当前生物地理学表明,石竹目的一些成员可能出现在非洲和南美分离之前(Raven和Axelrod 1974, 568)。美洲商陆科植物(The pokeweed family Phytolaccaceae)很可能是该目最古老的科,也可能是其他科的祖先(Cronquist 1981,238)。随后,该目的其中一些科在非洲兴起并进化,而包括仙人掌在内的其他科则在南美兴起并进化。基于DNA数据的研究表明,仙人掌科和马齿苋科(purslane family Portulacaceae)之间的关系可能最为密切。在马齿苋科中,某些共享 DNA限制性位点表明,仙人掌与马齿苋的关系比与春美草属(Claytonia)的关系更为密切(Downie和Palmer 1994;Hershkovitz和Zimmer 1997)。

北美商陆
Raven和Axelrod(1974,605)指出,冈瓦纳古陆内部存在广泛的干旱地区。因此,很可能有几个科出现在史前地区——马达加斯加龙树科(Madagascan family Didiereaceae,如仙人掌、多刺茎肉质植物)、一些马齿苋的成员,和非洲番杏科松叶菊属(Mesembryanthemum family Aizoaceae),以及南美的仙人掌科和马齿苋科的其他成员。Raven和Axelrod(1974,628)的进一步评论说,“仙人掌似乎主要来自南美洲,但在北美的地方性群落明显表现得很好,因此它们很可能在第三纪早期到达北美……”直到大约5700万年前北美和南美才通过陆地连接起来。但很可能早在3.6亿年前就已经通过漂流和岛桥进行了扩散 ,它们通过加勒比海以及沿着已构造成如今中美洲的古火山链进行分散。

10亿年前的南美洲大陆约与今天的情况大不相同。该大陆一直在缓慢向北漂移,因此在仙人掌起源的大致时间,哥伦比亚和委内瑞拉位于或接近赤道。更重要的是,安第斯山脉尚未隆起,因此南美洲西北部的许多地区炎热、潮湿,而且只是季节性干旱。这个地区还没有变成沙漠。Leuenberger(1986,43-45)指出,木麒麟属(Pereskia)可能出现在南美洲的这一地区,随后的三个物种(下面会提及)形成区出现在安第斯山脉、加勒比地区以及南美洲东部的阿根廷查科和巴西卡廷加地区(chaco and catinga)。

木麒麟
木麒麟属通常被认为是最有可能重新组合可能是第一种仙人掌的属(Mauseth和Landrum 1997)。然而,Robert S . Wallace(个人意见评论)认为仙人掌起源于秘鲁-玻利维亚的更南部地区,因为许多团扇仙人掌亚科(Opuntioideae)、仙人掌亚科(Cactoideae)和木麒麟亚种(P. diaz-romeroana、月之桂P. horrida和P. weberiana)的原始成员仍在南美洲的这一地区发现。
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