无形资产主要有三种评估方法：重置成本法、现行市价法和收益现值法。评估方法对无形资产价值的影响主要表现为：首先是评估方法选择不当造成的影响——没有明确评估的目的，评估目的错位；或是由于最佳的评估方法中的一些评估参数难以确定，而只好改用别的评估方法。其次是评估方法本身存在的风险。
（1）成本法也称重置成本法，重置成本是指在现实条件下，按功能重置资产，并使资产处于在用状态所耗费的成本。重置成本评估法就是按重置成本价格对无形资产进行估价，即按照评估无形资产全新状态的重置成本减去该项资产功能性贬值和经济性贬值估算无形资产价值的方法。由于无形资产具有账面成本不完整、投资成本的弱对应性和人账成本虚拟性的价值特点，在采用重置成本法对无形资产进行评估时，会遇到成本资料缺乏完整性和原始成本无据可查而带来的不确定性问题，故在使用重置成本法确定无形资产的评估值时，会存在数据资料不准确和不精确的风险，难以确保评估结果的真实准确。
（2）市价法也称现行市价法，现行市价评估法是通过市场调查，选择一个或几个与评估对象相同或类似的资产作为比较对象，针对各项价值影响因素，分析比较对象的成交价格和交易条件，将被评估资产与比较对象逐个进行对比调整，估算资产价值的方法。由于无形资产的不可比性，使其没有可比的市场价值。每个企业无形资产由于其在同业中的垄断地位和优越程度不同，为企业带来的超额盈利水平各异，对于相同种类的无形资产，其价值是不同的。因此当无形资产在市场上进行交易时，难以找到可比的市价。另外，我国企业从80年代中期才开始逐渐重视无形资产，无形资产的交易时间短、数量少，可使用的无形资产交易的历史资料有限，采用市价法对这些行业的无形资产进行评估，必须面对数据选用的风险。
（3）收益法也称收益现值法，收益现值是指企业在未来特定时期内的预期收益折现的总金额。收益法是把被评估无形资产剩余寿命期间内的预期未来收益，按照一定的折现率折成现值，来确定被评估无形资产价格的方法。运用收益法对无形资产进行评估的风险主要体现在评估参数收益额、收益期和折现率等因素的确定上。收益额选取的风险是：无形资产的具体类型不同，其使用价值表现不同，带来的超额收益也不同。收益期选取的风险是：无形资产收益期的确定一般有年限法和更新周期法两种形式。
年限法指在形成企业控制的无形资产中相当一部分是因为受到法律和合同的特定保护，如商标、专利权等年限，也称法定（合同）年限，而法定（合同）期限内是否还具有剩余经济寿命是评估时应考虑的重要问题。更新周期法是指产品更新周期和技术更新周期。在一些高技术和新兴产业，科学技术进步往往很快转化为产品的更新换代。折现率选取的风险是：根据折现率的概念可确定折现率的计算方法即以无风险报酬率加上风险报酬率作为折现率。无风险报酬率的确定一般为政府债券的利率，风险报酬率的确定常用的方法主要为累加法。