在三期建设规划中M101线是唯一一条不服务主城区，而服务通州副中心内部的线路。从线路编号也可以看出来，M101与中心城的轨道交通不是一个编号体系。101线沿着运河文化带敷设，主要经过商务园、运河商务区、副中心枢纽、城市绿心和张家湾小镇等通州的终点功能区，线路向北预留了去往东坝接3号线的条件，向东预留了去往小甘棠、大厂县的条件，线路一期工程全长19km，设置14座车站，1座停车场。
M101线一期工程线路示意图
原本在编制三期建设规划时，通州副中心的建设刚刚启动不久，地铁的规划建设也大大向副中心倾斜，M101线和M102线同时都计划列入三期建设规划中，但是随着疫情的影响，北京市的经济、人口都不可避免受到很大的影响，中心城的不少线路也面临客流不足的问题，最终的上报版本是将50km长的M102线取掉，只保留了相对较短的M101线。其实101线也面临同样的客流不足的问题，甚至整个通州内部的地铁线路都会面临客流问题。
在《北京城市副中心详细规划》中提到，要结合副中心现状情况和发展趋势，严格控制常住人口规模。到2035年副中心常住人口规模控制在约130万人，就业岗位70-75万个左右。
到2035年通州区与廊坊北三县地区常住人口控制在450-470万人以内（最终人口规模还需与河北省进一步协商确定）。其中，通州区常住人口规模控制在200-205万人，就业岗位120万个左右；廊坊北三县地区常住人口规模控制在240-265万人以内。在通州区内，副中心外围拓展区常住人口约70-75万人，就业岗位45万个左右。
全北京市轨道交通线网站点800米范围要覆盖50%的居住人口和56%的就业岗位，覆盖中心城区71%的居住人口和76%的就业岗位、城市副中心81%的居住人口和73%的就业岗位。从轨道交通规划的角度，副中心的水平是要高于中心城区的。
西城区2022年的人口为110万，与副中心规划的130万人相比稍低，西城区轨道交通的总里程（含在建以及规划）约76km，而副中心到2035年副中心轨道交通线网总里程达到180-190公里，考虑到西城区轨道服务全市范围，从客流效益看，副中心的轨道客流强度估计连西城区段强度的1/5都达不到。要知道经过西城区线路中，16、19、7等线路客流量都存在大大低于预测客流的情况，客流量并不充足。
副中心规划的线路要想有客流效益，提高服务水平，要么与中心城的轨道线路互通，要么服务客流需要较大的燕郊大厂等地，如果只是在城市副中心内部，线路一定会沦为拉椅子线路。101线初期的列车编组采用4辆，也说明了存在客流不足的问题。
对于101线来说，线路在南端预留了去往大厂的条件，北端规划与3号线衔接对于未来客流应该是有保证的，美中不足的是北端与3号线衔接其实服务并不好，应该与12号线贯通。3号线过东坝后向南至朝阳站、东四十条，对于通州的乘客来说通过6号线、1号线、平谷线等去往这些地区不需要绕行，时间会更快，如果101线可以与12号线贯通，则可以直接到达中心城北部地区，不但缓解中心城线网客流的压力，对于乘客来说，也可以不需换乘直接到达北三环沿线，提高了服务水平。
