第一进院内东出有德侔天地门坊，西出有道冠古今门坊，皆明建木牌，东西遥对。坊下各有四对元代石雕辟邪神兽。前者称孔子之德与天地齐；后者誉孔子之道古今无二。
孔庙第二道大门为圣时门，建于明代，清世宗胤禛雍正八年修葺。门飞檐斗拱，绿琉璃瓦覆顶，下筑三券拱门洞，形同古堡。院内玉带河东西贯穿，河水涣涣，荇菜参差，夹岸有透雕莲柱石栏，中通三桥，名壁水桥，横贯东西。据记载：“雍水环绕如璧”而得名。院内神道长达百米，东出为快睹门，寓先睹为快之意；西出为“仰高门”取《论语》“仰之弥高”之义。圣时门则出《孟子万章》“圣之时者也”而定名。
圣时门院内璧水桥前，立圆石雕人两尊，西左身高2.54米，腰佩短剑，胸镌“汉故乐安太守麋君亭长”10字；东右身高2.30米，双手侧握长枪（剑），胸刻“府门之卒”4字，皆为汉代遗物。石人雕刻端庄浑朴，状貌威严。据记载，圆雕石人原露立于曲阜城东南汉鲁王刘余墓前，清乾隆六十甲寅年（1794），金石学家阮元移入庙西瞿相圃，后碎裂为两段，仆于地上，风化剥落，无人过问。1953年，经人民政府移置孔庙今址，修复完整建亭保护久存，称汉石人亭。
阮元字伯元，号芸台，仪征（今江苏仪征县）人，清乾隆（1736——1795）进士，道光（1821——1850）时官至体仁阁学士，加太傅，历官中外，所至以提倡学术自任，在史馆倡修儒林传，在粤设学海堂，在浙设诂经精舍；又辑《经籍籑诂》、校刊《十三经注疏》、编刻《学海堂经解》等书；所著曰《揅经室集》，卒谥文达。
孔庙第三道门在璧水桥北，称弘道门，取《论语.卫灵公》：“人能弘道”语命名。正门两侧各建小门一座，呈三门并列，与壁水三桥相迎，布局巧妙独特，皆明代建筑。
孔庙第四道门，称大中门，建于宋代，宋时乃第一道门，明弘治（1488——1505）年间重修，门面5间，绿琉璃瓦覆顶。门两侧各有角楼一座，同庙北墙两端角楼相称，东西有红墙相联延，系元图帖睦尔至顺二年（1331）仿皇宫所建，明、清重建，现存角楼即清康熙（1662——1732）重修。角楼为守卫瞭望，故称望楼。大中门正门左右建有腋门，与前弘道门遥遥相对，前后呼应，气势庄严。
孔庙第五道门由大中门里苍劲挺拔柏桧环抱，称同文门，系明代建筑。同文门两侧无墙相联，为独立院落，门面5间，进深两间，中有穿廊。院内有明洪武太祖朱元璋、永乐成祖朱棣、成化宪宗朱见深、弘治孝宗朱祐樘所立御碑四通，皆龟趺龙首。其中成化碑，矗立于同文门之东，为重修孔庙碑，高6米，宽2米余，乃孔庙诸巨碑之冠，为明成化四年（1468）明宪宗朱见深御制《重修孔子庙碑》，记述历代帝王尊崇孔子与孔孟之道，碑文相其精湛楷书书法而名扬中外。
同文门东北角和西北角各有一独立院落，名斋宿院，称斋宿。祭祀孔子时，主祭祭祀官在此斋戒、沐浴、更衣，戒除杂念，以示虔诚。清圣祖玄烨康熙、清高宗弘历乾隆二帝曾驻跸东斋宿祭孔，故又称驻驿；西斋宿已废圮，仅有院落，四壁历代石刻题记甚多。
同文门后有奎文阁，原名藏书楼，始建于宋真宗赵恒天禧二年（1018），金章宗完颜璟明昌二年（1191）重修改今名。明孝宗朱祐樘明治十三年（1500）扩建为三层，高23.35米，门面7间，进深5间，飞檐三层，斗拱四重，绿瓦朱甍。清世宗胤禛雍正（1723——1735）年间改覆黄琉璃瓦，阁底砖砌平台，重立支柱，工艺奇巧，观瞻堂皇，为我国著名古代木结构楼阁之一。现阁高27.95米。阁内原藏历代帝王赐书墨迹，明清时曾专设奎文阁七品，典籍官一员管理。阁廊下东西两侧立明代记事石碑二，东为李东阳撰书《奎文阁赋》碑，西为《奎文阁重置书籍记》碑，碑文记载当时赐书和藏书情况。经历代战乱，藏书已大部散佚。据明弘治年间李东阳题《奎文阁赋》碑记载，阁为“贮古人图籍”处。
李东阳字宾之，号西涯，茶陵（今湖南茶陵）人，明英宗朱祁镇天顺（1457——1449）进士；孝宗朱祐樘弘治朝（1488——1505）官至文渊阁大学士，预机务，多所匡正，受顾命，辅翼武宗朱厚照，立朝50年，清节不渝。时奸宦刘瑾用事，东阳潜移默御，保全善类，而气节之士多非之。卒谥文正。其为文典雅流丽，工篆隶书，自明兴以来，宰臣以文章领袖缙绅者，非冠亦亚，有《怀麓堂集》《诗话》《燕对录》著。
奎文阁后有十三御碑亭，简呼十三碑亭，位于孔庙第六进院落东西两门之间，是历代帝王为保护其修建孔庙、祭祀孔子所立石碑而建。南面中央两座建于元代，左右两座建于金章宗完颜璟明昌六年（1195），余为清代建筑。十三亭均为木构，呈正方形，重檐八角，彩绘斗拱，黄瓦朱甍。亭内共藏唐、宋、金、元、明、清六代巨碑53座，凡御碑均以赑屃驮趺。赑屃乃神话中龙之子，擅长负重。
最早为唐高宗李治总章元年（668）《大唐诰赠泰师.鲁国孔宣公碑》、唐玄宗李隆基开元七年（719）《修孔子庙碑》藏于金代所修南排东起第6座碑亭中。次为北宋太宗赵光义太平兴国八年（983）《重修衮州文宣庙碑》亦藏于另一座金代修碑亭中。
最大的一块清圣祖玄烨康熙二十五年（1686）所立，御制《至圣先师孔子庙碑》，碑身重35吨，加上碑下赑屃约重65吨，碑石来自北京西山。
元代碑亭内有元成宗铁木儿大德十一年（1307）加封孔子为大成至圣文宣王碑，碑文为八思巴文，译有汉文。