三、排列
电子文件分类后，原则上应按照《规则》要求的排列方法，即分类方案的最低一级类目内，按时间结合事由排列；同一事由中的文件，按文件形成先后顺序排列；会议文件、统计报表等成套性文件可集中排列。
电子文件整理一般采用“随办随归”的整理方式，由档案管理系统自动完成。在具体的电子文件排列操作中，可能会有先形成（或者接收）的文件办结时间晚于后形成（或者接收）的文件的情况，如果机械的套用“按时间结合事由排列”的原则，可能会带来一些不必要的困扰。因此电子文件排列时，也可以根据本单位工作实际，灵活采用按照办理完毕的时间进行排列的方式。
四、编号与命名
电子文件是由一个个计算机文件（文档）组成，要做好电子文件的整理和存储工作，首先制定并遵照一个完整系统的命名方案对这些组成电子文件的文档进行命名。一般情况下，组成一件电子文件的文档应以该件电子文件的档号命名。
1.编号
《规则》要求电子文件档号格式为：全宗号一档案门类代码．年度一保管期限一机构（问题）代码一件号。各单位编制电子文件的档号应遵照以下原则：
（1）以件为单位，按照《规则》进行电子文件档案整理的，应按照《规则》要求确定档号编制方法。
（2）档号应能唯一标识全宗内任一门类的任一件电子文件。
2．命名
电子文件整理时，文档名可以完全使用《规则》要求的档号格式，也可以去掉档号中的“.”符号和“-”符号（某些系统不支持使用该符号命名电子文件）或进行适当调整。如档号为“2109一WS·2011一Y一BGS-0001”的电子文件，在进行文档命名时，一般以“2109一WS·2011一Y一BGS一0001”命名，也可以修改为“2109WS2011YBGS0001”或“2109一WS.2011一Y一BGS一0001”。
应按照以下原则为组成电子文件的文档命名：
（1）组成电子文件的计算机文件应以该电子文件的档号命名，计算机文件名应能在计算机存储器中唯一标识、有序存储全宗内任意一件电子文件、文档。
（2）可以使用“子件号”区分一件电子文件包含的若干文档。
（3）组成电子文件的多份文档，其命名中如使用子件号，则其子件号应按照电子文件中各文档的显示顺序编制。
（4）组成电子文件的文档更名会导致电子文件无法正常显示的，可保留原始文档名。比如网页文件，如果重命名构成网页文件的相应组件文件的名称，则会导致归档的网页文件无法正常显示。这也是通常要求网页文件应固化为版式文件保存的原因之一。
（5）在文档扩展名不同的情况下，也不允许两份文档使用相同的文件名。如一件包含两份文档的电子文件，其正文和留痕定稿虽使用不同的扩展名“PDF”和"DOC"，但其文件名最好能进行区分两份文档并能明确显示文件的前后顺序，不应因不影响在计算机存储系统中保存而取相同的文件名。
五、编目
电子文件应按照《规则》要求的格式，依据档号顺序编制电子文件目录。电子文件目录推荐由系统生成或使用电子表格进行编制，同时编制符合《规则》要求的电子文件目录封面。
电子文件目录一般保存电子版本即可，但应将其转换为适合长期保存的版式文件格式。有条件的单位还应对电子文件目录进行数字签名。