，可以彻底更换营养液，使根部获得全新、优质的营养环境。基质栽培中，配制营养液的水源中所含的任何一种矿物质、微生物、颗粒物、有机质，都是一种不断积累、富集的过程。除了作物必需元素含量会出现阶段性升降或递减以外，非必需矿物质、微生物都是逐步累积的，因此，盐份积聚是基质无土栽培面临的主要问题。
养分失衡
无土栽培应选择有效成分含量高、纯度高，且含植物必需元素的化合物来配制“全价营养液”，使有益元素能完全根据作物的生长发育需要实现“即时调控”，发挥每一种矿质营养的应有“营养价值”，使作物在整个生长发育过程中，始终处于理想的养分供给状态，是现代乃至将来无土栽培营养供给的主要方式。
滴管堵塞 供液不均
现阶段国内外的基质无土栽培，其水肥供给的灌溉方式以滴灌为主，滴管的微细滴孔结构作为单纯的灌溉使用时，做好水的“过滤”可有效减少“物理堵塞”，并延长到引起“化学堵塞”的使用周期。
“肥害”严重
国内基质无土栽培的营养与水肥供给管理，多数只重视营养液浓度的配制，而忽略作物根部基质中的电导率（总离子浓度）变化。
通常，植物根部离子浓度偏高，水分吸收已经发生障碍时，叶片会出现无光泽、灰暗，色泽变深，生长点附近节间变短，早晨叶片不吐水等现象。
所以，当基质无土栽培的植株冠层高度达1m 以上时，要注意根部基质中总离子浓度的变化并及时进行检测和调控。植株一旦受到伤害，生长与结果之间的平衡就会被打破且很难恢复，这也是5 月份以后无土栽培番茄植株长势“弱化”的原因之一。
